src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import java.awt.Color;
   7 import java.awt.Graphics;
   8
   9 import jalview.api.AlignViewportI;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  11 import jalview.datamodel.Annotation;
  12 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  13 import jalview.datamodel.ContactListI;
  14 import jalview.datamodel.ContactRange;
  15 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  16 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  17
  18 /**
  19  * @author jprocter
  20  *
  21  */
  22 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  23 {
  24
  25   @Override
  26   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  27           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport,
  28           HiddenColumns hiddenColumns, ColumnSelection columnSelection,
  29           AlignmentAnnotation _aa, Annotation[] aa_annotations, int sRes,
  30           int eRes, float min, float max, int y)
  31   {
  32     if (sRes > aa_annotations.length)
  33     {
  34       return;
  35     }
  36     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  37
  38     int x = 0, y2 = y;
  39
  40     g.setColor(Color.pink);
  41
  42     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  43
  44     int column;
  45     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  46     while (x < eRes - sRes)
  47     {
  48       column = sRes + x;
  49       if (hasHiddenColumns)
  50       {
  51         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
  52       }
  53       // TODO: highlight columns selected
  54       boolean colsel = false;
  55       if (columnSelection != null)
  56       {
  57         colsel = columnSelection.contains(column);
  58       }
  59
  60       if (column > aaMax)
  61       {
  62         break;
  63       }
  64
  65       if (aa_annotations[column] == null)
  66       {
  67         x++;
  68         continue;
  69       }
  70       if (_aa.sequenceRef != null)
  71       {
  72         // get the sequence position for the column
  73         column = _aa.sequenceRef.findPosition(column) - 1;
  74       }
  75       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  76       if (contacts == null)
  77       {
  78         return;
  79       }
  80       int contact_height = contacts.getContactHeight();
  81       // fractional number of contacts covering each pixel
  82       double contacts_per_pixel = ((double) contact_height)
  83               / ((double) _aa.graphHeight);
  84
  85       int pixels_step;
  86
  87       if (contacts_per_pixel >= 1)
  88       {
  89         // many contacts rendered per pixel
  90         pixels_step = 1;
  91       }
  92       else
  93       {
  94         // pixel height for each contact
  95         pixels_step = (int) Math
  96                 .ceil(((double) _aa.graphHeight) / (double) contact_height);
  97       }
  98
  99       int cstart = 0, cend;
 100
 101       for (int ht = y2,
 102               eht = y2 - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= pixels_step)
 103       {
 104         cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
 105         cend = (int) Math.min(contact_height,
 106                 Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
 107
 108         // TODO show maximum colour for range - sort of done
 109         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)' to accurately render
 110         Color col;
 111         boolean rowsel = false;
 112         if (!colsel && columnSelection != null)
 113         {
 114           if (_aa.sequenceRef == null)
 115           {
 116             rowsel = columnSelection.intersects(cstart, cend);
 117           }
 118           else
 119           {
 120             // TODO check we have correctly mapped cstart to local sequence
 121             // numbering
 122             int s = _aa.sequenceRef.findIndex(cstart);
 123             int e = _aa.sequenceRef.findIndex(cend);
 124             if (s > 0 && s < _aa.sequenceRef.getLength())
 125             {
 126               rowsel = columnSelection.intersects(s, e);
 127             }
 128           }
 129         }
 130         // TODO: show selected region
 131         if (colsel || rowsel)
 132         {
 133
 134           col = getSelectedColorForRange(min, max, contacts, cstart, cend);
 135           g.setColor(col);
 136         }
 137         else
 138         {
 139           col = getColorForRange(min, max, contacts, cstart, cend);
 140           g.setColor(col);
 141         }
 142         if (pixels_step > 1)
 143         {
 144           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + pixels_step);
 145         }
 146         else
 147         {
 148           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
 149         }
 150       }
 151       x++;
 152     }
 153
 154   }
 155
 156   // Shading parameters
 157   Color minColor = Color.white, maxColor = Color.green.darker().darker(),
 158           selMaxColor = Color.magenta.darker();
 159
 160   Color shadeFor(float min, float max, float value)
 161   {
 162     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 163             max, maxColor);
 164   }
 165
 166   public Color getColorForRange(float min, float max, ContactListI cl,
 167           int i, int j)
 168   {
 169     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 170     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 171     return shadeFor(min, max, (float) cr.getMean());
 172   }
 173
 174   public Color getSelectedColorForRange(float min, float max,
 175           ContactListI cl, int i, int j)
 176   {
 177     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 178     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 179     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour((float) cr.getMean(),
 180             0, minColor, max, selMaxColor);
 181   }
 182
 183 }