src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport.AutoAnnotation;
  39
  40 import java.awt.BasicStroke;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.Graphics2D;
  46 import java.awt.Image;
  47 import java.awt.font.LineMetrics;
  48 import java.awt.geom.AffineTransform;
  49 import java.awt.image.ImageObserver;
  50 import java.util.BitSet;
  51 import java.util.Hashtable;
  52
  53 public class AnnotationRenderer
  54 {
  55   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  56
  57   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  58
  59   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  60
  61   /**
  62    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  63    */
  64   private final boolean debugRedraw;
  65
  66   private int charWidth, endRes, charHeight;
  67
  68   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  69
  70   private FontMetrics fm;
  71
  72   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  73
  74   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  75           av_normaliseProfile = false;
  76
  77   ResidueShaderI profcolour = null;
  78
  79   private ColumnSelection columnSelection;
  80
  81   private HiddenColumns hiddenColumns;
  82
  83   private ProfilesI hconsensus;
  84
  85   private Hashtable[] complementConsensus;
  86
  87   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  88
  89   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  90
  91   /**
  92    * attributes set from AwtRenderPanelI
  93    */
  94   /**
  95    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  96    * rendered
  97    */
  98   private Image fadedImage;
  99
 100   /**
 101    * panel being rendered into
 102    */
 103   private ImageObserver annotationPanel;
 104
 105   /**
 106    * width of image to render in panel
 107    */
 108   private int imgWidth;
 109
 110   /**
 111    * offset to beginning of visible area
 112    */
 113   private int sOffset;
 114
 115   /**
 116    * offset to end of visible area
 117    */
 118   private int visHeight;
 119
 120   /**
 121    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 122    * annotation given the current view settings
 123    */
 124   private boolean useClip = true;
 125
 126   /**
 127    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 128    * jalview 2.8.1
 129    */
 130   private boolean canClip = false;
 131
 132   public AnnotationRenderer()
 133   {
 134     this(false);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Create a new annotation Renderer
 139    *
 140    * @param debugRedraw
 141    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 142    *          output
 143    */
 144   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 145   {
 146     this.debugRedraw = debugRedraw;
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 151    */
 152   public void dispose()
 153   {
 154     hconsensus = null;
 155     complementConsensus = null;
 156     hStrucConsensus = null;
 157     fadedImage = null;
 158     annotationPanel = null;
 159   }
 160
 161   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 162           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 163           boolean validRes, boolean validEnd)
 164   {
 165     g.setColor(STEM_COLOUR);
 166     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 167             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 168     int x1 = lastSSX;
 169     int x2 = (x * charWidth);
 170
 171     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 172             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 173
 174     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 175             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 176     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 177             || row_annotations[column] == null
 178             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 179
 180     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 181     {
 182       if (diffupstream)
 183       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 184       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 185       {
 186         /*
 187          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 188          * display a backward arrow
 189          */
 190         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 191                 new int[]
 192                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 193                 3);
 194         x1 += 5;
 195       }
 196       if (diffdownstream)
 197       {
 198         x2 -= 1;
 199       }
 200     }
 201     else
 202     {
 203       // display a forward arrow
 204       if (diffdownstream)
 205       {
 206         /*
 207          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 208          * display a forward arrow
 209          */
 210         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 211                 new int[]
 212                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 213                 3);
 214         x2 -= 5;
 215       }
 216       if (diffupstream)
 217       {
 218         x1 += 1;
 219       }
 220     }
 221     // draw arrow body
 222     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 223   }
 224
 225   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 226           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 227           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 228           boolean validEnd)
 229   {
 230     // System.out.println(nonCanColor);
 231
 232     g.setColor(nonCanColor);
 233     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 234             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 235     int x1 = lastSSX;
 236     int x2 = (x * charWidth);
 237
 238     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 239             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 240
 241     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 242             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 243     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 244             || row_annotations[column] == null
 245             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 246     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 247     // down:"+diffdownstream);
 248     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 249     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 250     {
 251
 252       if (diffupstream)
 253       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 254       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 255       {
 256         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 257                 new int[]
 258                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 259                 3);
 260         x1 += 5;
 261       }
 262       if (diffdownstream)
 263       {
 264         x2 -= 1;
 265       }
 266     }
 267     else
 268     {
 269
 270       // display a forward arrow
 271       if (diffdownstream)
 272       {
 273         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 274                 new int[]
 275                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 276                 3);
 277         x2 -= 5;
 278       }
 279       if (diffupstream)
 280       {
 281         x1 += 1;
 282       }
 283     }
 284     // draw arrow body
 285     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 286   }
 287
 288   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 289   // av)
 290   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 291           AlignViewportI av)
 292   {
 293     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 294     annotationPanel = annotPanel;
 295     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 296     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 297     // visible area for rendering
 298     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 299     if (bounds != null)
 300     {
 301       sOffset = bounds[0];
 302       visHeight = bounds[1];
 303       if (visHeight == 0)
 304       {
 305         useClip = false;
 306       }
 307       else
 308       {
 309         useClip = canClip;
 310       }
 311     }
 312     else
 313     {
 314       useClip = false;
 315     }
 316
 317     updateFromAlignViewport(av);
 318   }
 319
 320   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 321   {
 322     charWidth = av.getCharWidth();
 323     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 324     charHeight = av.getCharHeight();
 325     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 326     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 327     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 328     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 329     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 330     profcolour = av.getResidueShading();
 331     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 332     {
 333       /*
 334        * Use default colour for sequence logo if
 335        * the alignment has no colourscheme set
 336        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 337        */
 338       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 339               ? new NucleotideColourScheme()
 340               : new ZappoColourScheme();
 341       profcolour = new ResidueShader(col);
 342     }
 343     columnSelection = av.getColumnSelection();
 344     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 345     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 346     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 347     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 348     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 353    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 354    * depend on the profile type.
 355    *
 356    * @param aa
 357    * @param column
 358    * @return
 359    */
 360   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 361   {
 362     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 363     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 364     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 365     //
 366     if (aa.autoCalculated
 367             && (aa.label.startsWith(AutoAnnotation.CONSENSUS.label)
 368             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 369     {
 370       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 371       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 372               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 373       {
 374         // TODO? group consensus for cDNA complement
 375         return AAFrequency.extractProfile(
 376                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 377                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 378       }
 379       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 380       // be stored
 381       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 382       {
 383         if (forComplement)
 384         {
 385           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 386                   av_ignoreGapsConsensus);
 387         }
 388         else
 389         {
 390           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 391                   av_ignoreGapsConsensus);
 392         }
 393       }
 394     }
 395     else
 396     {
 397       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 398       {
 399         // TODO implement group structure consensus
 400         /*
 401          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 402          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 403          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 404          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 405          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 406          */
 407         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 408         // to
 409         // be stored
 410         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 411                 && hStrucConsensus != null
 412                 && hStrucConsensus.length > column)
 413         {
 414           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 415                   av_ignoreGapsConsensus);
 416         }
 417       }
 418     }
 419     return null;
 420   }
 421
 422   boolean rna = false;
 423
 424   /**
 425    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 426    *
 427    * @param annotPanel
 428    *          container frame
 429    * @param av
 430    *          data and view settings to render
 431    * @param g
 432    *          destination for graphics
 433    * @param activeRow
 434    *          row where a mouse event occured (or -1)
 435    * @param startRes
 436    *          first column that will be drawn
 437    * @param endRes
 438    *          last column that will be drawn
 439    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 440    *         currently being calculated
 441    */
 442   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 443           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 444           int endRes)
 445   {
 446     long stime = System.currentTimeMillis();
 447     boolean usedFaded = false;
 448     // NOTES:
 449     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 450     // AlignViewport
 451     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 452     fm = g.getFontMetrics();
 453     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 454     int temp = 0;
 455     if (aa == null)
 456     {
 457       return false;
 458     }
 459     int x = 0, y = 0;
 460     int column = 0;
 461     char lastSS;
 462     int lastSSX;
 463     int iconOffset = 0;
 464     boolean validRes = false;
 465     boolean validEnd = false;
 466     boolean labelAllCols = false;
 467     boolean centreColLabels;
 468     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 469     boolean scaleColLabel = false;
 470     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 471             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 472     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 473             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 474     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 475             .getComplementConsensusAnnotation();
 476     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 477             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 478
 479     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 480     int charOffset = 0; // offset for a label
 481     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 482     // column.
 483     Font ofont = g.getFont();
 484     // \u03B2 \u03B1
 485     // debug ints
 486     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 487     boolean clipst = false, clipend = false;
 488     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 489     {
 490       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 491       isRNA = row.isRNA();
 492       {
 493         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 494         // settings appropriately
 495         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 496         // data
 497         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 498         {
 499           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 500           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 501           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 502         }
 503         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 504                 || row == complementConsensusAnnot)
 505         {
 506           renderHistogram = av_renderHistogram;
 507           renderProfile = av_renderProfile;
 508           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 509         }
 510         else
 511         {
 512           renderHistogram = true;
 513           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 514           // currently used in any other annotation track renderer
 515         }
 516       }
 517       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 518       if (!row.visible)
 519       {
 520         continue;
 521       }
 522       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 523       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 524       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 525       lastSS = ' ';
 526       lastSSX = 0;
 527
 528       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 529               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 530       {// if_in_visible_region
 531         if (!clipst)
 532         {
 533           clipst = true;
 534           yfrom = y;
 535           f_i = i;
 536         }
 537         yto = y;
 538         f_to = i;
 539         if (row.graph > 0)
 540         {
 541           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 542           {
 543             continue;
 544           }
 545
 546           // this is so that we draw the characters below the graph
 547           y += row.height;
 548
 549           if (row.hasText)
 550           {
 551             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 552             y -= charHeight;
 553           }
 554         }
 555         else if (row.hasText)
 556         {
 557           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 558
 559         }
 560         else
 561         {
 562           iconOffset = 0;
 563         }
 564
 565         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 566         {
 567           y += charHeight;
 568           usedFaded = true;
 569           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 570                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 571           g.setColor(Color.black);
 572           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 573
 574           continue;
 575         }
 576
 577         /*
 578          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 579          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 580          *
 581          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 582          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 583          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 584          *
 585          * g.setColor(Color.black); //
 586          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 587          *
 588          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 589          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 590          *
 591          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 592          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 593          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 594          * g.setColor(Color.black); // /
 595          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 596          *
 597          * continue; }
 598          */
 599         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 600         // column
 601         // of startRes
 602         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 603         while (x < endRes - startRes)
 604         {
 605           if (hasHiddenColumns)
 606           {
 607             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 608             if (column > row_annotations.length - 1)
 609             {
 610               break;
 611             }
 612           }
 613           else
 614           {
 615             column = startRes + x;
 616           }
 617
 618           if ((row_annotations == null)
 619                   || (row_annotations.length <= column)
 620                   || (row_annotations[column] == null))
 621           {
 622             validRes = false;
 623           }
 624           else
 625           {
 626             validRes = true;
 627           }
 628           final String displayChar = validRes
 629                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 630                   : null;
 631           if (x > -1)
 632           {
 633             if (activeRow == i)
 634             {
 635               g.setColor(Color.red);
 636
 637               if (columnSelection != null)
 638               {
 639                 if (columnSelection.contains(column))
 640                 {
 641                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 642                 }
 643               }
 644             }
 645             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 646             {
 647               g.setColor(Color.orange);
 648               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 649             }
 650             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 651             {
 652               g.setColor(Color.orange.darker());
 653               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 654             }
 655             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 656                     && (displayChar.length() > 0))
 657             {
 658
 659               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 660                       displayChar.length());
 661               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 662               {
 663                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 664                 // displayChar.length());
 665                 //
 666                 // if (scaleColLabel)
 667                 // {
 668                 // justify the label and scale to fit in column
 669                 if (fmWidth > charWidth)
 670                 {
 671                   // scale only if the current font isn't already small enough
 672                   fmScaling = charWidth;
 673                   fmScaling /= fmWidth;
 674                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 675                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 676                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 677                   fmWidth = charWidth;
 678                 }
 679                 // }
 680               }
 681               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 682               // else
 683               // {
 684               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 685               // }
 686               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 687
 688               if (row_annotations[column].colour == null)
 689               {
 690                 g.setColor(Color.black);
 691               }
 692               else
 693               {
 694                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 695               }
 696
 697               if (column == 0 || row.graph > 0)
 698               {
 699                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 700                         y + iconOffset);
 701               }
 702               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 703                       || !displayChar.equals(
 704                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 705                       || (displayChar.length() < 2
 706                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 707               {
 708                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 709                         y + iconOffset);
 710               }
 711               g.setFont(ofont);
 712             }
 713           }
 714           if (row.hasIcons)
 715           {
 716             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 717                     : '-';
 718
 719             if (ss == '(')
 720             {
 721               // distinguish between forward/backward base-pairing
 722               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 723               {
 724
 725                 ss = ')';
 726
 727               }
 728             }
 729             if (ss == '[')
 730             {
 731               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 732               {
 733                 ss = ']';
 734
 735               }
 736             }
 737             if (ss == '{')
 738             {
 739               // distinguish between forward/backward base-pairing
 740               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 741               {
 742                 ss = '}';
 743
 744               }
 745             }
 746             if (ss == '<')
 747             {
 748               // distinguish between forward/backward base-pairing
 749               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 750               {
 751                 ss = '>';
 752
 753               }
 754             }
 755             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 756             {
 757               // distinguish between forward/backward base-pairing
 758               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 759               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 760               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 761               {
 762                 ss = (char) ssLowerCase;
 763               }
 764             }
 765
 766             if (!validRes || (ss != lastSS))
 767             {
 768
 769               if (x > -1)
 770               {
 771
 772                 int nb_annot = x - temp;
 773                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 774                 // annot :"+nb_annot);
 775                 switch (lastSS)
 776                 {
 777                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 778                 case ')': // and opposite direction
 779                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 780                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 781                   temp = x;
 782                   break;
 783
 784                 case 'H':
 785                   if (!isRNA)
 786                   {
 787                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 788                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 789                             validEnd);
 790                     break;
 791                   }
 792                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 793                 case 'E':
 794                   if (!isRNA)
 795                   {
 796                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 797                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 798                             validEnd);
 799                     break;
 800                   }
 801                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 802
 803                 case '{':
 804                 case '}':
 805                 case '[':
 806                 case ']':
 807                 case '>':
 808                 case '<':
 809                 case 'A':
 810                 case 'a':
 811                 case 'B':
 812                 case 'b':
 813                 case 'C':
 814                 case 'c':
 815                 case 'D':
 816                 case 'd':
 817                 case 'e':
 818                 case 'F':
 819                 case 'f':
 820                 case 'G':
 821                 case 'g':
 822                 case 'h':
 823                 case 'I':
 824                 case 'i':
 825                 case 'J':
 826                 case 'j':
 827                 case 'K':
 828                 case 'k':
 829                 case 'L':
 830                 case 'l':
 831                 case 'M':
 832                 case 'm':
 833                 case 'N':
 834                 case 'n':
 835                 case 'O':
 836                 case 'o':
 837                 case 'P':
 838                 case 'p':
 839                 case 'Q':
 840                 case 'q':
 841                 case 'R':
 842                 case 'r':
 843                 case 'S':
 844                 case 's':
 845                 case 'T':
 846                 case 't':
 847                 case 'U':
 848                 case 'u':
 849                 case 'V':
 850                 case 'v':
 851                 case 'W':
 852                 case 'w':
 853                 case 'X':
 854                 case 'x':
 855                 case 'Y':
 856                 case 'y':
 857                 case 'Z':
 858                 case 'z':
 859
 860                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 861                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 862                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 863                           validRes, validEnd);
 864                   temp = x;
 865                   break;
 866                 default:
 867                   g.setColor(Color.gray);
 868                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 869                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 870                   temp = x;
 871                   break;
 872                 }
 873               }
 874               if (validRes)
 875               {
 876                 lastSS = ss;
 877               }
 878               else
 879               {
 880                 lastSS = ' ';
 881               }
 882               if (x > -1)
 883               {
 884                 lastSSX = (x * charWidth);
 885               }
 886             }
 887           }
 888           column++;
 889           x++;
 890         }
 891         if (column >= row_annotations.length)
 892         {
 893           column = row_annotations.length - 1;
 894           validEnd = false;
 895         }
 896         else
 897         {
 898           validEnd = true;
 899         }
 900         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 901                 || (row_annotations[column] == null))
 902         {
 903           validRes = false;
 904         }
 905         else
 906         {
 907           validRes = true;
 908         }
 909         // x ++;
 910
 911         if (row.hasIcons)
 912         {
 913           switch (lastSS)
 914           {
 915
 916           case 'H':
 917             if (!isRNA)
 918             {
 919               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 920                       startRes, column, validRes, validEnd);
 921               break;
 922             }
 923             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 924
 925           case 'E':
 926             if (!isRNA)
 927             {
 928               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 929                       startRes, column, validRes, validEnd);
 930               break;
 931             }
 932             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 933
 934           case '(':
 935           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 936
 937             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 938                     startRes, column, validRes, validEnd);
 939
 940             break;
 941           case '{':
 942           case '}':
 943           case '[':
 944           case ']':
 945           case '>':
 946           case '<':
 947           case 'A':
 948           case 'a':
 949           case 'B':
 950           case 'b':
 951           case 'C':
 952           case 'c':
 953           case 'D':
 954           case 'd':
 955           case 'e':
 956           case 'F':
 957           case 'f':
 958           case 'G':
 959           case 'g':
 960           case 'h':
 961           case 'I':
 962           case 'i':
 963           case 'J':
 964           case 'j':
 965           case 'K':
 966           case 'k':
 967           case 'L':
 968           case 'l':
 969           case 'M':
 970           case 'm':
 971           case 'N':
 972           case 'n':
 973           case 'O':
 974           case 'o':
 975           case 'P':
 976           case 'p':
 977           case 'Q':
 978           case 'q':
 979           case 'R':
 980           case 'r':
 981           case 'T':
 982           case 't':
 983           case 'U':
 984           case 'u':
 985           case 'V':
 986           case 'v':
 987           case 'W':
 988           case 'w':
 989           case 'X':
 990           case 'x':
 991           case 'Y':
 992           case 'y':
 993           case 'Z':
 994           case 'z':
 995             // System.out.println(lastSS);
 996             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 997             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 998                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 999             break;
1000           default:
1001             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1002                     startRes, column, validRes, validEnd);
1003             break;
1004           }
1005         }
1006
1007         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1008         {
1009           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1010           {
1011             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1012             {
1013               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1014               // computed efficiently for all visible labels
1015               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1016               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1017               {
1018                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1019                 {
1020                   continue;
1021                 }
1022
1023                 if (aa[gg] != row)
1024                 {
1025                   aa[gg].visible = false;
1026                 }
1027                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1028                 {
1029                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1030                 }
1031                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1032                 {
1033                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1034                 }
1035               }
1036
1037               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1038               {
1039                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1040                 {
1041                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1042                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1043                 }
1044               }
1045
1046               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1047             }
1048             else
1049             {
1050               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1051                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1052             }
1053           }
1054           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1055           {
1056             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1057                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1058                     renderProfile, normaliseProfile);
1059           }
1060         }
1061       }
1062       else
1063       {
1064         if (clipst && !clipend)
1065         {
1066           clipend = true;
1067         }
1068       } // end if_in_visible_region
1069       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1070       {
1071         y += charHeight;
1072       }
1073
1074       if (row.graph == 0)
1075       {
1076         y += aa[i].height;
1077       }
1078     }
1079     if (debugRedraw)
1080     {
1081       if (canClip)
1082       {
1083         if (clipst)
1084         {
1085           System.err.println(
1086                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1087         }
1088         if (clipend)
1089         {
1090           System.err.println(
1091                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1092         }
1093       }
1094       ;
1095       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1096               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1097     }
1098     ;
1099
1100     return !usedFaded;
1101   }
1102
1103   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1104
1105   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1106
1107   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1108
1109   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1110
1111   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1112
1113   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1114           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1115           boolean validEnd)
1116   {
1117     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1118     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1119   }
1120
1121   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1122
1123           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1124           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1125   {
1126     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1127
1128     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1129             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1130     {
1131       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1132               7);
1133       g.fillPolygon(
1134               new int[]
1135               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1136               new int[]
1137               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1138               3);
1139     }
1140     else
1141     {
1142       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1143               7);
1144     }
1145
1146   }
1147
1148   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1149           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1150           boolean validEnd)
1151   {
1152     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1153
1154     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1155             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1156     int x1 = lastSSX;
1157     int x2 = (x * charWidth);
1158
1159     if (MAC)
1160     {
1161       int ofs = charWidth / 2;
1162       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1163       // to offscreen image on the MAC
1164       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1165       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1166               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1167       {
1168       }
1169       else
1170       {
1171         // g.setColor(Color.orange);
1172         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1173                 0, 0);
1174       }
1175       if (!validRes || row[column] == null
1176               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1177       {
1178
1179       }
1180       else
1181       {
1182         // g.setColor(Color.magenta);
1183         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1184                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1185
1186       }
1187
1188       return;
1189     }
1190
1191     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1192             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1193     {
1194       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1195       x1 += charWidth / 2;
1196     }
1197
1198     if (!validRes || row[column] == null
1199             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1200     {
1201       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1202               8, 270, 180);
1203       x2 -= charWidth / 2;
1204     }
1205
1206     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1207   }
1208
1209   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1210           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1211           float max, int graphHeight)
1212   {
1213     if (sRes > aa_annotations.length)
1214     {
1215       return;
1216     }
1217
1218     int x = 0;
1219
1220     // Adjustment for fastpaint to left
1221     if (eRes < endRes)
1222     {
1223       eRes++;
1224     }
1225
1226     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1227
1228     if (sRes == 0)
1229     {
1230       x++;
1231     }
1232
1233     int y1 = y, y2 = y;
1234     float range = max - min;
1235
1236     // //Draw origin
1237     if (min < 0)
1238     {
1239       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1240     }
1241
1242     g.setColor(Color.gray);
1243     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1244
1245     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1246
1247     int column;
1248     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1249
1250     while (x < eRes - sRes)
1251     {
1252       column = sRes + x;
1253       if (hasHiddenColumns)
1254       {
1255         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1256       }
1257
1258       if (column > aaMax)
1259       {
1260         break;
1261       }
1262
1263       if (aa_annotations[column] == null
1264               || aa_annotations[column - 1] == null)
1265       {
1266         x++;
1267         continue;
1268       }
1269
1270       if (aa_annotations[column].colour == null)
1271       {
1272         g.setColor(Color.black);
1273       }
1274       else
1275       {
1276         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1277       }
1278
1279       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1280               * graphHeight);
1281       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1282               * graphHeight);
1283
1284       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1285               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1286       x++;
1287     }
1288
1289     if (_aa.threshold != null)
1290     {
1291       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1292       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1293       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1294               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1295               { 5f, 3f }, 0f));
1296
1297       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1298       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1299       g2.setStroke(new BasicStroke());
1300     }
1301   }
1302
1303   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1304           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1305           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1306           boolean normaliseProfile)
1307   {
1308     if (sRes > aa_annotations.length)
1309     {
1310       return;
1311     }
1312     Font ofont = g.getFont();
1313     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1314
1315     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1316
1317     float range = max - min;
1318
1319     if (min < 0)
1320     {
1321       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1322     }
1323
1324     g.setColor(Color.gray);
1325
1326     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1327
1328     int column;
1329     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1330     while (x < eRes - sRes)
1331     {
1332       column = sRes + x;
1333       if (hasHiddenColumns)
1334       {
1335         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1336       }
1337
1338       if (column > aaMax)
1339       {
1340         break;
1341       }
1342
1343       if (aa_annotations[column] == null)
1344       {
1345         x++;
1346         continue;
1347       }
1348       if (aa_annotations[column].colour == null)
1349       {
1350         g.setColor(Color.black);
1351       }
1352       else
1353       {
1354         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1355       }
1356
1357       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1358               * _aa.graphHeight);
1359
1360       if (renderHistogram)
1361       {
1362         if (y1 - y2 > 0)
1363         {
1364           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1365         }
1366         else
1367         {
1368           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1369         }
1370       }
1371       // draw profile if available
1372       if (renderProfile)
1373       {
1374
1375         /*
1376          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1377          */
1378         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1379
1380         // just try to draw the logo if profl is not null
1381         if (profl != null && profl[2] != 0)
1382         {
1383           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1384           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1385           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1386           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1387           double hght;
1388           float wdth;
1389           double ht2 = 0;
1390           char[] dc;
1391
1392           /**
1393            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1394            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1395            */
1396           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1397
1398           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1399           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1400           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1401           double scl = 0.0;
1402
1403           /*
1404            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1405            */
1406           int c = 3;
1407           int valuesProcessed = 0;
1408           // profl[1] is the number of values in the profile
1409           while (valuesProcessed < profl[1])
1410           {
1411             if (isStructureProfile)
1412             {
1413               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1414               dc[0] = (char) profl[c++];
1415               dc[1] = (char) profl[c++];
1416             }
1417             else if (isCdnaProfile)
1418             {
1419               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1420             }
1421             else
1422             {
1423               dc[0] = (char) profl[c++];
1424             }
1425
1426             wdth = charWidth;
1427             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1428
1429             ht += scl;
1430             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1431             scl = htn * scale * profl[c++];
1432             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1,
1433                     g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
1434             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform
1435                     .getScaleInstance(wdth, scl / lm.getAscent()));
1436             g.setFont(font);
1437             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1438
1439             // Debug - render boxes around characters
1440             // g.setColor(Color.red);
1441             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1442             // (int)(scl));
1443             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1444
1445             /*
1446              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1447              * codon translation if a cDNA profile
1448              */
1449             Color colour = null;
1450             if (isCdnaProfile)
1451             {
1452               final String codonTranslation = ResidueProperties
1453                       .codonTranslate(new String(dc));
1454               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1455                       column, null);
1456             }
1457             else
1458             {
1459               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1460             }
1461             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1462
1463             hght = (ht + (scl - lm.getDescent()
1464                     - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1465
1466             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1467             valuesProcessed++;
1468           }
1469           g.setFont(ofont);
1470         }
1471       }
1472       x++;
1473     }
1474     if (_aa.threshold != null)
1475     {
1476       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1477       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1478       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1479               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1480               { 5f, 3f }, 0f));
1481
1482       y2 = (int) (y
1483               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1484       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1485       g2.setStroke(new BasicStroke());
1486     }
1487   }
1488
1489   // used by overview window
1490   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1491           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1492   {
1493     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1494     g.setColor(Color.white);
1495     g.fillRect(0, 0, width, y);
1496     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1497
1498     int x = 0, height;
1499
1500     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1501     {
1502       if (aa_annotations[j] != null)
1503       {
1504         if (aa_annotations[j].colour == null)
1505         {
1506           g.setColor(Color.black);
1507         }
1508         else
1509         {
1510           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1511         }
1512
1513         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1514         if (height > y)
1515         {
1516           height = y;
1517         }
1518
1519         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1520       }
1521       x += charWidth;
1522     }
1523   }
1524
1525   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1526   {
1527     switch (lastss)
1528     {
1529     case '{':
1530     case '}':
1531       return new Color(255, 125, 5);
1532
1533     case '[':
1534     case ']':
1535       return new Color(245, 115, 10);
1536
1537     case '>':
1538     case '<':
1539       return new Color(235, 135, 15);
1540
1541     case 'A':
1542     case 'a':
1543       return new Color(225, 105, 20);
1544
1545     case 'B':
1546     case 'b':
1547       return new Color(215, 145, 30);
1548
1549     case 'C':
1550     case 'c':
1551       return new Color(205, 95, 35);
1552
1553     case 'D':
1554     case 'd':
1555       return new Color(195, 155, 45);
1556
1557     case 'E':
1558     case 'e':
1559       return new Color(185, 85, 55);
1560
1561     case 'F':
1562     case 'f':
1563       return new Color(175, 165, 65);
1564
1565     case 'G':
1566     case 'g':
1567       return new Color(170, 75, 75);
1568
1569     case 'H':
1570     case 'h':
1571       return new Color(160, 175, 85);
1572
1573     case 'I':
1574     case 'i':
1575       return new Color(150, 65, 95);
1576
1577     case 'J':
1578     case 'j':
1579       return new Color(140, 185, 105);
1580
1581     case 'K':
1582     case 'k':
1583       return new Color(130, 55, 110);
1584
1585     case 'L':
1586     case 'l':
1587       return new Color(120, 195, 120);
1588
1589     case 'M':
1590     case 'm':
1591       return new Color(110, 45, 130);
1592
1593     case 'N':
1594     case 'n':
1595       return new Color(100, 205, 140);
1596
1597     case 'O':
1598     case 'o':
1599       return new Color(90, 35, 150);
1600
1601     case 'P':
1602     case 'p':
1603       return new Color(85, 215, 160);
1604
1605     case 'Q':
1606     case 'q':
1607       return new Color(75, 25, 170);
1608
1609     case 'R':
1610     case 'r':
1611       return new Color(65, 225, 180);
1612
1613     case 'S':
1614     case 's':
1615       return new Color(55, 15, 185);
1616
1617     case 'T':
1618     case 't':
1619       return new Color(45, 235, 195);
1620
1621     case 'U':
1622     case 'u':
1623       return new Color(35, 5, 205);
1624
1625     case 'V':
1626     case 'v':
1627       return new Color(25, 245, 215);
1628
1629     case 'W':
1630     case 'w':
1631       return new Color(15, 0, 225);
1632
1633     case 'X':
1634     case 'x':
1635       return new Color(10, 255, 235);
1636
1637     case 'Y':
1638     case 'y':
1639       return new Color(5, 150, 245);
1640
1641     case 'Z':
1642     case 'z':
1643       return new Color(0, 80, 255);
1644
1645     default:
1646       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1647       return null;
1648
1649     }
1650   }
1651 }