src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import org.apache.axis.AxisFault;\r
  22 import org.apache.axis.client.*;\r
  23 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  24 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  25 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  26 \r
  27 import java.io.*;\r
  28 \r
  29 import javax.activation.DataHandler;\r
  30 \r
  31 import javax.xml.namespace.QName;\r
  32 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  33 \r
  34 \r
  35 public class EBIFetchClient {\r
  36     Call call;\r
  37     String format = "default";\r
  38     String style = "raw";\r
  39 \r
  40     public EBIFetchClient() {\r
  41         try {\r
  42             call = (Call) new Service().createCall();\r
  43             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  44                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  45         } catch (Exception ex) {\r
  46         }\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public String[] getSupportedDBs() {\r
  50         try {\r
  51             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  52             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  53 \r
  54             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  55         } catch (Exception ex) {\r
  56             return null;\r
  57         }\r
  58     }\r
  59 \r
  60     public String[] getSupportedFormats() {\r
  61         try {\r
  62             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  63             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  64 \r
  65             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  66         } catch (Exception ex) {\r
  67             return null;\r
  68         }\r
  69     }\r
  70 \r
  71     public String[] getSupportedStyles() {\r
  72         try {\r
  73             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
  74             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  75 \r
  76             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  77         } catch (Exception ex) {\r
  78             return null;\r
  79         }\r
  80     }\r
  81 \r
  82     public String[] fetchData(String ids, String f, String s) {\r
  83         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
  84         // max 50 ids can be added at one time\r
  85         try {\r
  86             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
  87             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  88             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  89             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  90             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  91 \r
  92             if (f != null) {\r
  93                 format = f;\r
  94             }\r
  95 \r
  96             if (s != null) {\r
  97                 style = s;\r
  98             }\r
  99 \r
 100             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });\r
 101         } catch (Exception ex) {\r
 102             return null;\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s) {\r
 107         if (f != null) {\r
 108             format = f;\r
 109         }\r
 110 \r
 111         if (s != null) {\r
 112             style = s;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
 116         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 117         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 118         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 119 \r
 120         QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 121         call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 122             qnameAttachment, JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 123             JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 124 \r
 125         call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 126 \r
 127         try {\r
 128             Object ret = call.invoke(new Object[] { arg, format, style });\r
 129 \r
 130             if (null == ret) {\r
 131                 System.err.println("Received null ");\r
 132                 throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 133             }\r
 134 \r
 135             if (ret instanceof String) {\r
 136                 System.err.println("Received problem response from server: " +\r
 137                     ret);\r
 138                 throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 139             }\r
 140 \r
 141             if (!(ret instanceof DataHandler)) {\r
 142                 //The wrong type of object that what was expected.\r
 143                 System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 144                     ret.getClass().getName());\r
 145                 throw new AxisFault("",\r
 146                     "Received problem response from server:" +\r
 147                     ret.getClass().getName(), null, null);\r
 148             }\r
 149 \r
 150             //Still here, so far so good.\r
 151             DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 152 \r
 153             //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 154             String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 155 \r
 156             if (receivedfileName == null) {\r
 157                 System.err.println("Could not get the file name.");\r
 158                 throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null,\r
 159                     null);\r
 160             }\r
 161 \r
 162             if (arg.equalsIgnoreCase("medline")) {\r
 163                 return receivedfileName;\r
 164             } else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro")) {\r
 165                 return receivedfileName;\r
 166             } else {\r
 167                 System.err.println(receivedfileName);\r
 168             }\r
 169         } catch (Exception ex) {\r
 170             ex.printStackTrace();\r
 171         }\r
 172 \r
 173         return "ERROR";\r
 174     }\r
 175 }\r