src/jalview/renderer/OverviewResColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29
  30 public class OverviewResColourFinder extends ResidueColourFinder
  31 {
  32   final int GAP_COLOUR; // default colour to use at gaps
  33
  34   final int RESIDUE_COLOUR; // default colour to use at residues
  35
  36   final Color HIDDEN_COLOUR; // colour for hidden regions
  37
  38   boolean useLegacy = false;
  39
  40   public static final Color OVERVIEW_DEFAULT_GAP = Color.lightGray;
  41
  42   public static final Color OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP = Color.white;
  43
  44   public static final Color OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN = Color.darkGray
  45           .darker();
  46
  47   /**
  48    * Constructor without colour settings (used by applet)
  49    */
  50   public OverviewResColourFinder()
  51   {
  52     this(false, OVERVIEW_DEFAULT_GAP, OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
  53   }
  54
  55   /**
  56    * Constructor with colour settings
  57    *
  58    * @param useLegacyColouring
  59    *          whether to use legacy gap colouring (white gaps, grey residues)
  60    * @param gapCol
  61    *          gap colour if not legacy
  62    * @param hiddenCol
  63    *          hidden region colour (transparency applied by rendering code)
  64    */
  65   public OverviewResColourFinder(boolean useLegacyColouring, Color gapCol,
  66           Color hiddenCol)
  67   {
  68     if (useLegacyColouring)
  69     {
  70       GAP_COLOUR = Color.white.getRGB();
  71       RESIDUE_COLOUR = Color.lightGray.getRGB();
  72     }
  73     else
  74     {
  75       GAP_COLOUR = gapCol.getRGB();
  76       RESIDUE_COLOUR = Color.white.getRGB();
  77     }
  78     HIDDEN_COLOUR = hiddenCol;
  79   }
  80
  81   @Override
  82   /**
  83    * for Test suite only.
  84    */
  85   public Color getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
  86   {
  87     return new Color(getBoxColourInt(shader, seq, i));
  88   }
  89
  90   public int getBoxColourInt(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
  91   {
  92     char currentChar = seq.getCharAt(i);
  93     // In the overview window, gaps are coloured grey, unless the colour scheme
  94     // specifies a gap colour, in which case gaps honour the colour scheme
  95     // settings
  96     boolean isGap = Comparison.isGap(currentChar);
  97     if (shader.getColourScheme() == null)
  98     {
  99       return (isGap ? GAP_COLOUR : RESIDUE_COLOUR);
 100     }
 101     return (isGap && !shader.getColourScheme().hasGapColour() ? GAP_COLOUR
 102             : shader.findColourInt(currentChar, i, seq));
 103   }
 104
 105   /**
 106    * For test suite only.
 107    */
 108   @Override
 109   public Color getResidueColour(boolean showBoxes, ResidueShaderI shader,
 110           SequenceGroup[] allGroups, final SequenceI seq, int i,
 111           FeatureColourFinder finder)
 112   {
 113     return new Color(getResidueColourInt(showBoxes, shader, allGroups, seq,
 114             i, finder));
 115   }
 116
 117
 118   public int getResidueColourInt(boolean showBoxes, ResidueShaderI shader,
 119           SequenceGroup[] allGroups, final SequenceI seq, int i,
 120           FeatureColourFinder finder)
 121   {
 122
 123     int c = seq.getColor(i);
 124     if (c != 0)
 125     {
 126       return c;
 127     }
 128
 129     int col = getResidueBoxColourInt(showBoxes, shader, allGroups, seq, i);
 130
 131     // if there's a FeatureColourFinder we might override the residue colour
 132     // here with feature colouring
 133     return seq.setColor(i,
 134             finder == null || finder.noFeaturesDisplayed() ? col
 135                     : finder.findFeatureColourInt(col, seq, i));
 136   }
 137
 138   /**
 139    * For test suite only.
 140    */
 141   @Override
 142   protected Color getResidueBoxColour(boolean showBoxes,
 143           ResidueShaderI shader, SequenceGroup[] allGroups, SequenceI seq,
 144           int i)
 145   {
 146     return new Color(
 147             getResidueBoxColourInt(showBoxes, shader, allGroups, seq, i));
 148   }
 149
 150   /**
 151    * In the overview, the showBoxes setting is ignored, as the overview displays
 152    * the colours regardless.
 153    */
 154   protected int getResidueBoxColourInt(boolean showBoxes,
 155           ResidueShaderI shader, SequenceGroup[] allGroups, SequenceI seq,
 156           int i)
 157   {
 158     SequenceGroup currentSequenceGroup = getCurrentSequenceGroup(allGroups,
 159             i);
 160     ResidueShaderI currentShader = (currentSequenceGroup == null ? shader
 161             : currentSequenceGroup.getGroupColourScheme());
 162     return getBoxColourInt(currentShader, seq, i);
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Supply hidden colour
 167    *
 168    * @return colour of hidden regions
 169    */
 170   protected Color getHiddenColour()
 171   {
 172     return HIDDEN_COLOUR;
 173   }
 174 }