src/jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationPojo.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  24
  25 public class AnnotationPojo
  26 {
  27   @Attributes(
  28     required = false,
  29     description = "Display character for the given annotation")
  30   private String displayCharacter;
  31
  32   @Attributes(
  33     required = false,
  34     description = "Description for the annotation")
  35   private String description;
  36
  37   @Attributes(
  38     required = true,
  39     enums = { "E", "H", "\u0000", ")", "(" },
  40     description = "Determines what is rendered for the secondary </br>structure <ul><li>’E’ - indicates Beta Sheet/Strand <li>’H’ - indicates alpha helix </li><li> ‘\\u0000’ - indicates blank</li></ul></br>For RNA Helix (only shown when working with</br> nucleotide sequences): <ul><li> ‘(’ - indicates bases pair with columns upstream</br> (to right) </li><li> ’(’ - indicate region pairs with bases to the left</li></ul>")
  41   private char secondaryStructure;
  42
  43   @Attributes(required = false, description = "Value of the annotation")
  44   private float value;
  45
  46   @Attributes(required = false, description = "Colour for position")
  47   private String colour;
  48
  49   public String getDisplayCharacter()
  50   {
  51     return displayCharacter;
  52   }
  53
  54   public void setDisplayCharacter(String displayCharacter)
  55   {
  56     this.displayCharacter = displayCharacter;
  57   }
  58
  59   public String getDescription()
  60   {
  61     return description;
  62   }
  63
  64   public void setDescription(String description)
  65   {
  66     this.description = description;
  67   }
  68
  69   public char getSecondaryStructure()
  70   {
  71     return secondaryStructure;
  72   }
  73
  74   public void setSecondaryStructure(char secondaryStructure)
  75   {
  76     this.secondaryStructure = secondaryStructure;
  77   }
  78
  79   public float getValue()
  80   {
  81     return value;
  82   }
  83
  84   public void setValue(float value)
  85   {
  86     this.value = value;
  87   }
  88
  89   public String getColour()
  90   {
  91     return colour;
  92   }
  93
  94   public void setColour(String colour)
  95   {
  96     this.colour = colour;
  97   }
  98
  99 }