src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   4
   5
   6
   7 public class SequencePojo
   8 {
   9   @Attributes(
  10     required = true,
  11     minLength = 3,
  12     maxLength = 2147483647,
  13     description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters “.”, “-” or “ ”")
  14   private String seq;
  15
  16   @Attributes(required = true, description = "Sequence name")
  17   private String name;
  18
  19   @Attributes(required = false, description = "Sequence type", enums = {"DNA", "RNA", "Protein"})
  20   private String type;
  21
  22   @Attributes(required = true, description = "Unique identifier for a given Sequence")
  23   private String id;
  24
  25   @Attributes(required = false, description = "The order/position of a sequence in the alignment space")
  26   private int order;
  27
  28   @Attributes(required = true, description = "The index of the sequence’s first residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  29   private int start;
  30
  31   @Attributes(required = true, description = "The index of the sequence’s last residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  32   private int end;
  33
  34
  35   public SequencePojo()
  36   {
  37   }
  38
  39   public SequencePojo(int start, int end, String id, String name, String seq)
  40   {
  41     this.id = id;
  42     this.name = name;
  43     this.seq = seq;
  44   }
  45   public String getSeq()
  46   {
  47     return seq;
  48   }
  49
  50   public void setSeq(String seq)
  51   {
  52     this.seq = seq;
  53   }
  54
  55   public String getName()
  56   {
  57
  58     return name;
  59   }
  60
  61   public void setName(String name)
  62   {
  63     this.name = name;
  64   }
  65
  66   public String getId()
  67   {
  68     return id;
  69   }
  70
  71   public void setId(String id)
  72   {
  73     this.id = id;
  74   }
  75
  76   public int getStart()
  77   {
  78     return start;
  79   }
  80
  81   public void setStart(int start)
  82   {
  83     this.start = start;
  84   }
  85
  86   public int getEnd()
  87   {
  88     return end;
  89   }
  90
  91   public void setEnd(int end)
  92   {
  93     this.end = end;
  94   }
  95
  96   public int getOrder()
  97   {
  98     return order;
  99   }
 100
 101   public void setOrder(int order)
 102   {
 103     this.order = order;
 104   }
 105
 106
 107   public String getType()
 108   {
 109     return type;
 110   }
 111
 112   public void setType(String type)
 113   {
 114     this.type = type;
 115   }
 116
 117 }