src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java

   1 package jalview.javascript;\r
   2 \r
   3 import java.awt.Color;\r
   4 import jalview.api.AlignmentViewPanel;\r
   5 import jalview.api.FeatureRenderer;\r
   6 import jalview.api.SequenceRenderer;\r
   7 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
   8 import jalview.bin.JalviewLite;\r
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  10 import jalview.ext.jmol.JmolCommands;\r
  11 import jalview.structure.StructureListener;\r
  12 import jalview.structure.StructureMapping;\r
  13 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  14 \r
  15 public class MouseOverStructureListener extends JSFunctionExec implements\r
  16         JsCallBack, StructureListener\r
  17 {\r
  18 \r
  19   String _listenerfn;\r
  20 \r
  21   String[] modelSet;\r
  22 \r
  23   public MouseOverStructureListener(JalviewLite jalviewLite,\r
  24           String listener, String[] modelList)\r
  25   {\r
  26     super(jalviewLite);\r
  27     _listenerfn = listener;\r
  28     modelSet = modelList;\r
  29     if (modelSet != null)\r
  30     {\r
  31       for (int i = 0; i < modelSet.length; i++)\r
  32       {\r
  33         // resolve a real filename\r
  34         try\r
  35         {\r
  36           if (new java.net.URL(modelSet[i]).openConnection() != null)\r
  37           {\r
  38             continue;\r
  39           }\r
  40         } catch (Exception x)\r
  41         {\r
  42         }\r
  43         ;\r
  44         try\r
  45         {\r
  46           String db = jvlite.getDocumentBase().toString();\r
  47           db = db.substring(0, db.lastIndexOf("/"));\r
  48           if (new java.net.URL(db + "/" + modelSet[i]).openConnection() != null)\r
  49           {\r
  50             modelSet[i] = db + "/" + modelSet[i];\r
  51             continue;\r
  52           }\r
  53         } catch (Exception x)\r
  54         {\r
  55         }\r
  56         ;\r
  57         try\r
  58         {\r
  59           if (new java.net.URL(jvlite.getCodeBase() + modelSet[i])\r
  60                   .openConnection() != null)\r
  61           {\r
  62             modelSet[i] = jvlite.getCodeBase() + modelSet[i];\r
  63             continue;\r
  64           }\r
  65         } catch (Exception x)\r
  66         {\r
  67         }\r
  68         ;\r
  69 \r
  70       }\r
  71     }\r
  72   }\r
  73 \r
  74   @Override\r
  75   public String[] getPdbFile()\r
  76   {\r
  77     return modelSet;\r
  78   }\r
  79 \r
  80   @Override\r
  81   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)\r
  82   {\r
  83 \r
  84     // StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().mouseOverStructure(atomIndex,\r
  85     // chain, pdbfile)\r
  86     // TODO Auto-generated method stub\r
  87 \r
  88   }\r
  89 \r
  90   @Override\r
  91   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,\r
  92           String pdbId)\r
  93   {\r
  94     String[] st = new String[0];\r
  95     try\r
  96     {\r
  97       executeJavascriptFunction(_listenerfn, st = new String[]\r
  98       { "mouseover", "" + pdbId, "" + chain, "" + (pdbResNum),\r
  99           "" + atomIndex });\r
 100     } catch (Exception ex)\r
 101     {\r
 102       System.err.println("Couldn't execute callback with " + _listenerfn\r
 103               + " using args { " + st[0] + ", " + st[1] + ", " + st[2]\r
 104               + "," + st[3] + "\n");\r
 105       ex.printStackTrace();\r
 106 \r
 107     }\r
 108 \r
 109   }\r
 110 \r
 111   @Override\r
 112  public synchronized void updateColours(Object srce)\r
 113   {\r
 114     final Object source = srce;\r
 115     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager\r
 116             .getStructureSelectionManager(jvlite);\r
 117     // if (jvlite.debug)\r
 118     // {\r
 119     // ssm.reportMapping();\r
 120     // }\r
 121     if (source instanceof jalview.api.AlignmentViewPanel)\r
 122     {\r
 123       SequenceI[][] sequence = new SequenceI[modelSet.length][];\r
 124       for (int m = 0; m < modelSet.length; m++)\r
 125       {\r
 126         StructureMapping[] sm = ssm.getMapping(modelSet[m]);\r
 127         if (sm != null && sm.length > 0)\r
 128         {\r
 129           sequence[m] = new SequenceI[sm.length];\r
 130           for (int i = 0; i < sm.length; i++)\r
 131           {\r
 132             sequence[m][i] = sm[i].getSequence();\r
 133           }\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137           sequence[m] = new SequenceI[0];\r
 138         }\r
 139         // if (jvlite.debug)\r
 140         // {\r
 141         // System.err.println("Mapped '" + modelSet[m] + "' to "\r
 142         // + sequence[m].length + " sequences.");\r
 143         // }\r
 144       }\r
 145 \r
 146       SequenceRenderer sr = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source)\r
 147               .getSequenceRenderer();\r
 148       FeatureRenderer fr = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av\r
 149               .getShowSequenceFeatures() ? new jalview.appletgui.FeatureRenderer(\r
 150               ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av) : null;\r
 151       if (fr != null)\r
 152       {\r
 153         ((jalview.appletgui.FeatureRenderer) fr)\r
 154                 .transferSettings(((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source)\r
 155                         .getFeatureRenderer());\r
 156       }\r
 157       ;\r
 158 \r
 159       // Form a colour command for the given alignment panel\r
 160       final String[] colcommands = JmolCommands.getColourBySequenceCommand(\r
 161               ssm, modelSet, sequence, sr, fr,\r
 162               ((AlignmentViewPanel) source).getAlignment());\r
 163       if (colcommands==null)\r
 164       {\r
 165         // \r
 166         return;\r
 167       }\r
 168       String mclass,mhandle;\r
 169       if (jvlite.isJsMessageSetChanged(mclass="colourstruct",mhandle=((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av\r
 170               .getViewId(), colcommands)) {\r
 171       jvlite.setJsMessageSet(mclass, mhandle , colcommands);\r
 172       // and notify javascript handler\r
 173       String st[] = new String[]\r
 174                                                   {\r
 175               "colourstruct",\r
 176               ""\r
 177                       + ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av\r
 178                               .getViewId(), ""+colcommands.length, ""+(colcommands[0]!=null ? colcommands[0].length() : 0)};\r
 179       try\r
 180       {\r
 181         executeJavascriptFunction(\r
 182                 true,\r
 183                 _listenerfn,st\r
 184 );\r
 185       } catch (Exception ex)\r
 186       {\r
 187         System.err.println("Couldn't execute callback with "\r
 188                 + _listenerfn + " using args { " + st[0] + ", "\r
 189                 + st[1] + ", " + st[2] + "," + st[3] + "\n");\r
 190         ex.printStackTrace();\r
 191 \r
 192       }\r
 193       }\r
 194 /*      new Thread(new Runnable()\r
 195       {\r
 196         public void run()\r
 197         {\r
 198           // and send to javascript handler\r
 199           String st[] = new String[0];\r
 200           int i = 0;\r
 201           for (String colcommand : colcommands)\r
 202           {\r
 203             // do sync execution for each chunk\r
 204             try\r
 205             {\r
 206               executeJavascriptFunction(\r
 207                       false,\r
 208                       _listenerfn,\r
 209                       st = new String[]\r
 210                       {\r
 211                           "colourstruct",\r
 212                           ""\r
 213                                   + ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av\r
 214                                           .getViewId(), handle, "" });\r
 215             } catch (Exception ex)\r
 216             {\r
 217               System.err.println("Couldn't execute callback with "\r
 218                       + _listenerfn + " using args { " + st[0] + ", "\r
 219                       + st[1] + ", " + st[2] + "," + st[3] + "\n");\r
 220               ex.printStackTrace();\r
 221 \r
 222             }\r
 223           }\r
 224         }\r
 225       }).start();\r
 226   */\r
 227     }\r
 228 \r
 229   }\r
 230 \r
 231   @Override\r
 232   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,\r
 233           String pdbId)\r
 234   {\r
 235     return null;\r
 236   }\r
 237 \r
 238   @Override\r
 239   public AlignFrame getAlignFrame()\r
 240   {\r
 241     // associated with all alignframes, always.\r
 242     return null;\r
 243   }\r
 244 \r
 245   @Override\r
 246   public String getListenerFunction()\r
 247   {\r
 248     return _listenerfn;\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void finalise()\r
 252   {\r
 253     jvlite=null;\r
 254     super.finalize();\r
 255   }\r
 256   @Override\r
 257   public void releaseReferences(Object svl)\r
 258   {\r
 259     \r
 260     // TODO Auto-generated method stub\r
 261 \r
 262   }\r
 263 \r
 264 }\r