src/jalview/schemes/NucleotideAmbiguityColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.api.AlignViewportI;
   4 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   5
   6 public class NucleotideAmbiguityColourScheme extends ResidueColourScheme
   7 {
   8   /**
   9    * Creates a new NucleotideColourScheme object.
  10    */
  11   public NucleotideAmbiguityColourScheme()
  12   {
  13     super(ResidueProperties.nucleotideIndex,
  14             ResidueProperties.nucleotideAmbiguity);
  15   }
  16
  17   @Override
  18   public boolean isNucleotideSpecific()
  19   {
  20     return true;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public String getSchemeName()
  25   {
  26     return JalviewColourScheme.NucleotideAmbiguity.toString();
  27   }
  28
  29   /**
  30    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  31    * be coloured
  32    */
  33   @Override
  34   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  35           AnnotatedCollectionI coll)
  36   {
  37     return new NucleotideAmbiguityColourScheme();
  38   }
  39
  40 }