src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PIRFile extends AlignFile {\r
  31     Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  32 \r
  33     public PIRFile() {\r
  34     }\r
  35 \r
  36     public PIRFile(String inStr) {\r
  37         super(inStr);\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public PIRFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  41         super(inFile, type);\r
  42     }\r
  43 \r
  44     public void parse() {\r
  45         try {\r
  46             String id;\r
  47             String start;\r
  48             String end;\r
  49             StringBuffer sequence;\r
  50             String line = null;\r
  51 \r
  52             while ((line = nextLine()) != null) {\r
  53                 try {\r
  54                     id = line.substring(line.indexOf(";") + 1, line.indexOf("/"));\r
  55                     line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  56                     start = line.substring(0, line.indexOf("-"));\r
  57                     end = line.substring(line.indexOf("-") + 1);\r
  58                 } catch (Exception ex) {\r
  59                     id = "No id";\r
  60                     start = "0";\r
  61                     end = "0";\r
  62                 }\r
  63 \r
  64                 sequence = new StringBuffer();\r
  65 \r
  66                 line = nextLine(); // this is the title line\r
  67 \r
  68                 boolean starFound = false;\r
  69 \r
  70                 do {\r
  71                     line = nextLine();\r
  72                     sequence.append(line);\r
  73 \r
  74                     if (line.indexOf("*") > -1) {\r
  75                         starFound = true;\r
  76                     }\r
  77                 } while (!starFound);\r
  78 \r
  79                 sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  80 \r
  81                 Sequence newSeq = new Sequence(id, sequence.toString(),\r
  82                         Integer.parseInt(start), Integer.parseInt(end));\r
  83                 seqs.addElement(newSeq);\r
  84             }\r
  85         } catch (Exception ex) {\r
  86             ex.printStackTrace();\r
  87         }\r
  88     }\r
  89 \r
  90     public String print() {\r
  91         return print(getSeqsAsArray());\r
  92     }\r
  93 \r
  94     public static String print(SequenceI[] s) {\r
  95         return print(s, 72, true);\r
  96     }\r
  97 \r
  98     public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
  99         return print(s, len, true);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps) {\r
 103         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 104         int i = 0;\r
 105 \r
 106         while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 107             String seq = "";\r
 108 \r
 109             if (gaps) {\r
 110                 seq = s[i].getSequence() + "*";\r
 111             } else {\r
 112                 seq = AlignSeq.extractGaps(s[i].getSequence(), "-");\r
 113                 seq = AlignSeq.extractGaps(seq, ".");\r
 114                 seq = AlignSeq.extractGaps(seq, " ");\r
 115                 seq = seq + "*";\r
 116             }\r
 117 \r
 118             out.append(">P1;" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 119                 s[i].getEnd() + "\n");\r
 120             out.append(" Dummy title\n");\r
 121 \r
 122             int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 123 \r
 124             for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 125                 int start = j * len;\r
 126                 int end = start + len;\r
 127 \r
 128                 if (end < seq.length()) {\r
 129                     out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 130                 } else if (start < seq.length()) {\r
 131                     out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 132                 }\r
 133             }\r
 134 \r
 135             i++;\r
 136         }\r
 137 \r
 138         return out.toString();\r
 139     }\r
 140 \r
 141     public static void main(String[] args) {\r
 142         String inStr = ">P1;LCAT_MOUSE_90.35\nMGLPGSPWQRVLLLLGLLLPPATPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNRLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDFNLFLPLGVDCWIDNTRIVYNHSSGRVSNAPGVQIRVPGFGKTESVEYVDDNKLAGY\n\n>LCAT_PAPAN_95.78\nMGPPGSPWQWVPLLLGLLLPPAAPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNQLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDLNMFLPLGVDCWIDNTRVVYNRSSGLVSNAPGVQIRVPGFGKTYSVEYLDSSKLAGY\nLHTLVQNLVNNGYVRDETVRAAPYDWRLEPGQQEEYYHKLAGLVEEMHAAYGKPVFLIGHSLGCLHLLYFLL\n";\r
 143         PIRFile fa = new PIRFile(inStr);\r
 144     }\r
 145 }\r