src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.util.*;\r
  26 \r
  27 public class ClustalFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30 \r
  31   public ClustalFile()\r
  32   {\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public ClustalFile(String inFile, String type)\r
  36       throws IOException\r
  37   {\r
  38     super(inFile, type);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void initData()\r
  42   {\r
  43     super.initData();\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public void parse()\r
  47       throws IOException\r
  48   {\r
  49     int i = 0;\r
  50     boolean flag = false;\r
  51 \r
  52     Vector headers = new Vector();\r
  53     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  54     StringBuffer tempseq;\r
  55     String line, id;\r
  56     StringTokenizer str;\r
  57 \r
  58     try\r
  59     {\r
  60       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  61       {\r
  62         if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  63         {\r
  64           str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  65 \r
  66           if (str.hasMoreTokens())\r
  67           {\r
  68             id = str.nextToken();\r
  69 \r
  70             if (id.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
  71             {\r
  72               flag = true;\r
  73             }\r
  74             else\r
  75             {\r
  76               if (flag)\r
  77               {\r
  78                 if (seqhash.containsKey(id))\r
  79                 {\r
  80                   tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  81                 }\r
  82                 else\r
  83                 {\r
  84                   tempseq = new StringBuffer();\r
  85                   seqhash.put(id, tempseq);\r
  86                 }\r
  87 \r
  88                 if (! (headers.contains(id)))\r
  89                 {\r
  90                   headers.addElement(id);\r
  91                 }\r
  92 \r
  93                 if (str.hasMoreTokens())\r
  94                 {\r
  95                   tempseq.append(str.nextToken());\r
  96                 }\r
  97               }\r
  98             }\r
  99           }\r
 100           else\r
 101           {\r
 102             flag = true;\r
 103           }\r
 104         }\r
 105       }\r
 106     }\r
 107     catch (IOException e)\r
 108     {\r
 109       System.err.println("Exception parsing clustal file " + e);\r
 110       e.printStackTrace();\r
 111     }\r
 112 \r
 113     if (flag)\r
 114     {\r
 115       this.noSeqs = headers.size();\r
 116 \r
 117       //Add sequences to the hash\r
 118       for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
 119       {\r
 120         if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 121         {\r
 122           if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 123               .length())\r
 124           {\r
 125             maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 126                 .length();\r
 127           }\r
 128 \r
 129           Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());\r
 130           newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).\r
 131                              toString());\r
 132 \r
 133           seqs.addElement(newSeq);\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137           System.err.println(\r
 138               "Clustal File Reader: Can't find sequence for " +\r
 139               headers.elementAt(i));\r
 140         }\r
 141       }\r
 142     }\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public String print()\r
 146   {\r
 147     return print(getSeqsAsArray());\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public String print(SequenceI[] s)\r
 151   {\r
 152     StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");\r
 153 \r
 154     int max = 0;\r
 155     int maxid = 0;\r
 156 \r
 157     int i = 0;\r
 158 \r
 159     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 160     {\r
 161       String tmp = printId(s[i]);\r
 162 \r
 163       if (s[i].getSequence().length > max)\r
 164       {\r
 165         max = s[i].getSequence().length;\r
 166       }\r
 167 \r
 168       if (tmp.length() > maxid)\r
 169       {\r
 170         maxid = tmp.length();\r
 171       }\r
 172 \r
 173       i++;\r
 174     }\r
 175 \r
 176     if (maxid < 15)\r
 177     {\r
 178       maxid = 15;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     maxid++;\r
 182 \r
 183     int len = 60;\r
 184     int nochunks = (max / len) + 1;\r
 185 \r
 186     for (i = 0; i < nochunks; i++)\r
 187     {\r
 188       int j = 0;\r
 189 \r
 190       while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
 191       {\r
 192         out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));\r
 193 \r
 194         int start = i * len;\r
 195         int end = start + len;\r
 196 \r
 197         if ( (end < s[j].getSequence().length) &&\r
 198             (start < s[j].getSequence().length))\r
 199         {\r
 200           out.append(s[j].getSequenceAsString(start, end));\r
 201         }\r
 202         else\r
 203         {\r
 204           if (start < s[j].getSequence().length)\r
 205           {\r
 206             out.append(s[j].getSequenceAsString().substring(start));\r
 207           }\r
 208         }\r
 209 \r
 210         out.append("\n");\r
 211         j++;\r
 212       }\r
 213 \r
 214       out.append("\n");\r
 215     }\r
 216 \r
 217     return out.toString();\r
 218   }\r
 219 }\r