src/jalview/json/binding/v1/BioJsAlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.v1;
   2
   3 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
   4 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
   7 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
   8 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
   9 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  10 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  11 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  12 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  13 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  14 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  15 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  16
  17 import java.util.ArrayList;
  18
  19 public class BioJsAlignmentPojo
  20 {
  21   private String globalColorScheme = "none";
  22   private ArrayList<BioJsSeqPojo> seqs = new ArrayList<BioJsSeqPojo>();
  23
  24   public BioJsAlignmentPojo()
  25   {
  26
  27   }
  28   public ArrayList<BioJsSeqPojo> getSeqs()
  29   {
  30     return seqs;
  31   }
  32
  33   public void setSeqs(ArrayList<BioJsSeqPojo> seqs)
  34   {
  35     this.seqs = seqs;
  36   }
  37   public String getGlobalColorScheme()
  38   {
  39     return globalColorScheme;
  40   }
  41   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  42   {
  43     for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  44             .values())
  45     {
  46       if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  47       {
  48         this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  49         break;
  50       }
  51     }
  52
  53     // JALVIEW colors not in biojs
  54     // Blosum62
  55     // T-Coffee Scores (almost same with Blosom62
  56     // RNA Interaction type - no color applied
  57     // RNA Helices - missing
  58
  59     // BIOJS Colour not in jalview
  60     // schemes.push name: "Lesk", id: "lesk"
  61     // schemes.push name: "Cinema", id: "cinema"
  62     // schemes.push name: "MAE", id: "mae"
  63     // schemes.push name: "Clustal2", id: "clustal2"
  64
  65   }
  66
  67
  68   public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  69   {
  70     USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  71             null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  72             "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR(
  73             "Taylor", "taylor", new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE(
  74             "Nucleotide", "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
  75             "Purine/Pyrimidine", "purine",
  76             new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
  77             "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
  78             "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
  79             "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
  80             "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
  81             "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
  82
  83     // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
  84     T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores",
  85  null), RNA_INT_TYPE(
  86             "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
  87             new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
  88             "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
  89             "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
  90             "% Identity", "pid",
  91             new PIDColourScheme());
  92
  93     private String jalviewName;
  94     private String bioJsName;
  95
  96     private ColourSchemeI jvColourScheme;
  97
  98     private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
  99             String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
 100     {
 101       this.jalviewName = jalviewName;
 102       this.bioJsName = bioJsName;
 103       this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
 104     }
 105
 106     public String getJalviewName()
 107     {
 108       return jalviewName;
 109     }
 110
 111     public String getBioJsName()
 112     {
 113       return bioJsName;
 114     }
 115
 116     public ColourSchemeI getJvColourScheme()
 117     {
 118       return jvColourScheme;
 119     }
 120
 121     public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
 122     {
 123       this.jvColourScheme = jvColourScheme;
 124     }
 125
 126   }
 127 }