src/jalview/io/JPredClient.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import org.apache.axis.client.*;\r
   4 import javax.xml.namespace.QName;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.gui.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.util.*;\r
  10 import java.awt.*;\r
  11 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  12 import ext.vamsas.*;\r
  13 \r
  14 public class JPredClient\r
  15 {\r
  16 \r
  17   JInternalFrame outputFrame = new JInternalFrame();\r
  18   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer(false);\r
  19   int jobsRunning = 0;\r
  20   ext.vamsas.JpredSoapBindingStub server;\r
  21 \r
  22   public JPredClient(SequenceI seq)\r
  23   {\r
  24     output.formatForOutput();\r
  25     outputFrame.setContentPane(output);\r
  26 \r
  27     output.setText("Job details for prediction on sequence :\nName : "\r
  28                    + seq.getName() + "\nSequence : " + seq.getSequence() + "\n");\r
  29     Desktop.addInternalFrame(outputFrame,\r
  30                              "JNet secondary structure prediction job", 800,\r
  31                              300);\r
  32 \r
  33     JPredWSServiceLocator loc = new JPredWSServiceLocator(); // Default\r
  34     try {\r
  35       this.server = (JpredSoapBindingStub) loc.getjpred(); // JBPNote will be set from properties\r
  36     }\r
  37     catch (Exception ex) {\r
  38       output.setText("Serious! JPred Service location failed\nfor URL :"\r
  39                      +loc.getjpredAddress()+"\n"+ex.getMessage());\r
  40     }\r
  41 \r
  42     JPredThread jthread = new JPredThread(seq);\r
  43     jthread.start();\r
  44     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();\r
  45     thread.start();\r
  46   }\r
  47 \r
  48   class ImageTwirler\r
  49       extends Thread\r
  50   {\r
  51     ImageIcon[] imageIcon;\r
  52     int imageIndex = 0;\r
  53     public ImageTwirler()\r
  54     {\r
  55       imageIcon = new ImageIcon[9];\r
  56       for (int i = 0; i < 9; i++)\r
  57       {\r
  58         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/dna" + (i + 1) +\r
  59                                                   ".gif");\r
  60         if (url != null)\r
  61           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);\r
  62       }\r
  63     }\r
  64 \r
  65     public void run()\r
  66     {\r
  67       while (jobsRunning > 0)\r
  68       {\r
  69         try\r
  70         {\r
  71           Thread.sleep(100);\r
  72           imageIndex++;\r
  73           imageIndex %= 9;\r
  74           outputFrame.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);\r
  75           outputFrame.setTitle("JNet Secondary Structure Prediction : " +\r
  76                                jobsRunning + " jobs running.");\r
  77 \r
  78         }\r
  79         catch (Exception ex)\r
  80         {}\r
  81 \r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   class JPredThread\r
  87       extends Thread\r
  88   {\r
  89     String OutputHeader;\r
  90     ext.vamsas.Secstructpred result;\r
  91     ext.vamsas.Sequence sequence;\r
  92     String jobId;\r
  93     boolean jobComplete = false;\r
  94     int allowedServerExceptions = 3; // thread dies if too many exceptions.\r
  95     JPredThread(SequenceI seq)\r
  96     {\r
  97       OutputHeader = output.getText();\r
  98       this.sequence = new ext.vamsas.Sequence();\r
  99       this.sequence.setId(seq.getName());\r
 100       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()));\r
 101     }\r
 102 \r
 103     public void run()\r
 104     {\r
 105 \r
 106       StartJob();\r
 107 \r
 108       while (!jobComplete\r
 109              && (allowedServerExceptions > 0))\r
 110       {\r
 111         try\r
 112         {\r
 113           result = server.getpredict(jobId);\r
 114 \r
 115           if (result.getOutput().indexOf("Job") != 0)\r
 116           {\r
 117             parseResult();\r
 118             jobComplete = true;\r
 119             jobsRunning--;\r
 120           }\r
 121           else\r
 122           {\r
 123             output.setText(OutputHeader + "\n" + result.getOutput());\r
 124           }\r
 125           Thread.sleep(5000);\r
 126           //      System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 127 \r
 128         }\r
 129         catch (Exception ex)\r
 130         {\r
 131           allowedServerExceptions--;\r
 132           String msg = output.getText();\r
 133           output.setText(msg + "\nJPredWS Server exception!\n" + ex.getMessage());\r
 134         }\r
 135       }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     void StartJob()\r
 139     {\r
 140       try\r
 141       {\r
 142         jobId = server.predict(sequence);\r
 143         System.out.println(jobId);\r
 144       }\r
 145       catch (Exception e)\r
 146       {\r
 147         System.out.println("JPredWS Client: Failed to submit the prediction\n" +\r
 148                            e.toString() + "\n");\r
 149         e.printStackTrace();\r
 150       }\r
 151     }\r
 152 \r
 153     void parseResult()\r
 154     {\r
 155       output.setText(OutputHeader + result.getOutput());\r
 156       try {\r
 157         // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
 158         JPredFile prediction=new JPredFile(result.getOutput(), "Paste");\r
 159         SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
 160         Alignment al = new Alignment(preds);\r
 161 \r
 162         AlignmentAnnotation annot;\r
 163         Annotation [] annotations = null;\r
 164         int i = 0;\r
 165         // Rename the query sequence\r
 166         while (i < preds.length)\r
 167         {\r
 168           String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
 169           if(id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET"))\r
 170           {\r
 171             annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 172 \r
 173             if(id.equals("JNETPRED")\r
 174                || id.equals("JNETPSSM")\r
 175                || id.equals("JNETFREQ")\r
 176                || id.equals("JNETHMM")\r
 177                || id.equals("JNETALIGN"))\r
 178             {\r
 179               for (int j = 0; j < al.getWidth(); j++)\r
 180                 annotations[j] = new Annotation("", "", preds[i].getCharAt(j), 0);\r
 181             }\r
 182             else if(id.equals("JNETCONF"))\r
 183             {\r
 184               for (int j = 0; j < al.getWidth(); j++)\r
 185               {\r
 186                 float value = Float.parseFloat(preds[i].getCharAt(j)+"");\r
 187                 annotations[j] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)+"", "",preds[i].getCharAt(j),value);\r
 188               }\r
 189             }\r
 190             else\r
 191             {\r
 192               for (int j = 0; j < al.getWidth(); j++)\r
 193                 annotations[j] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)+"", "", ' ', 0);\r
 194             }\r
 195 \r
 196             if(id.equals("JNETCONF"))\r
 197               annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 198                                            "Jpred Output",\r
 199                                            annotations,0f,10f,1);\r
 200 \r
 201             else   annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 202                                             "Jpred Output",\r
 203                                             annotations);\r
 204             al.addAnnotation(annot);\r
 205             al.deleteSequence(preds[i]);\r
 206           }\r
 207           i++;\r
 208         }\r
 209 \r
 210         Hashtable scores = prediction.Scores;\r
 211 \r
 212         Vector values = (Vector)scores.get("JNETPROPH");\r
 213         annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 214         for (int j = 0; j < al.getWidth(); j++)\r
 215         {\r
 216           float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 217           annotations[j] = new Annotation("", value+"",' ',value);\r
 218         }\r
 219         annot = new AlignmentAnnotation("Jnetproph", "Jpred Output", annotations, 0f,1f,1);\r
 220         al.addAnnotation(annot);\r
 221 \r
 222         values = (Vector)scores.get("JNETPROPB");\r
 223              annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 224              for (int j = 0; j < al.getWidth(); j++)\r
 225              {\r
 226                float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 227                annotations[j] = new Annotation("", value+"",' ',value);\r
 228              }\r
 229              annot = new AlignmentAnnotation("JnetpropB", "Jpred Output", annotations, 0f,1f,1);\r
 230              al.addAnnotation(annot);\r
 231 \r
 232              values = (Vector)scores.get("JNETPROPC");\r
 233                   annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 234                   for (int j = 0; j < al.getWidth(); j++)\r
 235                   {\r
 236                     float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 237                     annotations[j] = new Annotation("", value+"",' ',value);\r
 238                   }\r
 239                   annot = new AlignmentAnnotation("JnetpropC", "Jpred Output", annotations, 0f,1f,1);\r
 240                   al.addAnnotation(annot);\r
 241 \r
 242 \r
 243 \r
 244         AlignFrame af = new AlignFrame(al);\r
 245 \r
 246 \r
 247         /*  JBPNote - need to set correct style of display for the secstrpred alignment object.\r
 248             af.clustalColour.setSelected(true);\r
 249             af.clustalColour_actionPerformed(null);\r
 250          */\r
 251         Desktop.addInternalFrame(af,\r
 252                                  "JNet Prediction for sequence ",\r
 253                                  700, 500);\r
 254       }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 255 \r
 256     }\r
 257 \r
 258   }\r
 259 }\r
 260 \r