src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 ////////////////////////////////////////////\r
  23 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!\r
  24 // AW 15th Dec 2004\r
  25 /////////////////////////////////////////\r
  26 public class Consensus {\r
  27     int[] mask;\r
  28     double threshold;\r
  29     String maskstr;\r
  30 \r
  31     public Consensus(String mask, double threshold) {\r
  32         // this.id = id;\r
  33         //    this.mask = mask;\r
  34         this.maskstr = mask;\r
  35         setMask(mask);\r
  36         this.threshold = threshold;\r
  37     }\r
  38 \r
  39     public void setMask(String s) {\r
  40         this.mask = setNums(s);\r
  41 \r
  42         //   for (int i=0; i < mask.length; i++) {\r
  43         //  System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);\r
  44         // }\r
  45     }\r
  46 \r
  47     public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size) {\r
  48         int tot = 0;\r
  49 \r
  50         for (int i = 0; i < mask.length; i++)\r
  51             tot += cons2[col][mask[i]];\r
  52 \r
  53         if ((double) tot > ((threshold * size) / 100)) {\r
  54             return true;\r
  55         }\r
  56 \r
  57         return false;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     int[] setNums(String s) {\r
  61         int[] out = new int[s.length()];\r
  62         int i = 0;\r
  63 \r
  64         while (i < s.length()) {\r
  65             out[i] = ((Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s.substring(i,\r
  66                         i + 1))).intValue();\r
  67             i++;\r
  68         }\r
  69 \r
  70         return out;\r
  71     }\r
  72 }\r