src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class Annotation.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class Annotation implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _graph.\r
  31      */\r
  32     private boolean _graph;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _graph\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_graph;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _graphType.\r
  41      */\r
  42     private int _graphType;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _graphType\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_graphType;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _sequenceRef.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _sequenceRef;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _groupRef.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _groupRef;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _graphColour.\r
  61      */\r
  62     private int _graphColour;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _graphColour\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_graphColour;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _graphGroup.\r
  71      */\r
  72     private int _graphGroup;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * keeps track of state for field: _graphGroup\r
  76      */\r
  77     private boolean _has_graphGroup;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _id.\r
  81      */\r
  82     private java.lang.String _id;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * Field _scoreOnly.\r
  86      */\r
  87     private boolean _scoreOnly = false;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * keeps track of state for field: _scoreOnly\r
  91      */\r
  92     private boolean _has_scoreOnly;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * Field _score.\r
  96      */\r
  97     private double _score;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * keeps track of state for field: _score\r
 101      */\r
 102     private boolean _has_score;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * Field _visible.\r
 106      */\r
 107     private boolean _visible;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * keeps track of state for field: _visible\r
 111      */\r
 112     private boolean _has_visible;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * Field _centreColLabels.\r
 116      */\r
 117     private boolean _centreColLabels;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * keeps track of state for field: _centreColLabels\r
 121      */\r
 122     private boolean _has_centreColLabels;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * Field _scaleColLabels.\r
 126      */\r
 127     private boolean _scaleColLabels;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * keeps track of state for field: _scaleColLabels\r
 131      */\r
 132     private boolean _has_scaleColLabels;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * Field _showAllColLabels.\r
 136      */\r
 137     private boolean _showAllColLabels;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * keeps track of state for field: _showAllColLabels\r
 141      */\r
 142     private boolean _has_showAllColLabels;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * is an autocalculated annotation row\r
 146      */\r
 147     private boolean _autoCalculated = false;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * keeps track of state for field: _autoCalculated\r
 151      */\r
 152     private boolean _has_autoCalculated;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * Field _annotationElementList.\r
 156      */\r
 157     private java.util.Vector _annotationElementList;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _label.\r
 161      */\r
 162     private java.lang.String _label;\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * Field _description.\r
 166      */\r
 167     private java.lang.String _description;\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * Field _thresholdLine.\r
 171      */\r
 172     private jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine _thresholdLine;\r
 173 \r
 174 \r
 175       //----------------/\r
 176      //- Constructors -/\r
 177     //----------------/\r
 178 \r
 179     public Annotation() {\r
 180         super();\r
 181         this._annotationElementList = new java.util.Vector();\r
 182     }\r
 183 \r
 184 \r
 185       //-----------/\r
 186      //- Methods -/\r
 187     //-----------/\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * \r
 191      * \r
 192      * @param vAnnotationElement\r
 193      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 194      * given is outside the bounds of the collection\r
 195      */\r
 196     public void addAnnotationElement(\r
 197             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 198     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 199         this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      * \r
 204      * \r
 205      * @param index\r
 206      * @param vAnnotationElement\r
 207      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 208      * given is outside the bounds of the collection\r
 209      */\r
 210     public void addAnnotationElement(\r
 211             final int index,\r
 212             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 213     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 214         this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);\r
 215     }\r
 216 \r
 217     /**\r
 218      */\r
 219     public void deleteAutoCalculated(\r
 220     ) {\r
 221         this._has_autoCalculated= false;\r
 222     }\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      */\r
 226     public void deleteCentreColLabels(\r
 227     ) {\r
 228         this._has_centreColLabels= false;\r
 229     }\r
 230 \r
 231     /**\r
 232      */\r
 233     public void deleteGraph(\r
 234     ) {\r
 235         this._has_graph= false;\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      */\r
 240     public void deleteGraphColour(\r
 241     ) {\r
 242         this._has_graphColour= false;\r
 243     }\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      */\r
 247     public void deleteGraphGroup(\r
 248     ) {\r
 249         this._has_graphGroup= false;\r
 250     }\r
 251 \r
 252     /**\r
 253      */\r
 254     public void deleteGraphType(\r
 255     ) {\r
 256         this._has_graphType= false;\r
 257     }\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      */\r
 261     public void deleteScaleColLabels(\r
 262     ) {\r
 263         this._has_scaleColLabels= false;\r
 264     }\r
 265 \r
 266     /**\r
 267      */\r
 268     public void deleteScore(\r
 269     ) {\r
 270         this._has_score= false;\r
 271     }\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      */\r
 275     public void deleteScoreOnly(\r
 276     ) {\r
 277         this._has_scoreOnly= false;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      */\r
 282     public void deleteShowAllColLabels(\r
 283     ) {\r
 284         this._has_showAllColLabels= false;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     /**\r
 288      */\r
 289     public void deleteVisible(\r
 290     ) {\r
 291         this._has_visible= false;\r
 292     }\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Method enumerateAnnotationElement.\r
 296      * \r
 297      * @return an Enumeration over all\r
 298      * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement elements\r
 299      */\r
 300     public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement(\r
 301     ) {\r
 302         return this._annotationElementList.elements();\r
 303     }\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * Method getAnnotationElement.\r
 307      * \r
 308      * @param index\r
 309      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 310      * given is outside the bounds of the collection\r
 311      * @return the value of the\r
 312      * jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement at the\r
 313      * given index\r
 314      */\r
 315     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement getAnnotationElement(\r
 316             final int index)\r
 317     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 318         // check bounds for index\r
 319         if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {\r
 320             throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
 321         }\r
 322         \r
 323         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) _annotationElementList.get(index);\r
 324     }\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the\r
 328      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 329      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 330      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 331      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 332      * exactly the correct length.\r
 333      * \r
 334      * @return this collection as an Array\r
 335      */\r
 336     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] getAnnotationElement(\r
 337     ) {\r
 338         jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] array = new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[0];\r
 339         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[]) this._annotationElementList.toArray(array);\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      * Method getAnnotationElementCount.\r
 344      * \r
 345      * @return the size of this collection\r
 346      */\r
 347     public int getAnnotationElementCount(\r
 348     ) {\r
 349         return this._annotationElementList.size();\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field\r
 354      * 'autoCalculated' has the following description: is an\r
 355      * autocalculated annotation row\r
 356      * \r
 357      * @return the value of field 'AutoCalculated'.\r
 358      */\r
 359     public boolean getAutoCalculated(\r
 360     ) {\r
 361         return this._autoCalculated;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * Returns the value of field 'centreColLabels'.\r
 366      * \r
 367      * @return the value of field 'CentreColLabels'.\r
 368      */\r
 369     public boolean getCentreColLabels(\r
 370     ) {\r
 371         return this._centreColLabels;\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * Returns the value of field 'description'.\r
 376      * \r
 377      * @return the value of field 'Description'.\r
 378      */\r
 379     public java.lang.String getDescription(\r
 380     ) {\r
 381         return this._description;\r
 382     }\r
 383 \r
 384     /**\r
 385      * Returns the value of field 'graph'.\r
 386      * \r
 387      * @return the value of field 'Graph'.\r
 388      */\r
 389     public boolean getGraph(\r
 390     ) {\r
 391         return this._graph;\r
 392     }\r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * Returns the value of field 'graphColour'.\r
 396      * \r
 397      * @return the value of field 'GraphColour'.\r
 398      */\r
 399     public int getGraphColour(\r
 400     ) {\r
 401         return this._graphColour;\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * Returns the value of field 'graphGroup'.\r
 406      * \r
 407      * @return the value of field 'GraphGroup'.\r
 408      */\r
 409     public int getGraphGroup(\r
 410     ) {\r
 411         return this._graphGroup;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * Returns the value of field 'graphType'.\r
 416      * \r
 417      * @return the value of field 'GraphType'.\r
 418      */\r
 419     public int getGraphType(\r
 420     ) {\r
 421         return this._graphType;\r
 422     }\r
 423 \r
 424     /**\r
 425      * Returns the value of field 'groupRef'.\r
 426      * \r
 427      * @return the value of field 'GroupRef'.\r
 428      */\r
 429     public java.lang.String getGroupRef(\r
 430     ) {\r
 431         return this._groupRef;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * Returns the value of field 'id'.\r
 436      * \r
 437      * @return the value of field 'Id'.\r
 438      */\r
 439     public java.lang.String getId(\r
 440     ) {\r
 441         return this._id;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * Returns the value of field 'label'.\r
 446      * \r
 447      * @return the value of field 'Label'.\r
 448      */\r
 449     public java.lang.String getLabel(\r
 450     ) {\r
 451         return this._label;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     /**\r
 455      * Returns the value of field 'scaleColLabels'.\r
 456      * \r
 457      * @return the value of field 'ScaleColLabels'.\r
 458      */\r
 459     public boolean getScaleColLabels(\r
 460     ) {\r
 461         return this._scaleColLabels;\r
 462     }\r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * Returns the value of field 'score'.\r
 466      * \r
 467      * @return the value of field 'Score'.\r
 468      */\r
 469     public double getScore(\r
 470     ) {\r
 471         return this._score;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
 476      * \r
 477      * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
 478      */\r
 479     public boolean getScoreOnly(\r
 480     ) {\r
 481         return this._scoreOnly;\r
 482     }\r
 483 \r
 484     /**\r
 485      * Returns the value of field 'sequenceRef'.\r
 486      * \r
 487      * @return the value of field 'SequenceRef'.\r
 488      */\r
 489     public java.lang.String getSequenceRef(\r
 490     ) {\r
 491         return this._sequenceRef;\r
 492     }\r
 493 \r
 494     /**\r
 495      * Returns the value of field 'showAllColLabels'.\r
 496      * \r
 497      * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.\r
 498      */\r
 499     public boolean getShowAllColLabels(\r
 500     ) {\r
 501         return this._showAllColLabels;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      * Returns the value of field 'thresholdLine'.\r
 506      * \r
 507      * @return the value of field 'ThresholdLine'.\r
 508      */\r
 509     public jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine getThresholdLine(\r
 510     ) {\r
 511         return this._thresholdLine;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     /**\r
 515      * Returns the value of field 'visible'.\r
 516      * \r
 517      * @return the value of field 'Visible'.\r
 518      */\r
 519     public boolean getVisible(\r
 520     ) {\r
 521         return this._visible;\r
 522     }\r
 523 \r
 524     /**\r
 525      * Method hasAutoCalculated.\r
 526      * \r
 527      * @return true if at least one AutoCalculated has been added\r
 528      */\r
 529     public boolean hasAutoCalculated(\r
 530     ) {\r
 531         return this._has_autoCalculated;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     /**\r
 535      * Method hasCentreColLabels.\r
 536      * \r
 537      * @return true if at least one CentreColLabels has been added\r
 538      */\r
 539     public boolean hasCentreColLabels(\r
 540     ) {\r
 541         return this._has_centreColLabels;\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * Method hasGraph.\r
 546      * \r
 547      * @return true if at least one Graph has been added\r
 548      */\r
 549     public boolean hasGraph(\r
 550     ) {\r
 551         return this._has_graph;\r
 552     }\r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * Method hasGraphColour.\r
 556      * \r
 557      * @return true if at least one GraphColour has been added\r
 558      */\r
 559     public boolean hasGraphColour(\r
 560     ) {\r
 561         return this._has_graphColour;\r
 562     }\r
 563 \r
 564     /**\r
 565      * Method hasGraphGroup.\r
 566      * \r
 567      * @return true if at least one GraphGroup has been added\r
 568      */\r
 569     public boolean hasGraphGroup(\r
 570     ) {\r
 571         return this._has_graphGroup;\r
 572     }\r
 573 \r
 574     /**\r
 575      * Method hasGraphType.\r
 576      * \r
 577      * @return true if at least one GraphType has been added\r
 578      */\r
 579     public boolean hasGraphType(\r
 580     ) {\r
 581         return this._has_graphType;\r
 582     }\r
 583 \r
 584     /**\r
 585      * Method hasScaleColLabels.\r
 586      * \r
 587      * @return true if at least one ScaleColLabels has been added\r
 588      */\r
 589     public boolean hasScaleColLabels(\r
 590     ) {\r
 591         return this._has_scaleColLabels;\r
 592     }\r
 593 \r
 594     /**\r
 595      * Method hasScore.\r
 596      * \r
 597      * @return true if at least one Score has been added\r
 598      */\r
 599     public boolean hasScore(\r
 600     ) {\r
 601         return this._has_score;\r
 602     }\r
 603 \r
 604     /**\r
 605      * Method hasScoreOnly.\r
 606      * \r
 607      * @return true if at least one ScoreOnly has been added\r
 608      */\r
 609     public boolean hasScoreOnly(\r
 610     ) {\r
 611         return this._has_scoreOnly;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * Method hasShowAllColLabels.\r
 616      * \r
 617      * @return true if at least one ShowAllColLabels has been added\r
 618      */\r
 619     public boolean hasShowAllColLabels(\r
 620     ) {\r
 621         return this._has_showAllColLabels;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     /**\r
 625      * Method hasVisible.\r
 626      * \r
 627      * @return true if at least one Visible has been added\r
 628      */\r
 629     public boolean hasVisible(\r
 630     ) {\r
 631         return this._has_visible;\r
 632     }\r
 633 \r
 634     /**\r
 635      * Returns the value of field 'autoCalculated'. The field\r
 636      * 'autoCalculated' has the following description: is an\r
 637      * autocalculated annotation row\r
 638      * \r
 639      * @return the value of field 'AutoCalculated'.\r
 640      */\r
 641     public boolean isAutoCalculated(\r
 642     ) {\r
 643         return this._autoCalculated;\r
 644     }\r
 645 \r
 646     /**\r
 647      * Returns the value of field 'centreColLabels'.\r
 648      * \r
 649      * @return the value of field 'CentreColLabels'.\r
 650      */\r
 651     public boolean isCentreColLabels(\r
 652     ) {\r
 653         return this._centreColLabels;\r
 654     }\r
 655 \r
 656     /**\r
 657      * Returns the value of field 'graph'.\r
 658      * \r
 659      * @return the value of field 'Graph'.\r
 660      */\r
 661     public boolean isGraph(\r
 662     ) {\r
 663         return this._graph;\r
 664     }\r
 665 \r
 666     /**\r
 667      * Returns the value of field 'scaleColLabels'.\r
 668      * \r
 669      * @return the value of field 'ScaleColLabels'.\r
 670      */\r
 671     public boolean isScaleColLabels(\r
 672     ) {\r
 673         return this._scaleColLabels;\r
 674     }\r
 675 \r
 676     /**\r
 677      * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
 678      * \r
 679      * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
 680      */\r
 681     public boolean isScoreOnly(\r
 682     ) {\r
 683         return this._scoreOnly;\r
 684     }\r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * Returns the value of field 'showAllColLabels'.\r
 688      * \r
 689      * @return the value of field 'ShowAllColLabels'.\r
 690      */\r
 691     public boolean isShowAllColLabels(\r
 692     ) {\r
 693         return this._showAllColLabels;\r
 694     }\r
 695 \r
 696     /**\r
 697      * Method isValid.\r
 698      * \r
 699      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 700      */\r
 701     public boolean isValid(\r
 702     ) {\r
 703         try {\r
 704             validate();\r
 705         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 706             return false;\r
 707         }\r
 708         return true;\r
 709     }\r
 710 \r
 711     /**\r
 712      * Returns the value of field 'visible'.\r
 713      * \r
 714      * @return the value of field 'Visible'.\r
 715      */\r
 716     public boolean isVisible(\r
 717     ) {\r
 718         return this._visible;\r
 719     }\r
 720 \r
 721     /**\r
 722      * \r
 723      * \r
 724      * @param out\r
 725      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 726      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 727      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 728      * object is an invalid instance according to the schema\r
 729      */\r
 730     public void marshal(\r
 731             final java.io.Writer out)\r
 732     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 733         Marshaller.marshal(this, out);\r
 734     }\r
 735 \r
 736     /**\r
 737      * \r
 738      * \r
 739      * @param handler\r
 740      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 741      * marshaling\r
 742      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 743      * object is an invalid instance according to the schema\r
 744      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 745      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 746      */\r
 747     public void marshal(\r
 748             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 749     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 750         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 751     }\r
 752 \r
 753     /**\r
 754      */\r
 755     public void removeAllAnnotationElement(\r
 756     ) {\r
 757         this._annotationElementList.clear();\r
 758     }\r
 759 \r
 760     /**\r
 761      * Method removeAnnotationElement.\r
 762      * \r
 763      * @param vAnnotationElement\r
 764      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 765      */\r
 766     public boolean removeAnnotationElement(\r
 767             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement) {\r
 768         boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);\r
 769         return removed;\r
 770     }\r
 771 \r
 772     /**\r
 773      * Method removeAnnotationElementAt.\r
 774      * \r
 775      * @param index\r
 776      * @return the element removed from the collection\r
 777      */\r
 778     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(\r
 779             final int index) {\r
 780         java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);\r
 781         return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) obj;\r
 782     }\r
 783 \r
 784     /**\r
 785      * \r
 786      * \r
 787      * @param index\r
 788      * @param vAnnotationElement\r
 789      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 790      * given is outside the bounds of the collection\r
 791      */\r
 792     public void setAnnotationElement(\r
 793             final int index,\r
 794             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 795     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 796         // check bounds for index\r
 797         if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size()) {\r
 798             throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotationElement: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
 799         }\r
 800         \r
 801         this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);\r
 802     }\r
 803 \r
 804     /**\r
 805      * \r
 806      * \r
 807      * @param vAnnotationElementArray\r
 808      */\r
 809     public void setAnnotationElement(\r
 810             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray) {\r
 811         //-- copy array\r
 812         _annotationElementList.clear();\r
 813         \r
 814         for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++) {\r
 815                 this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);\r
 816         }\r
 817     }\r
 818 \r
 819     /**\r
 820      * Sets the value of field 'autoCalculated'. The field\r
 821      * 'autoCalculated' has the following description: is an\r
 822      * autocalculated annotation row\r
 823      * \r
 824      * @param autoCalculated the value of field 'autoCalculated'.\r
 825      */\r
 826     public void setAutoCalculated(\r
 827             final boolean autoCalculated) {\r
 828         this._autoCalculated = autoCalculated;\r
 829         this._has_autoCalculated = true;\r
 830     }\r
 831 \r
 832     /**\r
 833      * Sets the value of field 'centreColLabels'.\r
 834      * \r
 835      * @param centreColLabels the value of field 'centreColLabels'.\r
 836      */\r
 837     public void setCentreColLabels(\r
 838             final boolean centreColLabels) {\r
 839         this._centreColLabels = centreColLabels;\r
 840         this._has_centreColLabels = true;\r
 841     }\r
 842 \r
 843     /**\r
 844      * Sets the value of field 'description'.\r
 845      * \r
 846      * @param description the value of field 'description'.\r
 847      */\r
 848     public void setDescription(\r
 849             final java.lang.String description) {\r
 850         this._description = description;\r
 851     }\r
 852 \r
 853     /**\r
 854      * Sets the value of field 'graph'.\r
 855      * \r
 856      * @param graph the value of field 'graph'.\r
 857      */\r
 858     public void setGraph(\r
 859             final boolean graph) {\r
 860         this._graph = graph;\r
 861         this._has_graph = true;\r
 862     }\r
 863 \r
 864     /**\r
 865      * Sets the value of field 'graphColour'.\r
 866      * \r
 867      * @param graphColour the value of field 'graphColour'.\r
 868      */\r
 869     public void setGraphColour(\r
 870             final int graphColour) {\r
 871         this._graphColour = graphColour;\r
 872         this._has_graphColour = true;\r
 873     }\r
 874 \r
 875     /**\r
 876      * Sets the value of field 'graphGroup'.\r
 877      * \r
 878      * @param graphGroup the value of field 'graphGroup'.\r
 879      */\r
 880     public void setGraphGroup(\r
 881             final int graphGroup) {\r
 882         this._graphGroup = graphGroup;\r
 883         this._has_graphGroup = true;\r
 884     }\r
 885 \r
 886     /**\r
 887      * Sets the value of field 'graphType'.\r
 888      * \r
 889      * @param graphType the value of field 'graphType'.\r
 890      */\r
 891     public void setGraphType(\r
 892             final int graphType) {\r
 893         this._graphType = graphType;\r
 894         this._has_graphType = true;\r
 895     }\r
 896 \r
 897     /**\r
 898      * Sets the value of field 'groupRef'.\r
 899      * \r
 900      * @param groupRef the value of field 'groupRef'.\r
 901      */\r
 902     public void setGroupRef(\r
 903             final java.lang.String groupRef) {\r
 904         this._groupRef = groupRef;\r
 905     }\r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * Sets the value of field 'id'.\r
 909      * \r
 910      * @param id the value of field 'id'.\r
 911      */\r
 912     public void setId(\r
 913             final java.lang.String id) {\r
 914         this._id = id;\r
 915     }\r
 916 \r
 917     /**\r
 918      * Sets the value of field 'label'.\r
 919      * \r
 920      * @param label the value of field 'label'.\r
 921      */\r
 922     public void setLabel(\r
 923             final java.lang.String label) {\r
 924         this._label = label;\r
 925     }\r
 926 \r
 927     /**\r
 928      * Sets the value of field 'scaleColLabels'.\r
 929      * \r
 930      * @param scaleColLabels the value of field 'scaleColLabels'.\r
 931      */\r
 932     public void setScaleColLabels(\r
 933             final boolean scaleColLabels) {\r
 934         this._scaleColLabels = scaleColLabels;\r
 935         this._has_scaleColLabels = true;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     /**\r
 939      * Sets the value of field 'score'.\r
 940      * \r
 941      * @param score the value of field 'score'.\r
 942      */\r
 943     public void setScore(\r
 944             final double score) {\r
 945         this._score = score;\r
 946         this._has_score = true;\r
 947     }\r
 948 \r
 949     /**\r
 950      * Sets the value of field 'scoreOnly'.\r
 951      * \r
 952      * @param scoreOnly the value of field 'scoreOnly'.\r
 953      */\r
 954     public void setScoreOnly(\r
 955             final boolean scoreOnly) {\r
 956         this._scoreOnly = scoreOnly;\r
 957         this._has_scoreOnly = true;\r
 958     }\r
 959 \r
 960     /**\r
 961      * Sets the value of field 'sequenceRef'.\r
 962      * \r
 963      * @param sequenceRef the value of field 'sequenceRef'.\r
 964      */\r
 965     public void setSequenceRef(\r
 966             final java.lang.String sequenceRef) {\r
 967         this._sequenceRef = sequenceRef;\r
 968     }\r
 969 \r
 970     /**\r
 971      * Sets the value of field 'showAllColLabels'.\r
 972      * \r
 973      * @param showAllColLabels the value of field 'showAllColLabels'\r
 974      */\r
 975     public void setShowAllColLabels(\r
 976             final boolean showAllColLabels) {\r
 977         this._showAllColLabels = showAllColLabels;\r
 978         this._has_showAllColLabels = true;\r
 979     }\r
 980 \r
 981     /**\r
 982      * Sets the value of field 'thresholdLine'.\r
 983      * \r
 984      * @param thresholdLine the value of field 'thresholdLine'.\r
 985      */\r
 986     public void setThresholdLine(\r
 987             final jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine thresholdLine) {\r
 988         this._thresholdLine = thresholdLine;\r
 989     }\r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * Sets the value of field 'visible'.\r
 993      * \r
 994      * @param visible the value of field 'visible'.\r
 995      */\r
 996     public void setVisible(\r
 997             final boolean visible) {\r
 998         this._visible = visible;\r
 999         this._has_visible = true;\r
1000     }\r
1001 \r
1002     /**\r
1003      * Method unmarshal.\r
1004      * \r
1005      * @param reader\r
1006      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1007      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1008      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1009      * object is an invalid instance according to the schema\r
1010      * @return the unmarshaled\r
1011      * jalview.schemabinding.version2.Annotation\r
1012      */\r
1013     public static jalview.schemabinding.version2.Annotation unmarshal(\r
1014             final java.io.Reader reader)\r
1015     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1016         return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class, reader);\r
1017     }\r
1018 \r
1019     /**\r
1020      * \r
1021      * \r
1022      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1023      * object is an invalid instance according to the schema\r
1024      */\r
1025     public void validate(\r
1026     )\r
1027     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1028         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1029         validator.validate(this);\r
1030     }\r
1031 \r
1032 }\r