src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class FastaFile extends AlignFile {\r
  31     public FastaFile() {\r
  32     }\r
  33 \r
  34     public FastaFile(String inStr) {\r
  35         super(inStr);\r
  36     }\r
  37 \r
  38     public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  39         super(inFile, type);\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public void parse() throws IOException {\r
  43         String id = "";\r
  44         StringBuffer seq = new StringBuffer();\r
  45         int count = 0;\r
  46 \r
  47         int sstart = 0;\r
  48         int send = 0;\r
  49 \r
  50         String line;\r
  51 \r
  52         while ((line = nextLine()) != null) {\r
  53             if (line.length() > 0) {\r
  54                 // Do we have an id line?\r
  55                 // JBPNote - this code needs to be standardised to EBI/whatever for the\r
  56                 // >dbref/dbref/dbref|refid1|refid2|refid3 'human-readable' style of naming (should it really exist)\r
  57 \r
  58                 if (line.substring(0, 1).equals(">")) {\r
  59                     if (count != 0) {\r
  60                         if (sstart != 0) {\r
  61                             seqs.addElement(new Sequence(id,\r
  62                                     seq.toString(), sstart, send));\r
  63                         } else {\r
  64                             seqs.addElement(new Sequence(id,\r
  65                                     seq.toString(), 1,\r
  66                                     seq.length()));\r
  67                         }\r
  68                     }\r
  69 \r
  70                     count++;\r
  71 \r
  72                     StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  73 \r
  74                     id = str.nextToken();\r
  75                     id = id.substring(1);\r
  76 \r
  77                     com.stevesoft.pat.Regex dbId = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
  78                             "[A-Za-z-]+/?[A-Za-z-]+\\|(\\w+)\\|(.+)");\r
  79                     // JBPNote At the moment - we don't get rid of the friendly names but this\r
  80                     // behaviour is probably wrong in the long run.\r
  81                     if (dbId.search(id)) {\r
  82                         String dbid = dbId.stringMatched(1);\r
  83                         String idname = dbId.stringMatched(2);\r
  84                         if ( (idname.length() > 0) &&\r
  85                              (idname.indexOf("_") > -1)) {\r
  86                           id = idname; // use the friendly name - apparently no dbid\r
  87                         } else\r
  88                         if (dbid.length()>1) {\r
  89                             id = dbid; // ignore the friendly name - we lose uniprot accession ID otherwise\r
  90                         }\r
  91                     }\r
  92 \r
  93                     if (id.indexOf("/") > 0) {\r
  94                         StringTokenizer st = new StringTokenizer(id, "/");\r
  95 \r
  96                         if (st.countTokens() == 2) {\r
  97                             id = st.nextToken();\r
  98 \r
  99                             String tmp = st.nextToken();\r
 100 \r
 101                             st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 102 \r
 103                             if (st.countTokens() == 2) {\r
 104                                 sstart = Integer.valueOf(st.nextToken())\r
 105                                                 .intValue();\r
 106                                 send = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 107                             }\r
 108                         }\r
 109                     }\r
 110 \r
 111                     seq = new StringBuffer();\r
 112                 } else {\r
 113                     seq = seq.append(line);\r
 114                 }\r
 115             }\r
 116         }\r
 117 \r
 118         if (count > 0) {\r
 119             if (!isValidProteinSequence(seq.toString().toUpperCase())) {\r
 120                 throw new IOException("Invalid protein sequence");\r
 121             }\r
 122 \r
 123             if (sstart != 0) {\r
 124                 seqs.addElement(new Sequence(id, seq.toString().toUpperCase(),\r
 125                         sstart, send));\r
 126             } else {\r
 127                 seqs.addElement(new Sequence(id, seq.toString().toUpperCase(),\r
 128                         1, seq.length()));\r
 129             }\r
 130         }\r
 131     }\r
 132 \r
 133     public static String print(SequenceI[] s) {\r
 134         return print(s, 72);\r
 135     }\r
 136 \r
 137     public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
 138         return print(s, len, true);\r
 139     }\r
 140 \r
 141     public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps) {\r
 142         return print(s, len, gaps, true);\r
 143     }\r
 144 \r
 145     public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps,\r
 146         boolean displayId) {\r
 147         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 148         int i = 0;\r
 149 \r
 150         while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 151             String seq = "";\r
 152 \r
 153             if (gaps) {\r
 154                 seq = s[i].getSequence();\r
 155             } else {\r
 156                 seq = AlignSeq.extractGaps("-. ", s[i].getSequence());\r
 157             }\r
 158 \r
 159             // used to always put this here: + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() +\r
 160             out.append(">" +\r
 161                 ((displayId) ? s[i].getDisplayId() : s[i].getName()) + "\n");\r
 162 \r
 163             int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 164 \r
 165             for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 166                 int start = j * len;\r
 167                 int end = start + len;\r
 168 \r
 169                 if (end < seq.length()) {\r
 170                     out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 171                 } else if (start < seq.length()) {\r
 172                     out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 173                 }\r
 174             }\r
 175 \r
 176             i++;\r
 177         }\r
 178 \r
 179         return out.toString();\r
 180     }\r
 181 \r
 182     public String print() {\r
 183         return print(getSeqsAsArray());\r
 184     }\r
 185 }\r