src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class AnnotationColourGradient extends ResidueColourScheme
  26 {
  27   public static int NO_THRESHOLD = -1;
  28
  29   public static int BELOW_THRESHOLD = 0;
  30
  31   public static int ABOVE_THRESHOLD = 1;
  32
  33   public AlignmentAnnotation annotation;
  34
  35   int aboveAnnotationThreshold = -1;
  36
  37   public boolean thresholdIsMinMax = false;
  38
  39   GraphLine annotationThreshold;
  40
  41   float r1, g1, b1, rr, gg, bb, dr, dg, db;
  42
  43   ColourSchemeI colourScheme;
  44
  45   public boolean predefinedColours = false;
  46
  47   /**
  48    * Creates a new AnnotationColourGradient object.
  49    */
  50   public AnnotationColourGradient(AlignmentAnnotation annotation,
  51           ColourSchemeI originalColour, int aboveThreshold)
  52   {
  53     if (originalColour instanceof AnnotationColourGradient)
  54     {
  55       colourScheme = ((AnnotationColourGradient) originalColour).colourScheme;
  56     }
  57     else
  58     {
  59       colourScheme = originalColour;
  60     }
  61
  62     this.annotation = annotation;
  63
  64     aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;
  65
  66     if (aboveThreshold != NO_THRESHOLD && annotation.threshold != null)
  67     {
  68       annotationThreshold = annotation.threshold;
  69     }
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Creates a new AnnotationColourGradient object.
  74    */
  75   public AnnotationColourGradient(AlignmentAnnotation annotation,
  76           Color minColour, Color maxColour, int aboveThreshold)
  77   {
  78     this.annotation = annotation;
  79
  80     aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;
  81
  82     if (aboveThreshold != NO_THRESHOLD && annotation.threshold != null)
  83     {
  84       annotationThreshold = annotation.threshold;
  85     }
  86
  87     r1 = minColour.getRed();
  88     g1 = minColour.getGreen();
  89     b1 = minColour.getBlue();
  90
  91     rr = maxColour.getRed() - r1;
  92     gg = maxColour.getGreen() - g1;
  93     bb = maxColour.getBlue() - b1;
  94   }
  95
  96   public String getAnnotation()
  97   {
  98     return annotation.label;
  99   }
 100
 101   public int getAboveThreshold()
 102   {
 103     return aboveAnnotationThreshold;
 104   }
 105
 106   public float getAnnotationThreshold()
 107   {
 108     if (annotationThreshold == null)
 109     {
 110       return 0;
 111     }
 112     else
 113     {
 114       return annotationThreshold.value;
 115     }
 116   }
 117
 118   public ColourSchemeI getBaseColour()
 119   {
 120     return colourScheme;
 121   }
 122
 123   public Color getMinColour()
 124   {
 125     return new Color((int) r1, (int) g1, (int) b1);
 126   }
 127
 128   public Color getMaxColour()
 129   {
 130     return new Color((int) (r1 + rr), (int) (g1 + gg), (int) (b1 + bb));
 131   }
 132
 133   /**
 134    * DOCUMENT ME!
 135    *
 136    * @param n
 137    *                DOCUMENT ME!
 138    *
 139    * @return DOCUMENT ME!
 140    */
 141   public Color findColour(char c)
 142   {
 143     return Color.red;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * DOCUMENT ME!
 148    *
 149    * @param n
 150    *                DOCUMENT ME!
 151    * @param j
 152    *                DOCUMENT ME!
 153    *
 154    * @return DOCUMENT ME!
 155    */
 156   public Color findColour(char c, int j)
 157   {
 158     Color currentColour = Color.white;
 159
 160     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
 161     {
 162       if (j < annotation.annotations.length
 163               && annotation.annotations[j] != null
 164               && !jalview.util.Comparison.isGap(c))
 165       {
 166
 167         if (predefinedColours)
 168         {
 169           if (annotation.annotations[j].colour != null)
 170             return annotation.annotations[j].colour;
 171           else
 172             return currentColour;
 173         }
 174
 175         if (aboveAnnotationThreshold == NO_THRESHOLD
 176                 || (annotationThreshold != null
 177                         && aboveAnnotationThreshold == ABOVE_THRESHOLD && annotation.annotations[j].value >= annotationThreshold.value)
 178                 || (annotationThreshold != null
 179                         && aboveAnnotationThreshold == BELOW_THRESHOLD && annotation.annotations[j].value <= annotationThreshold.value))
 180         {
 181
 182           float range = 1f;
 183           if (thresholdIsMinMax
 184                   && annotation.threshold != null
 185                   && aboveAnnotationThreshold == ABOVE_THRESHOLD
 186                   && annotation.annotations[j].value > annotation.threshold.value)
 187           {
 188             range = (annotation.annotations[j].value - annotation.threshold.value)
 189                     / (annotation.graphMax - annotation.threshold.value);
 190           }
 191           else if (thresholdIsMinMax && annotation.threshold != null
 192                   && aboveAnnotationThreshold == BELOW_THRESHOLD
 193                   && annotation.annotations[j].value > annotation.graphMin)
 194           {
 195             range = (annotation.annotations[j].value - annotation.graphMin)
 196                     / (annotation.threshold.value - annotation.graphMin);
 197           }
 198           else
 199           {
 200             range = (annotation.annotations[j].value - annotation.graphMin)
 201                     / (annotation.graphMax - annotation.graphMin);
 202           }
 203
 204           if (colourScheme != null)
 205           {
 206             currentColour = colourScheme.findColour(c, j);
 207           }
 208           else if (range != 0)
 209           {
 210             dr = rr * range + r1;
 211             dg = gg * range + g1;
 212             db = bb * range + b1;
 213
 214             currentColour = new Color((int) dr, (int) dg, (int) db);
 215           }
 216         }
 217       }
 218     }
 219
 220     if (conservationColouring)
 221     {
 222       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
 223     }
 224
 225     return currentColour;
 226   }
 227 }