src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 import java.util.*;\r
  27 \r
  28 public class PIRFile extends AlignFile {\r
  29 \r
  30   Vector words = new Vector();  //Stores the words in a line after splitting\r
  31 \r
  32   public PIRFile()\r
  33   {}\r
  34 \r
  35   public PIRFile(String inStr) {\r
  36     super(inStr);\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public PIRFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  40     super(inFile,type);\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void parse() {\r
  44     try{\r
  45       String id, start, end;\r
  46       StringBuffer sequence;\r
  47       String line = null;\r
  48       while( (line = nextLine())!=null)\r
  49       {\r
  50         try{\r
  51           id = line.substring(line.indexOf(";") + 1, line.indexOf("/"));\r
  52           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  53           start = line.substring(0, line.indexOf("-"));\r
  54           end = line.substring(line.indexOf("-") + 1);\r
  55         }catch(Exception ex)\r
  56         {  id="No id"; start="0"; end="0"; }\r
  57 \r
  58         sequence = new StringBuffer();\r
  59 \r
  60         line = nextLine(); // this is the title line\r
  61 \r
  62         boolean starFound = false;\r
  63         do\r
  64         {\r
  65           line = nextLine();\r
  66           sequence.append( line );\r
  67           if(line.indexOf("*")>-1)\r
  68             starFound = true;\r
  69 \r
  70         }while(!starFound);\r
  71 \r
  72         sequence.setLength( sequence.length()-1);\r
  73 \r
  74        Sequence newSeq = new Sequence(id,\r
  75                                sequence.toString(),\r
  76                                Integer.parseInt(start),\r
  77                                Integer.parseInt(end));\r
  78          seqs.addElement(newSeq);\r
  79       }\r
  80 \r
  81     }\r
  82     catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public String print() {\r
  86     return print(getSeqsAsArray());\r
  87   }\r
  88   public static String print(SequenceI[] s) {\r
  89     return print(s,72,true);\r
  90   }\r
  91   public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
  92     return print(s,len,true);\r
  93   }\r
  94   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps) {\r
  95     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
  96     int i = 0;\r
  97 \r
  98     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
  99       String seq = "";\r
 100       if (gaps) {\r
 101         seq = s[i].getSequence() + "*";\r
 102       } else {\r
 103         seq = AlignSeq.extractGaps(s[i].getSequence(),"-");\r
 104         seq = AlignSeq.extractGaps(seq,".");\r
 105         seq = AlignSeq.extractGaps(seq," ");\r
 106         seq = seq + "*";\r
 107       }\r
 108 \r
 109       out.append(">P1;" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart()+ "-" + s[i].getEnd() + "\n");\r
 110       out.append(" Dummy title\n");\r
 111       int nochunks = seq.length() / len + 1;\r
 112 \r
 113       for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 114         int start = j*len;\r
 115         int end = start + len;\r
 116 \r
 117         if (end < seq.length()) {\r
 118           out.append(seq.substring(start,end) + "\n");\r
 119         } else if (start < seq.length()) {\r
 120           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 121         }\r
 122       }\r
 123       i++;\r
 124     }\r
 125     return out.toString();\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public static void main(String[] args) {\r
 129     String inStr = ">P1;LCAT_MOUSE_90.35\nMGLPGSPWQRVLLLLGLLLPPATPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNRLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDFNLFLPLGVDCWIDNTRIVYNHSSGRVSNAPGVQIRVPGFGKTESVEYVDDNKLAGY\n\n>LCAT_PAPAN_95.78\nMGPPGSPWQWVPLLLGLLLPPAAPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNQLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDLNMFLPLGVDCWIDNTRVVYNRSSGLVSNAPGVQIRVPGFGKTYSVEYLDSSKLAGY\nLHTLVQNLVNNGYVRDETVRAAPYDWRLEPGQQEEYYHKLAGLVEEMHAAYGKPVFLIGHSLGCLHLLYFLL\n";\r
 130     PIRFile fa = new PIRFile(inStr);\r
 131   }\r
 132 }\r
 133 \r
 134 \r
 135 \r