src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;\r
  15 \r
  16 /**\r
  17  * Class JSeqDescriptor.\r
  18  * \r
  19  * @version $Revision$ $Date$\r
  20  */\r
  21 public class JSeqDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  22 \r
  23 \r
  24       //--------------------------/\r
  25      //- Class/Member Variables -/\r
  26     //--------------------------/\r
  27 \r
  28     /**\r
  29      * Field _elementDefinition.\r
  30      */\r
  31     private boolean _elementDefinition;\r
  32 \r
  33     /**\r
  34      * Field _nsPrefix.\r
  35      */\r
  36     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _nsURI.\r
  40      */\r
  41     private java.lang.String _nsURI;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _xmlName.\r
  45      */\r
  46     private java.lang.String _xmlName;\r
  47 \r
  48 \r
  49       //----------------/\r
  50      //- Constructors -/\r
  51     //----------------/\r
  52 \r
  53     public JSeqDescriptor() {\r
  54         super();\r
  55         _nsURI = "www.jalview.org";\r
  56         _xmlName = "JSeq";\r
  57         _elementDefinition = true;\r
  58         \r
  59         //-- set grouping compositor\r
  60         setCompositorAsSequence();\r
  61         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  62         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  63         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  64         //-- initialize attribute descriptors\r
  65         \r
  66         //-- _colour\r
  67         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  68         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  69             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  70                 throws IllegalStateException\r
  71             {\r
  72                 JSeq target = (JSeq) object;\r
  73                 if (!target.hasColour()) { return null; }\r
  74                 return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
  75             }\r
  76             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  77                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  78             {\r
  79                 try {\r
  80                     JSeq target = (JSeq) object;\r
  81                     // if null, use delete method for optional primitives \r
  82                     if (value == null) {\r
  83                         target.deleteColour();\r
  84                         return;\r
  85                     }\r
  86                     target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
  87                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  88                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  89                 }\r
  90             }\r
  91             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
  92                 return null;\r
  93             }\r
  94         };\r
  95         desc.setHandler(handler);\r
  96         desc.setMultivalued(false);\r
  97         addFieldDescriptor(desc);\r
  98         \r
  99         //-- validation code for: _colour\r
 100         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 101         { //-- local scope\r
 102             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 103             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 104             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 105             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 106             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 107         }\r
 108         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 109         //-- _start\r
 110         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 111         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 112             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 113                 throws IllegalStateException\r
 114             {\r
 115                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 116                 if (!target.hasStart()) { return null; }\r
 117                 return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
 118             }\r
 119             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 120                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 121             {\r
 122                 try {\r
 123                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 124                     // ignore null values for non optional primitives\r
 125                     if (value == null) { return; }\r
 126                     \r
 127                     target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 128                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 129                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 130                 }\r
 131             }\r
 132             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 133                 return null;\r
 134             }\r
 135         };\r
 136         desc.setHandler(handler);\r
 137         desc.setRequired(true);\r
 138         desc.setMultivalued(false);\r
 139         addFieldDescriptor(desc);\r
 140         \r
 141         //-- validation code for: _start\r
 142         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 143         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 144         { //-- local scope\r
 145             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 146             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 147             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 148             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 149             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 150         }\r
 151         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 152         //-- _end\r
 153         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 154         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 155             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 156                 throws IllegalStateException\r
 157             {\r
 158                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 159                 if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
 160                 return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
 161             }\r
 162             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 163                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 164             {\r
 165                 try {\r
 166                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 167                     // ignore null values for non optional primitives\r
 168                     if (value == null) { return; }\r
 169                     \r
 170                     target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 171                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 172                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 173                 }\r
 174             }\r
 175             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 176                 return null;\r
 177             }\r
 178         };\r
 179         desc.setHandler(handler);\r
 180         desc.setRequired(true);\r
 181         desc.setMultivalued(false);\r
 182         addFieldDescriptor(desc);\r
 183         \r
 184         //-- validation code for: _end\r
 185         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 186         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 187         { //-- local scope\r
 188             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 189             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 190             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 191             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 192             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 193         }\r
 194         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 195         //-- _id\r
 196         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 197         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 198             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 199                 throws IllegalStateException\r
 200             {\r
 201                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 202                 if (!target.hasId()) { return null; }\r
 203                 return new java.lang.Integer(target.getId());\r
 204             }\r
 205             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 206                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 207             {\r
 208                 try {\r
 209                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 210                     // ignore null values for non optional primitives\r
 211                     if (value == null) { return; }\r
 212                     \r
 213                     target.setId( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 214                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 215                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 216                 }\r
 217             }\r
 218             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 219                 return null;\r
 220             }\r
 221         };\r
 222         desc.setHandler(handler);\r
 223         desc.setRequired(true);\r
 224         desc.setMultivalued(false);\r
 225         addFieldDescriptor(desc);\r
 226         \r
 227         //-- validation code for: _id\r
 228         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 229         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 230         { //-- local scope\r
 231             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 232             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 233             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 234             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 235             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 236         }\r
 237         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 238         //-- _hidden\r
 239         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 240         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 241             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 242                 throws IllegalStateException\r
 243             {\r
 244                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 245                 if (!target.hasHidden()) { return null; }\r
 246                 return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 247             }\r
 248             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 249                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 250             {\r
 251                 try {\r
 252                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 253                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 254                     if (value == null) {\r
 255                         target.deleteHidden();\r
 256                         return;\r
 257                     }\r
 258                     target.setHidden( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 259                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 260                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 261                 }\r
 262             }\r
 263             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 264                 return null;\r
 265             }\r
 266         };\r
 267         desc.setHandler(handler);\r
 268         desc.setMultivalued(false);\r
 269         addFieldDescriptor(desc);\r
 270         \r
 271         //-- validation code for: _hidden\r
 272         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 273         { //-- local scope\r
 274             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 275             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 276             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 277         }\r
 278         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 279         //-- initialize element descriptors\r
 280         \r
 281         //-- _featuresList\r
 282         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList", "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 283         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 284             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 285                 throws IllegalStateException\r
 286             {\r
 287                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 288                 return target.getFeatures();\r
 289             }\r
 290             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 291                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 292             {\r
 293                 try {\r
 294                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 295                     target.addFeatures( (jalview.schemabinding.version2.Features) value);\r
 296                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 297                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 298                 }\r
 299             }\r
 300             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 301                 try {\r
 302                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 303                     target.removeAllFeatures();\r
 304                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 305                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 306                 }\r
 307             }\r
 308             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 309                 return new jalview.schemabinding.version2.Features();\r
 310             }\r
 311         };\r
 312         desc.setHandler(handler);\r
 313         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 314         desc.setMultivalued(true);\r
 315         addFieldDescriptor(desc);\r
 316         \r
 317         //-- validation code for: _featuresList\r
 318         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 319         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 320         { //-- local scope\r
 321         }\r
 322         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 323         //-- _pdbidsList\r
 324         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList", "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 325         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 326             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 327                 throws IllegalStateException\r
 328             {\r
 329                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 330                 return target.getPdbids();\r
 331             }\r
 332             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 333                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 334             {\r
 335                 try {\r
 336                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 337                     target.addPdbids( (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);\r
 338                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 339                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 340                 }\r
 341             }\r
 342             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 343                 try {\r
 344                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 345                     target.removeAllPdbids();\r
 346                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 347                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 348                 }\r
 349             }\r
 350             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 351                 return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();\r
 352             }\r
 353         };\r
 354         desc.setHandler(handler);\r
 355         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 356         desc.setMultivalued(true);\r
 357         addFieldDescriptor(desc);\r
 358         \r
 359         //-- validation code for: _pdbidsList\r
 360         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 361         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 362         { //-- local scope\r
 363         }\r
 364         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 365         //-- _hiddenSequencesList\r
 366         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList", "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 367         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 368             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 369                 throws IllegalStateException\r
 370             {\r
 371                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 372                 return target.getHiddenSequences();\r
 373             }\r
 374             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 375                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 376             {\r
 377                 try {\r
 378                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 379                     // ignore null values for non optional primitives\r
 380                     if (value == null) { return; }\r
 381                     \r
 382                     target.addHiddenSequences( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 383                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 384                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 385                 }\r
 386             }\r
 387             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 388                 try {\r
 389                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 390                     target.removeAllHiddenSequences();\r
 391                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 392                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 393                 }\r
 394             }\r
 395             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 396                 return null;\r
 397             }\r
 398         };\r
 399         desc.setHandler(handler);\r
 400         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 401         desc.setMultivalued(true);\r
 402         addFieldDescriptor(desc);\r
 403         \r
 404         //-- validation code for: _hiddenSequencesList\r
 405         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 406         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 407         { //-- local scope\r
 408             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 409             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 410             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 411             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 412             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 413         }\r
 414         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 415     }\r
 416 \r
 417 \r
 418       //-----------/\r
 419      //- Methods -/\r
 420     //-----------/\r
 421 \r
 422     /**\r
 423      * Method getAccessMode.\r
 424      * \r
 425      * @return the access mode specified for this class.\r
 426      */\r
 427     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 428     ) {\r
 429         return null;\r
 430     }\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Method getIdentity.\r
 434      * \r
 435      * @return the identity field, null if this class has no\r
 436      * identity.\r
 437      */\r
 438     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 439     ) {\r
 440         return super.getIdentity();\r
 441     }\r
 442 \r
 443     /**\r
 444      * Method getJavaClass.\r
 445      * \r
 446      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 447      */\r
 448     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 449     ) {\r
 450         return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     /**\r
 454      * Method getNameSpacePrefix.\r
 455      * \r
 456      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 457      */\r
 458     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 459     ) {\r
 460         return _nsPrefix;\r
 461     }\r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * Method getNameSpaceURI.\r
 465      * \r
 466      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 467      * unmarshaling as XML.\r
 468      */\r
 469     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 470     ) {\r
 471         return _nsURI;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * Method getValidator.\r
 476      * \r
 477      * @return a specific validator for the class described by this\r
 478      * ClassDescriptor.\r
 479      */\r
 480     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 481     ) {\r
 482         return this;\r
 483     }\r
 484 \r
 485     /**\r
 486      * Method getXMLName.\r
 487      * \r
 488      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 489      */\r
 490     public java.lang.String getXMLName(\r
 491     ) {\r
 492         return _xmlName;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      * Method isElementDefinition.\r
 497      * \r
 498      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 499      * of a global\r
 500      * element or element with anonymous type definition.\r
 501      */\r
 502     public boolean isElementDefinition(\r
 503     ) {\r
 504         return _elementDefinition;\r
 505     }\r
 506 \r
 507 }\r