src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 \r
   6 \r
   7 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme\r
   8 {\r
   9   public NucleotideColourScheme() {\r
  10   super(ResidueProperties.nucleotide,0);\r
  11   }\r
  12 \r
  13 \r
  14   public Color findColour(String n)\r
  15   {\r
  16     System.out.println("called");\r
  17     return colors[((Integer)(ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];\r
  18   }\r
  19 \r
  20 \r
  21   public Color findColour(String n, int j, Vector aa) {\r
  22 \r
  23     if (threshold == 0 || aboveThreshold(aa, n, j))\r
  24       try\r
  25       {\r
  26         return colors[ ( (Integer) (ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];\r
  27       }\r
  28       catch (Exception ex)\r
  29       {\r
  30         return Color.white;\r
  31       }\r
  32     else\r
  33       return Color.white;\r
  34 \r
  35   }\r
  36 \r
  37 }\r