src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import jalview.analysis.*;\r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   public ColourSchemeI cs;\r
  28   public int inc = 30;\r
  29 \r
  30   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  31   {\r
  32     super();\r
  33     conserve = cons;\r
  34     cs = oldcs;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public void setConsensus(Vector consensus)\r
  38   {\r
  39     this.consensus = consensus;\r
  40     if(cs!=null)\r
  41       cs.setConsensus(consensus);\r
  42   }\r
  43 \r
  44    public Color findColour(String s, int i)\r
  45    {\r
  46      Color c = Color.white;\r
  47      if (cs == null)\r
  48        return c;\r
  49 \r
  50      char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);\r
  51      if (ch == '*' || ch == '+')\r
  52      {\r
  53        c = cs.findColour(s, i);\r
  54      }\r
  55      else\r
  56      {\r
  57        int tmp = 10;\r
  58        int t = 0;\r
  59        if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch))\r
  60          t = Integer.parseInt(ch + "");\r
  61 \r
  62        c = cs.findColour(s, i);\r
  63 \r
  64        while (tmp >= t)\r
  65        {\r
  66          c = lighter(c, inc);\r
  67          tmp--;\r
  68        }\r
  69 \r
  70      }\r
  71 \r
  72    return c;\r
  73    }\r
  74 \r
  75 \r
  76   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  77     int red = c.getRed();\r
  78     int blue = c.getBlue();\r
  79     int green = c.getGreen();\r
  80 \r
  81     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
  82     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
  83     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
  84 \r
  85     return new Color(red,green,blue);\r
  86   }\r
  87 \r
  88 }\r