src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PfamFile extends AlignFile {\r
  31     Vector ids;\r
  32 \r
  33     public PfamFile() {\r
  34     }\r
  35 \r
  36     public PfamFile(String inStr) {\r
  37         super(inStr);\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  41         super(inFile, type);\r
  42     }\r
  43 \r
  44     public void initData() {\r
  45         super.initData();\r
  46         ids = new Vector();\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public void parse() throws IOException {\r
  50         int i = 0;\r
  51         String line;\r
  52 \r
  53         Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  54         Vector headers = new Vector();\r
  55 \r
  56         while ((line = nextLine()) != null) {\r
  57             if (line.indexOf(" ") != 0) {\r
  58                 if (line.indexOf("#") != 0) {\r
  59                     StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  60                     String id = "";\r
  61 \r
  62                     if (str.hasMoreTokens()) {\r
  63                         id = str.nextToken();\r
  64 \r
  65                         StringBuffer tempseq;\r
  66 \r
  67                         if (seqhash.containsKey(id)) {\r
  68                             tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  69                         } else {\r
  70                             tempseq = new StringBuffer();\r
  71                             seqhash.put(id, tempseq);\r
  72                         }\r
  73 \r
  74                         if (!(headers.contains(id))) {\r
  75                             headers.addElement(id);\r
  76                         }\r
  77 \r
  78                         tempseq.append(str.nextToken());\r
  79                     }\r
  80                 }\r
  81             }\r
  82         }\r
  83 \r
  84         this.noSeqs = headers.size();\r
  85 \r
  86         if (noSeqs < 1) {\r
  87             throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
  88         }\r
  89 \r
  90         for (i = 0; i < headers.size(); i++) {\r
  91             if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  92                 if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
  93                                            .length()) {\r
  94                     maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
  95                                        .length();\r
  96                 }\r
  97 \r
  98                 String head = headers.elementAt(i).toString();\r
  99                 int start = 1;\r
 100                 int end = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 101 \r
 102                 if (head.indexOf("/") > 0) {\r
 103                     StringTokenizer st = new StringTokenizer(head, "/");\r
 104 \r
 105                     if (st.countTokens() == 2) {\r
 106                         ids.addElement(st.nextToken());\r
 107 \r
 108                         String tmp = st.nextToken();\r
 109                         st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 110 \r
 111                         if (st.countTokens() == 2) {\r
 112                             start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 113                             end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 114                         } else {\r
 115                             start = -1;\r
 116                             end = -1;\r
 117                         }\r
 118                     } else {\r
 119                         ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 120                     }\r
 121                 } else {\r
 122                     ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 123                 }\r
 124 \r
 125                 Sequence newSeq = null;\r
 126 \r
 127                 if ((start != -1) && (end != -1)) {\r
 128                     newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 129                             seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 130                                    .toString(), start, end);\r
 131                     seqs.addElement(newSeq);\r
 132                 } else {\r
 133                     newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 134                             seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 135                                    .toString(), 1,\r
 136                             seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 137                                    .toString().length());\r
 138                     seqs.addElement(newSeq);\r
 139                 }\r
 140 \r
 141                 if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence())) {\r
 142                     throw new IOException(\r
 143                         "Not a valid protein sequence - (PFAM input)");\r
 144                 }\r
 145             } else {\r
 146                 System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +\r
 147                     headers.elementAt(i));\r
 148             }\r
 149         }\r
 150     }\r
 151 \r
 152     public static String print(SequenceI[] s) {\r
 153         StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 154 \r
 155         int max = 0;\r
 156         int maxid = 0;\r
 157 \r
 158         int i = 0;\r
 159 \r
 160         while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 161             String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 162                 s[i].getEnd();\r
 163 \r
 164             if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 165                 max = s[i].getSequence().length();\r
 166             }\r
 167 \r
 168             if (tmp.length() > maxid) {\r
 169                 maxid = tmp.length();\r
 170             }\r
 171 \r
 172             i++;\r
 173         }\r
 174 \r
 175         if (maxid < 15) {\r
 176             maxid = 15;\r
 177         }\r
 178 \r
 179         int j = 0;\r
 180 \r
 181         while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {\r
 182             out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() +\r
 183                     "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 184 \r
 185             out.append(s[j].getSequence() + "\n");\r
 186             j++;\r
 187         }\r
 188 \r
 189         out.append("\n");\r
 190 \r
 191         return out.toString();\r
 192     }\r
 193 \r
 194     public String print() {\r
 195         return print(getSeqsAsArray());\r
 196     }\r
 197 }\r