src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.gui.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.schemes.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import java.io.*;\r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class HTMLOutput\r
  32 {\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   SequenceRenderer sr;\r
  35   Color color;\r
  36 \r
  37   public HTMLOutput(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  41     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  42       jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
  43       new String[]{"html"},\r
  44       new String[]{"HTML files"},\r
  45       "HTML files");\r
  46 \r
  47     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  48     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");\r
  49     chooser.setToolTipText("Save");\r
  50     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
  51     if(value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  52     {\r
  53       String choice =  chooser.getSelectedFile().getPath();\r
  54       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser.getSelectedFile().getParent());\r
  55       try{\r
  56         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(choice));\r
  57         out.println("<HTML>");\r
  58         out.println("<style type=\"text/css\">");\r
  59         out.println("<!--");\r
  60         out.print("td {font-family: \""+av.getFont().getFamily()+"\", \""+av.getFont().getName()+ "\", mono; "\r
  61                    +"font-size: "+av.getFont().getSize()+"px; ");\r
  62 \r
  63 \r
  64         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)\r
  65            out.print("font-weight: BOLD; ");\r
  66 \r
  67         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)\r
  68            out.print("font-style: italic; ");\r
  69 \r
  70         out.println("text-align: center; }");\r
  71 \r
  72         out.println("-->");\r
  73         out.println("</style>");\r
  74         out.println("<BODY>");\r
  75 \r
  76 \r
  77         if(av.getWrapAlignment())\r
  78            drawWrappedAlignment(out);\r
  79         else\r
  80            drawUnwrappedAlignment(out);\r
  81 \r
  82         out.println("\n</body>\n</html>");\r
  83         out.close();\r
  84         jalview.util.BrowserLauncher.openURL( "file:///"+choice );\r
  85       }\r
  86       catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  87     }\r
  88   }\r
  89 \r
  90   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)\r
  91   {\r
  92 \r
  93     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
  94     out.println("<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
  95 \r
  96 \r
  97     //////////////\r
  98     SequenceGroup [] groups;\r
  99     SequenceI seq;\r
 100     ColourSchemeI cs = null;\r
 101     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 102     String r,g,b;\r
 103 \r
 104   // draws the top row, the measure rule\r
 105     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");\r
 106     int i=0;\r
 107     for(i=10; i<alignment.getWidth()-10; i+=10)\r
 108       out.println("<td colspan=\"9\">"+i+"<br>|</td><td></td>");\r
 109 \r
 110     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">"+i+"<br>|</td>");\r
 111     out.println("</tr>");\r
 112 \r
 113     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 114     {\r
 115       seq = alignment.getSequenceAt(i);\r
 116       groups = alignment.findAllGroups( seq );\r
 117       if(av.getShowFullId())\r
 118         out.println("<tr><td nowrap>"+seq.getDisplayId()+"&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 119       else\r
 120         out.println("<tr><td nowrap>"+seq.getName()+"&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 121 \r
 122 \r
 123 \r
 124       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)\r
 125       {\r
 126         cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 127 \r
 128         if(groups!=null)\r
 129          {\r
 130            for (int k = 0; k < groups.length; k++)\r
 131              if (groups[k].getStartRes() <= res && groups[k].getEndRes() >= res)\r
 132              {\r
 133                cs = groups[k].cs;\r
 134                break;\r
 135              }\r
 136          }\r
 137 \r
 138 \r
 139         color = sr.getResidueBoxColour(cs, seq, res);\r
 140 \r
 141         if(color.getRGB()<-1)\r
 142         {\r
 143           out.println("<td bgcolor=\"#"\r
 144                       + jalview.util.Format.getHexString(color)\r
 145                       + "\">"+seq.getCharAt(res)+"</td>");\r
 146         }\r
 147         else\r
 148           out.println("<td>"+seq.getCharAt(res)+"</td>");\r
 149 \r
 150       }\r
 151 \r
 152       out.println("</tr>");\r
 153     }\r
 154     //////////////\r
 155     out.println("</table>");\r
 156     out.println("</td></tr></table>");\r
 157 \r
 158   }\r
 159 \r
 160   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 161   {\r
 162      ////////////////////////////////////\r
 163      /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 164      AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 165      SequenceGroup [] groups;\r
 166      SequenceI seq;\r
 167      ColourSchemeI cs = null;\r
 168      String r,g,b;\r
 169 \r
 170      out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 171      out.println("<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 172 \r
 173      for(int startRes=0; startRes<al.getWidth(); startRes+=av.getChunkWidth())\r
 174      {\r
 175 \r
 176        int endRes = startRes+av.getChunkWidth();\r
 177        if(endRes>al.getWidth())\r
 178            endRes = al.getWidth();\r
 179 \r
 180      out.println("<tr>");\r
 181      out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");\r
 182      for (int i = startRes+10; i < endRes; i += 10)\r
 183        out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 184 \r
 185     // out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 186     //             "<br>|</td>");\r
 187      out.println("</tr>");\r
 188 \r
 189 \r
 190 \r
 191        for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 192        {\r
 193          out.println("<tr>");\r
 194          seq = al.getSequenceAt(s);\r
 195          groups = al.findAllGroups( seq );\r
 196          if(av.getShowFullId())\r
 197            out.println("<td nowrap>"+seq.getDisplayId()+"&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 198          else\r
 199            out.println("<td nowrap>"+seq.getName()+"&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 200 \r
 201          for (int res = startRes; res < endRes; res++)\r
 202               {\r
 203                 cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 204                 if(groups!=null)\r
 205                  {\r
 206                    for (int k = 0; k < groups.length; k++)\r
 207                      if (groups[k].getStartRes() <= res && groups[k].getEndRes() >= res)\r
 208                      {\r
 209                        cs = groups[k].cs;\r
 210                        break;\r
 211                      }\r
 212                  }\r
 213 \r
 214                 color = sr.getResidueBoxColour(cs, seq, res);\r
 215 \r
 216                 if(color.getRGB()<-1)\r
 217                 {\r
 218                   r = Integer.toHexString(color.getRed());\r
 219                   if(r.length()<2)\r
 220                     r = "0"+r;\r
 221                   g = Integer.toHexString(color.getGreen());\r
 222                   if(g.length()<2)\r
 223                     g = "0"+g;\r
 224                   b = Integer.toHexString(color.getBlue());\r
 225                   if(b.length()<2)\r
 226                     b = "0"+b;\r
 227                   out.println("<td bgcolor=\"#"+ r + g + b + "\">"+seq.getCharAt(res)+"</td>");\r
 228                 }\r
 229                 else\r
 230                   out.println("<td>"+seq.getCharAt(res)+"</td>");\r
 231 \r
 232               }\r
 233 \r
 234          out.println("</tr>");\r
 235 \r
 236        }\r
 237        if(endRes<al.getWidth())\r
 238            out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");\r
 239 \r
 240 \r
 241 \r
 242      }\r
 243 \r
 244     out.println("</table>");\r
 245     out.println("</table>");\r
 246 \r
 247 \r
 248 \r
 249   }\r
 250 \r
 251 \r
 252 }\r