src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Format;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.HashMap;
  31
  32 public class PfamFile extends AlignFile
  33 {
  34
  35   public PfamFile()
  36   {
  37   }
  38
  39   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  40   {
  41     super(inFile, type);
  42   }
  43
  44   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  45   {
  46     super(source);
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public void initData()
  51   {
  52     super.initData();
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public void parse() throws IOException
  57   {
  58     int i = 0;
  59     String line;
  60
  61     HashMap<String, StringBuffer> seqhash = new HashMap<String, StringBuffer>();
  62     ArrayList<String> headers = new ArrayList<String>();
  63     boolean useTabs = false;
  64     int spces;
  65     while ((line = nextLine()) != null)
  66     {
  67       if (line.indexOf("#") == 0)
  68       {
  69         // skip comment lines
  70         continue;
  71       }
  72       // locate first space or (if already checked), tab
  73       if (useTabs)
  74       {
  75         spces = line.indexOf("\t");
  76       }
  77       else
  78       {
  79         spces = line.indexOf(" ");
  80         // check to see if we ought to split on tabs instead.
  81         if (!useTabs && spces == -1)
  82         {
  83           useTabs = true;
  84           spces = line.indexOf("\t");
  85         }
  86       }
  87       if (spces <= 0)
  88       {
  89         // no sequence data to split on
  90         continue;
  91       }
  92       String id = line.substring(0, spces);
  93       StringBuffer tempseq;
  94
  95       if (seqhash.containsKey(id))
  96       {
  97         tempseq = seqhash.get(id);
  98       }
  99       else
 100       {
 101         tempseq = new StringBuffer();
 102         seqhash.put(id, tempseq);
 103       }
 104
 105       if (!(headers.contains(id)))
 106       {
 107         headers.add(id);
 108       }
 109       if (spces + 1 < line.length())
 110       {
 111         tempseq.append(line.substring(spces + 1).trim());
 112       }
 113     }
 114
 115     this.noSeqs = headers.size();
 116
 117     if (noSeqs < 1)
 118     {
 119       throw new IOException(
 120               MessageManager.getString("exception.pfam_no_sequences_found"));
 121     }
 122
 123     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 124     {
 125       if (seqhash.get(headers.get(i)) != null)
 126       {
 127         if (maxLength < seqhash.get(headers.get(i)).toString()
 128                 .length())
 129         {
 130           maxLength = seqhash.get(headers.get(i)).toString().length();
 131         }
 132
 133         Sequence newSeq = parseId(headers.get(i).toString());
 134         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.get(i).toString())
 135                 .toString());
 136         seqs.addElement(newSeq);
 137       }
 138       else
 139       {
 140         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 141                 + headers.get(i));
 142       }
 143     }
 144   }
 145
 146   public String print(SequenceI[] s)
 147   {
 148     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 149
 150     int max = 0;
 151     int maxid = 0;
 152
 153     int i = 0;
 154
 155     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 156     {
 157       String tmp = printId(s[i]);
 158
 159       if (s[i].getSequence().length > max)
 160       {
 161         max = s[i].getSequence().length;
 162       }
 163
 164       if (tmp.length() > maxid)
 165       {
 166         maxid = tmp.length();
 167       }
 168
 169       i++;
 170     }
 171
 172     if (maxid < 15)
 173     {
 174       maxid = 15;
 175     }
 176
 177     int j = 0;
 178
 179     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 180     {
 181       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 182
 183       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 184       out.append(newline);
 185       j++;
 186     }
 187
 188     out.append(newline);
 189
 190     return out.toString();
 191   }
 192
 193   @Override
 194   public String print()
 195   {
 196     return print(getSeqsAsArray());
 197   }
 198 }