src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _start.
  31      */
  32     private int _start;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _start
  36      */
  37     private boolean _has_start;
  38
  39     /**
  40      * Field _end.
  41      */
  42     private int _end;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _end
  46      */
  47     private boolean _has_end;
  48
  49     /**
  50      * Field _name.
  51      */
  52     private java.lang.String _name;
  53
  54     /**
  55      * Field _colour.
  56      */
  57     private java.lang.String _colour;
  58
  59     /**
  60      * Field _consThreshold.
  61      */
  62     private int _consThreshold;
  63
  64     /**
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold
  66      */
  67     private boolean _has_consThreshold;
  68
  69     /**
  70      * Field _pidThreshold.
  71      */
  72     private int _pidThreshold;
  73
  74     /**
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76      */
  77     private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79     /**
  80      * Field _outlineColour.
  81      */
  82     private int _outlineColour;
  83
  84     /**
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour
  86      */
  87     private boolean _has_outlineColour;
  88
  89     /**
  90      * Field _displayBoxes.
  91      */
  92     private boolean _displayBoxes;
  93
  94     /**
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96      */
  97     private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99     /**
 100      * Field _displayText.
 101      */
 102     private boolean _displayText;
 103
 104     /**
 105      * keeps track of state for field: _displayText
 106      */
 107     private boolean _has_displayText;
 108
 109     /**
 110      * Field _colourText.
 111      */
 112     private boolean _colourText;
 113
 114     /**
 115      * keeps track of state for field: _colourText
 116      */
 117     private boolean _has_colourText;
 118
 119     /**
 120      * Field _textCol1.
 121      */
 122     private int _textCol1;
 123
 124     /**
 125      * keeps track of state for field: _textCol1
 126      */
 127     private boolean _has_textCol1;
 128
 129     /**
 130      * Field _textCol2.
 131      */
 132     private int _textCol2;
 133
 134     /**
 135      * keeps track of state for field: _textCol2
 136      */
 137     private boolean _has_textCol2;
 138
 139     /**
 140      * Field _textColThreshold.
 141      */
 142     private int _textColThreshold;
 143
 144     /**
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 146      */
 147     private boolean _has_textColThreshold;
 148
 149     /**
 150      * Field _showUnconserved.
 151      */
 152     private boolean _showUnconserved;
 153
 154     /**
 155      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 156      */
 157     private boolean _has_showUnconserved;
 158
 159     /**
 160      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 161      */
 162     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 163
 164     /**
 165      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 166      */
 167     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 168
 169     /**
 170      * Field _showConsensusHistogram.
 171      */
 172     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 173
 174     /**
 175      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 176      */
 177     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 178
 179     /**
 180      * Field _showSequenceLogo.
 181      */
 182     private boolean _showSequenceLogo = false;
 183
 184     /**
 185      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 186      */
 187     private boolean _has_showSequenceLogo;
 188
 189     /**
 190      * Field _normaliseSequenceLogo.
 191      */
 192     private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 193
 194     /**
 195      * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 196      */
 197     private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 198
 199     /**
 200      * Optional sequence group ID (only
 201      *  needs to be unique for this
 202      *  alignment)
 203      *
 204      */
 205     private java.lang.String _id;
 206
 207     /**
 208      * Field _seqList.
 209      */
 210     private java.util.Vector _seqList;
 211
 212
 213       //----------------/
 214      //- Constructors -/
 215     //----------------/
 216
 217     public JGroup() {
 218         super();
 219         this._seqList = new java.util.Vector();
 220     }
 221
 222
 223       //-----------/
 224      //- Methods -/
 225     //-----------/
 226
 227     /**
 228      *
 229      *
 230      * @param vSeq
 231      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 232      * given is outside the bounds of the collection
 233      */
 234     public void addSeq(
 235             final java.lang.String vSeq)
 236     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 237         this._seqList.addElement(vSeq);
 238     }
 239
 240     /**
 241      *
 242      *
 243      * @param index
 244      * @param vSeq
 245      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 246      * given is outside the bounds of the collection
 247      */
 248     public void addSeq(
 249             final int index,
 250             final java.lang.String vSeq)
 251     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 252         this._seqList.add(index, vSeq);
 253     }
 254
 255     /**
 256      */
 257     public void deleteColourText(
 258     ) {
 259         this._has_colourText= false;
 260     }
 261
 262     /**
 263      */
 264     public void deleteConsThreshold(
 265     ) {
 266         this._has_consThreshold= false;
 267     }
 268
 269     /**
 270      */
 271     public void deleteDisplayBoxes(
 272     ) {
 273         this._has_displayBoxes= false;
 274     }
 275
 276     /**
 277      */
 278     public void deleteDisplayText(
 279     ) {
 280         this._has_displayText= false;
 281     }
 282
 283     /**
 284      */
 285     public void deleteEnd(
 286     ) {
 287         this._has_end= false;
 288     }
 289
 290     /**
 291      */
 292     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 293     ) {
 294         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 295     }
 296
 297     /**
 298      */
 299     public void deleteNormaliseSequenceLogo(
 300     ) {
 301         this._has_normaliseSequenceLogo= false;
 302     }
 303
 304     /**
 305      */
 306     public void deleteOutlineColour(
 307     ) {
 308         this._has_outlineColour= false;
 309     }
 310
 311     /**
 312      */
 313     public void deletePidThreshold(
 314     ) {
 315         this._has_pidThreshold= false;
 316     }
 317
 318     /**
 319      */
 320     public void deleteShowConsensusHistogram(
 321     ) {
 322         this._has_showConsensusHistogram= false;
 323     }
 324
 325     /**
 326      */
 327     public void deleteShowSequenceLogo(
 328     ) {
 329         this._has_showSequenceLogo= false;
 330     }
 331
 332     /**
 333      */
 334     public void deleteShowUnconserved(
 335     ) {
 336         this._has_showUnconserved= false;
 337     }
 338
 339     /**
 340      */
 341     public void deleteStart(
 342     ) {
 343         this._has_start= false;
 344     }
 345
 346     /**
 347      */
 348     public void deleteTextCol1(
 349     ) {
 350         this._has_textCol1= false;
 351     }
 352
 353     /**
 354      */
 355     public void deleteTextCol2(
 356     ) {
 357         this._has_textCol2= false;
 358     }
 359
 360     /**
 361      */
 362     public void deleteTextColThreshold(
 363     ) {
 364         this._has_textColThreshold= false;
 365     }
 366
 367     /**
 368      * Method enumerateSeq.
 369      *
 370      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 371      */
 372     public java.util.Enumeration enumerateSeq(
 373     ) {
 374         return this._seqList.elements();
 375     }
 376
 377     /**
 378      * Returns the value of field 'colour'.
 379      *
 380      * @return the value of field 'Colour'.
 381      */
 382     public java.lang.String getColour(
 383     ) {
 384         return this._colour;
 385     }
 386
 387     /**
 388      * Returns the value of field 'colourText'.
 389      *
 390      * @return the value of field 'ColourText'.
 391      */
 392     public boolean getColourText(
 393     ) {
 394         return this._colourText;
 395     }
 396
 397     /**
 398      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 399      *
 400      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 401      */
 402     public int getConsThreshold(
 403     ) {
 404         return this._consThreshold;
 405     }
 406
 407     /**
 408      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 409      *
 410      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 411      */
 412     public boolean getDisplayBoxes(
 413     ) {
 414         return this._displayBoxes;
 415     }
 416
 417     /**
 418      * Returns the value of field 'displayText'.
 419      *
 420      * @return the value of field 'DisplayText'.
 421      */
 422     public boolean getDisplayText(
 423     ) {
 424         return this._displayText;
 425     }
 426
 427     /**
 428      * Returns the value of field 'end'.
 429      *
 430      * @return the value of field 'End'.
 431      */
 432     public int getEnd(
 433     ) {
 434         return this._end;
 435     }
 436
 437     /**
 438      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 439      * following description: Optional sequence group ID (only
 440      *  needs to be unique for this
 441      *  alignment)
 442      *
 443      *
 444      * @return the value of field 'Id'.
 445      */
 446     public java.lang.String getId(
 447     ) {
 448         return this._id;
 449     }
 450
 451     /**
 452      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 453      *
 454      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 455      */
 456     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
 457     ) {
 458         return this._ignoreGapsinConsensus;
 459     }
 460
 461     /**
 462      * Returns the value of field 'name'.
 463      *
 464      * @return the value of field 'Name'.
 465      */
 466     public java.lang.String getName(
 467     ) {
 468         return this._name;
 469     }
 470
 471     /**
 472      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 473      *
 474      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 475      */
 476     public boolean getNormaliseSequenceLogo(
 477     ) {
 478         return this._normaliseSequenceLogo;
 479     }
 480
 481     /**
 482      * Returns the value of field 'outlineColour'.
 483      *
 484      * @return the value of field 'OutlineColour'.
 485      */
 486     public int getOutlineColour(
 487     ) {
 488         return this._outlineColour;
 489     }
 490
 491     /**
 492      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 493      *
 494      * @return the value of field 'PidThreshold'.
 495      */
 496     public int getPidThreshold(
 497     ) {
 498         return this._pidThreshold;
 499     }
 500
 501     /**
 502      * Method getSeq.
 503      *
 504      * @param index
 505      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 506      * given is outside the bounds of the collection
 507      * @return the value of the java.lang.String at the given index
 508      */
 509     public java.lang.String getSeq(
 510             final int index)
 511     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 512         // check bounds for index
 513         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
 514             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 515         }
 516
 517         return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 518     }
 519
 520     /**
 521      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an
 522      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 523      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 524      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 525      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 526      *
 527      * @return this collection as an Array
 528      */
 529     public java.lang.String[] getSeq(
 530     ) {
 531         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 532         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 533     }
 534
 535     /**
 536      * Method getSeqCount.
 537      *
 538      * @return the size of this collection
 539      */
 540     public int getSeqCount(
 541     ) {
 542         return this._seqList.size();
 543     }
 544
 545     /**
 546      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 547      *
 548      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 549      */
 550     public boolean getShowConsensusHistogram(
 551     ) {
 552         return this._showConsensusHistogram;
 553     }
 554
 555     /**
 556      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 557      *
 558      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 559      */
 560     public boolean getShowSequenceLogo(
 561     ) {
 562         return this._showSequenceLogo;
 563     }
 564
 565     /**
 566      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 567      *
 568      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 569      */
 570     public boolean getShowUnconserved(
 571     ) {
 572         return this._showUnconserved;
 573     }
 574
 575     /**
 576      * Returns the value of field 'start'.
 577      *
 578      * @return the value of field 'Start'.
 579      */
 580     public int getStart(
 581     ) {
 582         return this._start;
 583     }
 584
 585     /**
 586      * Returns the value of field 'textCol1'.
 587      *
 588      * @return the value of field 'TextCol1'.
 589      */
 590     public int getTextCol1(
 591     ) {
 592         return this._textCol1;
 593     }
 594
 595     /**
 596      * Returns the value of field 'textCol2'.
 597      *
 598      * @return the value of field 'TextCol2'.
 599      */
 600     public int getTextCol2(
 601     ) {
 602         return this._textCol2;
 603     }
 604
 605     /**
 606      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 607      *
 608      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 609      */
 610     public int getTextColThreshold(
 611     ) {
 612         return this._textColThreshold;
 613     }
 614
 615     /**
 616      * Method hasColourText.
 617      *
 618      * @return true if at least one ColourText has been added
 619      */
 620     public boolean hasColourText(
 621     ) {
 622         return this._has_colourText;
 623     }
 624
 625     /**
 626      * Method hasConsThreshold.
 627      *
 628      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 629      */
 630     public boolean hasConsThreshold(
 631     ) {
 632         return this._has_consThreshold;
 633     }
 634
 635     /**
 636      * Method hasDisplayBoxes.
 637      *
 638      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 639      */
 640     public boolean hasDisplayBoxes(
 641     ) {
 642         return this._has_displayBoxes;
 643     }
 644
 645     /**
 646      * Method hasDisplayText.
 647      *
 648      * @return true if at least one DisplayText has been added
 649      */
 650     public boolean hasDisplayText(
 651     ) {
 652         return this._has_displayText;
 653     }
 654
 655     /**
 656      * Method hasEnd.
 657      *
 658      * @return true if at least one End has been added
 659      */
 660     public boolean hasEnd(
 661     ) {
 662         return this._has_end;
 663     }
 664
 665     /**
 666      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 667      *
 668      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
 669      * added
 670      */
 671     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
 672     ) {
 673         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 674     }
 675
 676     /**
 677      * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 678      *
 679      * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been
 680      * added
 681      */
 682     public boolean hasNormaliseSequenceLogo(
 683     ) {
 684         return this._has_normaliseSequenceLogo;
 685     }
 686
 687     /**
 688      * Method hasOutlineColour.
 689      *
 690      * @return true if at least one OutlineColour has been added
 691      */
 692     public boolean hasOutlineColour(
 693     ) {
 694         return this._has_outlineColour;
 695     }
 696
 697     /**
 698      * Method hasPidThreshold.
 699      *
 700      * @return true if at least one PidThreshold has been added
 701      */
 702     public boolean hasPidThreshold(
 703     ) {
 704         return this._has_pidThreshold;
 705     }
 706
 707     /**
 708      * Method hasShowConsensusHistogram.
 709      *
 710      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
 711      * added
 712      */
 713     public boolean hasShowConsensusHistogram(
 714     ) {
 715         return this._has_showConsensusHistogram;
 716     }
 717
 718     /**
 719      * Method hasShowSequenceLogo.
 720      *
 721      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 722      */
 723     public boolean hasShowSequenceLogo(
 724     ) {
 725         return this._has_showSequenceLogo;
 726     }
 727
 728     /**
 729      * Method hasShowUnconserved.
 730      *
 731      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 732      */
 733     public boolean hasShowUnconserved(
 734     ) {
 735         return this._has_showUnconserved;
 736     }
 737
 738     /**
 739      * Method hasStart.
 740      *
 741      * @return true if at least one Start has been added
 742      */
 743     public boolean hasStart(
 744     ) {
 745         return this._has_start;
 746     }
 747
 748     /**
 749      * Method hasTextCol1.
 750      *
 751      * @return true if at least one TextCol1 has been added
 752      */
 753     public boolean hasTextCol1(
 754     ) {
 755         return this._has_textCol1;
 756     }
 757
 758     /**
 759      * Method hasTextCol2.
 760      *
 761      * @return true if at least one TextCol2 has been added
 762      */
 763     public boolean hasTextCol2(
 764     ) {
 765         return this._has_textCol2;
 766     }
 767
 768     /**
 769      * Method hasTextColThreshold.
 770      *
 771      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 772      */
 773     public boolean hasTextColThreshold(
 774     ) {
 775         return this._has_textColThreshold;
 776     }
 777
 778     /**
 779      * Returns the value of field 'colourText'.
 780      *
 781      * @return the value of field 'ColourText'.
 782      */
 783     public boolean isColourText(
 784     ) {
 785         return this._colourText;
 786     }
 787
 788     /**
 789      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 790      *
 791      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 792      */
 793     public boolean isDisplayBoxes(
 794     ) {
 795         return this._displayBoxes;
 796     }
 797
 798     /**
 799      * Returns the value of field 'displayText'.
 800      *
 801      * @return the value of field 'DisplayText'.
 802      */
 803     public boolean isDisplayText(
 804     ) {
 805         return this._displayText;
 806     }
 807
 808     /**
 809      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 810      *
 811      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 812      */
 813     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
 814     ) {
 815         return this._ignoreGapsinConsensus;
 816     }
 817
 818     /**
 819      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 820      *
 821      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 822      */
 823     public boolean isNormaliseSequenceLogo(
 824     ) {
 825         return this._normaliseSequenceLogo;
 826     }
 827
 828     /**
 829      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 830      *
 831      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 832      */
 833     public boolean isShowConsensusHistogram(
 834     ) {
 835         return this._showConsensusHistogram;
 836     }
 837
 838     /**
 839      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 840      *
 841      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 842      */
 843     public boolean isShowSequenceLogo(
 844     ) {
 845         return this._showSequenceLogo;
 846     }
 847
 848     /**
 849      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 850      *
 851      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 852      */
 853     public boolean isShowUnconserved(
 854     ) {
 855         return this._showUnconserved;
 856     }
 857
 858     /**
 859      * Method isValid.
 860      *
 861      * @return true if this object is valid according to the schema
 862      */
 863     public boolean isValid(
 864     ) {
 865         try {
 866             validate();
 867         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 868             return false;
 869         }
 870         return true;
 871     }
 872
 873     /**
 874      *
 875      *
 876      * @param out
 877      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 878      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 879      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 880      * object is an invalid instance according to the schema
 881      */
 882     public void marshal(
 883             final java.io.Writer out)
 884     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 885         Marshaller.marshal(this, out);
 886     }
 887
 888     /**
 889      *
 890      *
 891      * @param handler
 892      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 893      * marshaling
 894      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 895      * object is an invalid instance according to the schema
 896      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 897      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 898      */
 899     public void marshal(
 900             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 901     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 902         Marshaller.marshal(this, handler);
 903     }
 904
 905     /**
 906      */
 907     public void removeAllSeq(
 908     ) {
 909         this._seqList.clear();
 910     }
 911
 912     /**
 913      * Method removeSeq.
 914      *
 915      * @param vSeq
 916      * @return true if the object was removed from the collection.
 917      */
 918     public boolean removeSeq(
 919             final java.lang.String vSeq) {
 920         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 921         return removed;
 922     }
 923
 924     /**
 925      * Method removeSeqAt.
 926      *
 927      * @param index
 928      * @return the element removed from the collection
 929      */
 930     public java.lang.String removeSeqAt(
 931             final int index) {
 932         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 933         return (java.lang.String) obj;
 934     }
 935
 936     /**
 937      * Sets the value of field 'colour'.
 938      *
 939      * @param colour the value of field 'colour'.
 940      */
 941     public void setColour(
 942             final java.lang.String colour) {
 943         this._colour = colour;
 944     }
 945
 946     /**
 947      * Sets the value of field 'colourText'.
 948      *
 949      * @param colourText the value of field 'colourText'.
 950      */
 951     public void setColourText(
 952             final boolean colourText) {
 953         this._colourText = colourText;
 954         this._has_colourText = true;
 955     }
 956
 957     /**
 958      * Sets the value of field 'consThreshold'.
 959      *
 960      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
 961      */
 962     public void setConsThreshold(
 963             final int consThreshold) {
 964         this._consThreshold = consThreshold;
 965         this._has_consThreshold = true;
 966     }
 967
 968     /**
 969      * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 970      *
 971      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.
 972      */
 973     public void setDisplayBoxes(
 974             final boolean displayBoxes) {
 975         this._displayBoxes = displayBoxes;
 976         this._has_displayBoxes = true;
 977     }
 978
 979     /**
 980      * Sets the value of field 'displayText'.
 981      *
 982      * @param displayText the value of field 'displayText'.
 983      */
 984     public void setDisplayText(
 985             final boolean displayText) {
 986         this._displayText = displayText;
 987         this._has_displayText = true;
 988     }
 989
 990     /**
 991      * Sets the value of field 'end'.
 992      *
 993      * @param end the value of field 'end'.
 994      */
 995     public void setEnd(
 996             final int end) {
 997         this._end = end;
 998         this._has_end = true;
 999     }
1000
1001     /**
1002      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
1003      * following description: Optional sequence group ID (only
1004      *  needs to be unique for this
1005      *  alignment)
1006      *
1007      *
1008      * @param id the value of field 'id'.
1009      */
1010     public void setId(
1011             final java.lang.String id) {
1012         this._id = id;
1013     }
1014
1015     /**
1016      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1017      *
1018      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
1019      * 'ignoreGapsinConsensus'.
1020      */
1021     public void setIgnoreGapsinConsensus(
1022             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
1023         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1024         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1025     }
1026
1027     /**
1028      * Sets the value of field 'name'.
1029      *
1030      * @param name the value of field 'name'.
1031      */
1032     public void setName(
1033             final java.lang.String name) {
1034         this._name = name;
1035     }
1036
1037     /**
1038      * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1039      *
1040      * @param normaliseSequenceLogo the value of field
1041      * 'normaliseSequenceLogo'.
1042      */
1043     public void setNormaliseSequenceLogo(
1044             final boolean normaliseSequenceLogo) {
1045         this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1046         this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1047     }
1048
1049     /**
1050      * Sets the value of field 'outlineColour'.
1051      *
1052      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.
1053      */
1054     public void setOutlineColour(
1055             final int outlineColour) {
1056         this._outlineColour = outlineColour;
1057         this._has_outlineColour = true;
1058     }
1059
1060     /**
1061      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1062      *
1063      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
1064      */
1065     public void setPidThreshold(
1066             final int pidThreshold) {
1067         this._pidThreshold = pidThreshold;
1068         this._has_pidThreshold = true;
1069     }
1070
1071     /**
1072      *
1073      *
1074      * @param index
1075      * @param vSeq
1076      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
1077      * given is outside the bounds of the collection
1078      */
1079     public void setSeq(
1080             final int index,
1081             final java.lang.String vSeq)
1082     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
1083         // check bounds for index
1084         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
1085             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1086         }
1087
1088         this._seqList.set(index, vSeq);
1089     }
1090
1091     /**
1092      *
1093      *
1094      * @param vSeqArray
1095      */
1096     public void setSeq(
1097             final java.lang.String[] vSeqArray) {
1098         //-- copy array
1099         _seqList.clear();
1100
1101         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {
1102                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1103         }
1104     }
1105
1106     /**
1107      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1108      *
1109      * @param showConsensusHistogram the value of field
1110      * 'showConsensusHistogram'.
1111      */
1112     public void setShowConsensusHistogram(
1113             final boolean showConsensusHistogram) {
1114         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1115         this._has_showConsensusHistogram = true;
1116     }
1117
1118     /**
1119      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1120      *
1121      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
1122      */
1123     public void setShowSequenceLogo(
1124             final boolean showSequenceLogo) {
1125         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1126         this._has_showSequenceLogo = true;
1127     }
1128
1129     /**
1130      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1131      *
1132      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
1133      */
1134     public void setShowUnconserved(
1135             final boolean showUnconserved) {
1136         this._showUnconserved = showUnconserved;
1137         this._has_showUnconserved = true;
1138     }
1139
1140     /**
1141      * Sets the value of field 'start'.
1142      *
1143      * @param start the value of field 'start'.
1144      */
1145     public void setStart(
1146             final int start) {
1147         this._start = start;
1148         this._has_start = true;
1149     }
1150
1151     /**
1152      * Sets the value of field 'textCol1'.
1153      *
1154      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
1155      */
1156     public void setTextCol1(
1157             final int textCol1) {
1158         this._textCol1 = textCol1;
1159         this._has_textCol1 = true;
1160     }
1161
1162     /**
1163      * Sets the value of field 'textCol2'.
1164      *
1165      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
1166      */
1167     public void setTextCol2(
1168             final int textCol2) {
1169         this._textCol2 = textCol2;
1170         this._has_textCol2 = true;
1171     }
1172
1173     /**
1174      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1175      *
1176      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
1177      */
1178     public void setTextColThreshold(
1179             final int textColThreshold) {
1180         this._textColThreshold = textColThreshold;
1181         this._has_textColThreshold = true;
1182     }
1183
1184     /**
1185      * Method unmarshal.
1186      *
1187      * @param reader
1188      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1189      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1190      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1191      * object is an invalid instance according to the schema
1192      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1193      */
1194     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1195             final java.io.Reader reader)
1196     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1197         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1198     }
1199
1200     /**
1201      *
1202      *
1203      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1204      * object is an invalid instance according to the schema
1205      */
1206     public void validate(
1207     )
1208     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1209         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1210         validator.validate(this);
1211     }
1212
1213 }