src/jalview/renderer/ContactGeometry.java

   1 package jalview.renderer;
   2
   3 import java.util.Iterator;
   4
   5 import jalview.datamodel.ContactListI;
   6
   7 public class ContactGeometry
   8 {
   9   final int pixels_step;
  10
  11   final double contacts_per_pixel;
  12
  13   final int contact_height;
  14
  15   public ContactGeometry(ContactListI contacts, int graphHeight)
  16   {
  17     contact_height = contacts.getContactHeight();
  18     // fractional number of contacts covering each pixel
  19     contacts_per_pixel = (graphHeight < 1) ? contact_height
  20             : ((double) contact_height) / ((double) graphHeight);
  21
  22     if (contacts_per_pixel >= 1)
  23     {
  24       // many contacts rendered per pixel
  25       pixels_step = 1;
  26     }
  27     else
  28     {
  29       // pixel height for each contact
  30       pixels_step = (int) Math
  31               .ceil(((double) graphHeight) / (double) contact_height);
  32     }
  33   }
  34
  35   public class contactInterval
  36   {
  37     public contactInterval(int cStart, int cEnd, int pStart, int pEnd)
  38     {
  39       this.cStart = cStart;
  40       this.cEnd = cEnd;
  41       this.pStart = pStart;
  42       this.pEnd = pEnd;
  43     }
  44
  45     // range on contact list
  46     public final int cStart;
  47
  48     public final int cEnd;
  49
  50     // range in pixels
  51     public final int pStart;
  52
  53     public final int pEnd;
  54   }
  55
  56   /**
  57    *
  58    * @param pStart
  59    * @param pEnd
  60    * @return range for
  61    */
  62   public contactInterval mapFor(int pStart, int pEnd)
  63   {
  64     int cStart = (int) Math.floor(pStart * contacts_per_pixel);
  65     contactInterval ci = new contactInterval(cStart,
  66             (int) Math.min(contact_height,
  67                     Math.ceil(
  68                             cStart + (pEnd - pStart) * contacts_per_pixel)),
  69             pStart, pEnd);
  70
  71     return ci;
  72   }
  73
  74   public Iterator<contactInterval> iterateOverContactIntervals(
  75           int graphHeight)
  76   {
  77     // NOT YET IMPLEMENTED
  78     return null;
  79     // int cstart = 0, cend;
  80     //
  81     // for (int ht = y2,
  82     // eht = y2 - graphHeight; ht >= eht; ht -= pixels_step)
  83     // {
  84     // cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
  85     // cend = (int) Math.min(contact_height,
  86     // Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
  87     //
  88     // return new Iterator<contactIntervals>() {
  89     //
  90     // @Override
  91     // public boolean hasNext()
  92     // {
  93     // // TODO Auto-generated method stub
  94     // return false;
  95     // }
  96     //
  97     // @Override
  98     // public contactIntervals next()
  99     // {
 100     // // TODO Auto-generated method stub
 101     // return null;
 102     // }
 103     //
 104     // }
 105   }
 106 }