src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 public class ResidueProperties
  26 {
  27   public static Hashtable scoreMatrices = new Hashtable();
  28   //Stores residue codes/names and colours and other things
  29   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  30   public static final int[] nucleotideIndex;
  31   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  32   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  33   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  34
  35   static
  36   {
  37     aaIndex = new int[255];
  38     for (int i = 0; i < 255; i++)
  39     {
  40       aaIndex[i] = 23;
  41     }
  42
  43     aaIndex['A'] = 0;
  44     aaIndex['R'] = 1;
  45     aaIndex['N'] = 2;
  46     aaIndex['D'] = 3;
  47     aaIndex['C'] = 4;
  48     aaIndex['Q'] = 5;
  49     aaIndex['E'] = 6;
  50     aaIndex['G'] = 7;
  51     aaIndex['H'] = 8;
  52     aaIndex['I'] = 9;
  53     aaIndex['L'] = 10;
  54     aaIndex['K'] = 11;
  55     aaIndex['M'] = 12;
  56     aaIndex['F'] = 13;
  57     aaIndex['P'] = 14;
  58     aaIndex['S'] = 15;
  59     aaIndex['T'] = 16;
  60     aaIndex['W'] = 17;
  61     aaIndex['Y'] = 18;
  62     aaIndex['V'] = 19;
  63     aaIndex['B'] = 20;
  64     aaIndex['Z'] = 21;
  65     aaIndex['X'] = 22;
  66     aaIndex['U'] = 22;
  67     aaIndex['a'] = 0;
  68     aaIndex['r'] = 1;
  69     aaIndex['n'] = 2;
  70     aaIndex['d'] = 3;
  71     aaIndex['c'] = 4;
  72     aaIndex['q'] = 5;
  73     aaIndex['e'] = 6;
  74     aaIndex['g'] = 7;
  75     aaIndex['h'] = 8;
  76     aaIndex['i'] = 9;
  77     aaIndex['l'] = 10;
  78     aaIndex['k'] = 11;
  79     aaIndex['m'] = 12;
  80     aaIndex['f'] = 13;
  81     aaIndex['p'] = 14;
  82     aaIndex['s'] = 15;
  83     aaIndex['t'] = 16;
  84     aaIndex['w'] = 17;
  85     aaIndex['y'] = 18;
  86     aaIndex['v'] = 19;
  87     aaIndex['b'] = 20;
  88     aaIndex['z'] = 21;
  89     aaIndex['x'] = 22;
  90     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also extend subt. matrices
  91   }
  92
  93   static
  94   {
  95     nucleotideIndex = new int[255];
  96     for (int i = 0; i < 255; i++)
  97     {
  98       nucleotideIndex[i] = -1;
  99     }
 100
 101     nucleotideIndex['A'] = 0;
 102     nucleotideIndex['a'] = 0;
 103     nucleotideIndex['C'] = 1;
 104     nucleotideIndex['c'] = 1;
 105     nucleotideIndex['G'] = 2;
 106     nucleotideIndex['g'] = 2;
 107     nucleotideIndex['T'] = 3;
 108     nucleotideIndex['t'] = 3;
 109     nucleotideIndex['U'] = 4;
 110     nucleotideIndex['u'] = 4;
 111     nucleotideIndex['I'] = 5;
 112     nucleotideIndex['i'] = 5;
 113     nucleotideIndex['X'] = 6;
 114     nucleotideIndex['x'] = 6;
 115     nucleotideIndex['R'] = 7;
 116     nucleotideIndex['r'] = 7;
 117     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 118     nucleotideIndex['y'] = 8;
 119     nucleotideIndex['N'] = 9;
 120     nucleotideIndex['n'] = 9;
 121
 122     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 123     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 124     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 125     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 126     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 127     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 128     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 129     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 130     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 131     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 132     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 133     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 134     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 135     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 136     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 137     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 138     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 139     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 140     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 141     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 142   }
 143
 144   static
 145   {
 146     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 147     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 148     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 149     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); //D
 150     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 151     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); //Q
 152     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 153     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 154     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 155     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 156     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 157     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 158     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 159     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 160     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 161     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 162     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 163     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 164     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 165     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 166     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 167     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 168     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 169     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 170     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 171     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 172     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 173     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 174     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 175   }
 176
 177   static
 178   {
 179     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 180     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 181     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 182     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 183     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 184     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 185     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 186     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 187     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 188     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 189     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 190     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 191     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 192     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 193     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 194     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 195     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 196     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 197     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 198     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 199     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 200     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 201     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 202     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 203     aa2Triplet.put("M", "MET");
 204     aa2Triplet.put("m", "MET");
 205     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 206     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 207     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 208     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 209     aa2Triplet.put("S", "SER");
 210     aa2Triplet.put("s", "SER");
 211     aa2Triplet.put("T", "THR");
 212     aa2Triplet.put("t", "THR");
 213     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 214     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 215     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 216     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 217     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 218     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 219   }
 220
 221   public static final String[] aa =
 222       {
 223       "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 224       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " "
 225   };
 226   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 227   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 228
 229   static
 230   {
 231     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 232     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 233     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 234     scaleColours.addElement(Color.red);
 235     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 236     scaleColours.addElement(Color.orange);
 237     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 238     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 239     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 240     scaleColours.addElement(Color.white);
 241   }
 242
 243   public static final Color[] taylor =
 244       {
 245       new Color(204, 255, 0), // A  Greenish-yellowy-yellow
 246       new Color(0, 0, 255), // R  Blueish-bluey-blue
 247       new Color(204, 0, 255), // N  Blueish-reddy-blue
 248       new Color(255, 0, 0), // D  Reddish-reddy-red
 249       new Color(255, 255, 0), // C  Yellowish-yellowy-yellow
 250       new Color(255, 0, 204), // Q  Reddish-bluey-red
 251       new Color(255, 0, 102), // E  Blueish-reddy-red
 252       new Color(255, 153, 0), // G  Yellowy-reddy-yellow
 253       new Color(0, 102, 255), // H  Greenish-bluey-blue
 254       new Color(102, 255, 0), // I  Greenish-yellowy-green
 255       new Color(51, 255, 0), // L  Yellowish-greeny-green
 256       new Color(102, 0, 255), // K  Reddish-bluey-blue
 257       new Color(0, 255, 0), // M  Greenish-greeny-green
 258       new Color(0, 255, 102), // F  Blueish-greeny-green
 259       new Color(255, 204, 0), // P  Reddish-yellowy-yellow
 260       new Color(255, 51, 0), // S  Yellowish-reddy-red
 261       new Color(255, 102, 0), // T  Reddish-yellowy-red
 262       new Color(0, 204, 255), // W  Blueish-greeny-green
 263       new Color(0, 255, 204), // Y  Greenish-bluey-green
 264       new Color(153, 255, 0), // V  Yellowish-greeny-yellow
 265       Color.white, // B
 266       Color.white, // Z
 267       Color.white, // X
 268       Color.white, // -
 269       Color.white, // *
 270       Color.white // .
 271   };
 272   public static final Color[] nucleotide =
 273       {
 274       new Color(100, 247, 63), // A
 275       new Color(255, 179, 64), // C
 276       new Color(235, 65, 60), // G
 277       new Color(60, 136, 238), // T
 278       new Color(60, 136, 238) // U
 279   };
 280   public static final Color[] color =
 281       {
 282       Color.pink, // A
 283       midBlue, // R
 284       Color.green, // N
 285       Color.red, // D
 286       Color.yellow, // C
 287       Color.green, // Q
 288       Color.red, // E
 289       Color.magenta, // G
 290       Color.red, // H
 291       Color.pink, // I
 292       Color.pink, // L
 293       midBlue, // K
 294       Color.pink, // M
 295       Color.orange, // F
 296       Color.magenta, // P
 297       Color.green, // S
 298       Color.green, // T
 299       Color.orange, // W
 300       Color.orange, // Y
 301       Color.pink, // V
 302       Color.white, // B
 303       Color.white, // Z
 304       Color.white, // X
 305       Color.white, // -
 306       Color.white, // *
 307       Color.white, // .
 308       Color.white // ' '
 309   };
 310
 311   // Dunno where I got these numbers from
 312   public static final double[] hyd2 =
 313       {
 314       0.62, //A
 315       0.29, //R
 316       -0.90, //N
 317       -0.74, //D
 318       1.19, //C
 319       0.48, //Q
 320       -0.40, //E
 321       1.38, //G
 322       -1.50, //H
 323       1.06, //I
 324       0.64, //L
 325       -0.78, //K
 326       0.12, //M
 327       -0.85, //F
 328       -2.53, //P
 329       -0.18, //S
 330       -0.05, //T
 331       1.08, //W
 332       0.81, //Y
 333       0.0, //V
 334       0.26, //B
 335       0.0, //Z
 336       0.0 //X
 337   };
 338   public static final double[] helix =
 339       {
 340       1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 341       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0
 342   };
 343   public static final double helixmin = 0.57;
 344   public static final double helixmax = 1.51;
 345   public static final double[] strand =
 346       {
 347       0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 348       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0
 349   };
 350   public static final double strandmin = 0.37;
 351   public static final double strandmax = 1.7;
 352   public static final double[] turn =
 353       {
 354       0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 355       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0, 0
 356   };
 357   public static final double turnmin = 0.47;
 358   public static final double turnmax = 1.56;
 359   public static final double[] buried =
 360       {
 361       1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 362       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00
 363   };
 364   public static final double buriedmin = 0.05;
 365   public static final double buriedmax = 4.6;
 366
 367   // This is hydropathy index
 368   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 369   // 1157, 105-132, 1982
 370   public static final double[] hyd =
 371       {
 372       1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9, 1.9,
 373       2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0
 374   };
 375   public static final double hydmax = 4.5;
 376   public static final double hydmin = -3.9;
 377
 378   //public static final double hydmax = 1.38;
 379   //public static final double hydmin = -2.53;
 380   private static final int[][] BLOSUM62 =
 381       {
 382       {
 383       4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 384       -2, 0, -2, -1, 0, -4
 385   },
 386       {
 387       -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,
 388       -3, -1, 0, -1, -4
 389   },
 390       {
 391       -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,
 392       3, 0, -1, -4
 393   },
 394       {
 395       -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 396       -3, -3, 4, 1, -1, -4
 397   },
 398       {
 399       0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,
 400       -2, -1, -3, -3, -2, -4
 401   },
 402       {
 403       -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 404       -2, 0, 3, -1, -4
 405   },
 406       {
 407       -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 408       -2, 1, 4, -1, -4
 409   },
 410       {
 411       0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 412       -3, -3, -1, -2, -1, -4
 413   },
 414       {
 415       -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,
 416       -3, 0, 0, -1, -4
 417   },
 418       {
 419       -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 420       -1, 3, -3, -3, -1, -4
 421   },
 422       {
 423       -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 424       -1, 1, -4, -3, -1, -4
 425   },
 426       {
 427       -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 428       -2, 0, 1, -1, -4
 429   },
 430       {
 431       -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 432       -1, 1, -3, -1, -1, -4
 433   },
 434       {
 435       -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,
 436       -1, -3, -3, -1, -4
 437   },
 438       {
 439       -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 440       -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4
 441   },
 442       {
 443       1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 444       -2, 0, 0, 0, -4
 445   },
 446       {
 447       0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 448       -2, 0, -1, -1, 0, -4
 449   },
 450       {
 451       -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 452       11, 2, -3, -4, -3, -2, -4
 453   },
 454       {
 455       -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,
 456       7, -1, -3, -2, -1, -4
 457   },
 458       {
 459       0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 460       -1, 4, -3, -2, -1, -4
 461   },
 462       {
 463       -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,
 464       -3, 4, 1, -1, -4
 465   },
 466       {
 467       -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 468       -2, 1, 4, -1, -4
 469   },
 470       {
 471       0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,
 472       -1, -1, -1, -1, -1, -4
 473   },
 474       {
 475       -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 476       -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1
 477   },
 478   };
 479   static final int[][] PAM250 =
 480       {
 481       {
 482       2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3, 0,
 483       0, 0, 0, -8
 484   },
 485       {
 486       -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 487       -2, -1, 0, -1, -8
 488   },
 489       {
 490       0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 491       2, 1, 0, -8
 492   },
 493       {
 494       0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4, -2,
 495       3, 3, -1, -8
 496   },
 497       {
 498       -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 499       -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8
 500   },
 501       {
 502       0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 503       -2, 1, 3, -1, -8
 504   },
 505       {
 506       0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4, -2,
 507       3, 3, -1, -8
 508   },
 509       {
 510       1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 511       -1, 0, 0, -1, -8
 512   },
 513       {
 514       -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 515       -2, 1, 2, -1, -8
 516   },
 517       {
 518       -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 519       -1, 4, -2, -2, -1, -8
 520   },
 521       {
 522       -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 523       -1, 2, -3, -3, -1, -8
 524   },
 525       {
 526       -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4, -2,
 527       1, 0, -1, -8
 528   },
 529       {
 530       -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4, -2,
 531       2, -2, -2, -1, -8
 532   },
 533       {
 534       -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0, 7,
 535       -1, -4, -5, -2, -8
 536   },
 537       {
 538       1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 539       -1, -1, 0, -1, -8
 540   },
 541       {
 542       1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3, -1,
 543       0, 0, 0, -8
 544   },
 545       {
 546       1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3, 0,
 547       0, -1, 0, -8
 548   },
 549       {
 550       -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,
 551       0, -6, -5, -6, -4, -8
 552   },
 553       {
 554       -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 555       10, -2, -3, -4, -2, -8
 556   },
 557       {
 558       0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 559       -2, 4, -2, -2, -1, -8
 560   },
 561       {
 562       0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3, -2,
 563       3, 2, -1, -8
 564   },
 565       {
 566       0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4, -2,
 567       2, 3, -1, -8
 568   },
 569       {
 570       0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 571       -2, -1, -1, -1, -1, -8
 572   },
 573       {
 574       -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 575       -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1
 576   },
 577   };
 578   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number value of the aa
 579
 580   static
 581   {
 582     ssHash.put("H", Color.magenta);
 583     ssHash.put("E", Color.yellow);
 584     ssHash.put("-", Color.white);
 585     ssHash.put(".", Color.white);
 586     ssHash.put("S", Color.cyan);
 587     ssHash.put("T", Color.blue);
 588     ssHash.put("G", Color.pink);
 589     ssHash.put("I", Color.pink);
 590     ssHash.put("B", Color.yellow);
 591   }
 592
 593   static final int[][] DNA =
 594       {
 595       {
 596       5, -4, -4, -4, 1}, // C
 597       {
 598       -4, 5, -4, -4, 1}, // T
 599       {
 600       -4, -4, 5, -4, 1}, // A
 601       {
 602       -4, -4, -4, 5, 1}, // G
 603       {
 604       1, 1, 1, 1, 1}, // -
 605   };
 606   /**
 607    * register matrices in list
 608    */
 609   static
 610   {
 611     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 612     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 613     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 614   }
 615
 616   public static final Color[] pidColours =
 617       {
 618       midBlue, new Color(153, 153, 255),
 619       //    Color.lightGray,
 620       new Color(204, 204, 255),
 621   };
 622   public static final float[] pidThresholds =
 623       {
 624       80, 60, 40, };
 625   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 626   public static Vector Lys = new Vector();
 627   public static Vector Asn = new Vector();
 628   public static Vector Gln = new Vector();
 629   public static Vector His = new Vector();
 630   public static Vector Glu = new Vector();
 631   public static Vector Asp = new Vector();
 632   public static Vector Tyr = new Vector();
 633   public static Vector Thr = new Vector();
 634   public static Vector Pro = new Vector();
 635   public static Vector Ala = new Vector();
 636   public static Vector Ser = new Vector();
 637   public static Vector Arg = new Vector();
 638   public static Vector Gly = new Vector();
 639   public static Vector Trp = new Vector();
 640   public static Vector Cys = new Vector();
 641   public static Vector Ile = new Vector();
 642   public static Vector Met = new Vector();
 643   public static Vector Leu = new Vector();
 644   public static Vector Val = new Vector();
 645   public static Vector Phe = new Vector();
 646   public static Vector STOP = new Vector();
 647
 648   static
 649   {
 650     codonHash.put("K", Lys);
 651     codonHash.put("N", Asn);
 652     codonHash.put("Q", Gln);
 653     codonHash.put("H", His);
 654     codonHash.put("E", Glu);
 655     codonHash.put("D", Asp);
 656     codonHash.put("Y", Tyr);
 657     codonHash.put("T", Thr);
 658     codonHash.put("P", Pro);
 659     codonHash.put("A", Ala);
 660     codonHash.put("S", Ser);
 661     codonHash.put("R", Arg);
 662     codonHash.put("G", Gly);
 663     codonHash.put("W", Trp);
 664     codonHash.put("C", Cys);
 665     codonHash.put("I", Ile);
 666     codonHash.put("M", Met);
 667     codonHash.put("L", Leu);
 668     codonHash.put("V", Val);
 669     codonHash.put("F", Phe);
 670     codonHash.put("STOP", STOP);
 671   }
 672
 673   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 674
 675   static
 676   {
 677     codonHash2.put("AAA", "K");
 678     codonHash2.put("AAG", "K");
 679     codonHash2.put("AAC", "N");
 680     codonHash2.put("AAT", "N");
 681
 682     codonHash2.put("CAA", "E");
 683     codonHash2.put("CAG", "E");
 684     codonHash2.put("CAC", "H");
 685     codonHash2.put("CAT", "H");
 686
 687     codonHash2.put("GAA", "Q");
 688     codonHash2.put("GAG", "Q");
 689     codonHash2.put("GAC", "D");
 690     codonHash2.put("GAT", "D");
 691
 692     codonHash2.put("TAC", "Y");
 693     codonHash2.put("TAT", "Y");
 694
 695     codonHash2.put("ACA", "T");
 696     codonHash2.put("AAG", "T");
 697     codonHash2.put("ACC", "T");
 698     codonHash2.put("ACT", "T");
 699
 700     codonHash2.put("CCA", "P");
 701     codonHash2.put("CCG", "P");
 702     codonHash2.put("CCC", "P");
 703     codonHash2.put("CCT", "P");
 704
 705     codonHash2.put("GCA", "A");
 706     codonHash2.put("GCG", "A");
 707     codonHash2.put("GCC", "A");
 708     codonHash2.put("GCT", "A");
 709
 710     codonHash2.put("TCA", "S");
 711     codonHash2.put("TCG", "S");
 712     codonHash2.put("TCC", "S");
 713     codonHash2.put("TCT", "S");
 714     codonHash2.put("AGC", "S");
 715     codonHash2.put("AGT", "S");
 716
 717     codonHash2.put("AGA", "R");
 718     codonHash2.put("AGG", "R");
 719     codonHash2.put("CGA", "R");
 720     codonHash2.put("CGG", "R");
 721     codonHash2.put("CGC", "R");
 722     codonHash2.put("CGT", "R");
 723
 724     codonHash2.put("GGA", "G");
 725     codonHash2.put("GGG", "G");
 726     codonHash2.put("GGC", "G");
 727     codonHash2.put("GGT", "G");
 728
 729     codonHash2.put("TGA", "*");
 730     codonHash2.put("TAA", "*");
 731     codonHash2.put("TAG", "*");
 732
 733     codonHash2.put("TGG", "W");
 734
 735     codonHash2.put("TGC", "C");
 736     codonHash2.put("TGT", "C");
 737
 738     codonHash2.put("ATA", "I");
 739     codonHash2.put("ATC", "I");
 740     codonHash2.put("ATT", "I");
 741
 742     codonHash2.put("ATG", "M");
 743
 744     codonHash2.put("CTA", "L");
 745     codonHash2.put("CTG", "L");
 746     codonHash2.put("CTC", "L");
 747     codonHash2.put("CTT", "L");
 748     codonHash2.put("TTA", "L");
 749     codonHash2.put("TTG", "L");
 750
 751     codonHash2.put("GTA", "V");
 752     codonHash2.put("GTG", "V");
 753     codonHash2.put("GTC", "V");
 754     codonHash2.put("GTT", "V");
 755
 756     codonHash2.put("TTC", "F");
 757     codonHash2.put("TTT", "F");
 758   }
 759
 760   static
 761   {
 762     Lys.addElement("AAA");
 763     Lys.addElement("AAG");
 764     Asn.addElement("AAC");
 765     Asn.addElement("AAT");
 766
 767     Gln.addElement("CAA");
 768     Gln.addElement("CAG");
 769     His.addElement("CAC");
 770     His.addElement("CAT");
 771
 772     Glu.addElement("GAA");
 773     Glu.addElement("GAG");
 774     Asp.addElement("GAC");
 775     Asp.addElement("GAT");
 776
 777     Tyr.addElement("TAC");
 778     Tyr.addElement("TAT");
 779
 780     Thr.addElement("ACA");
 781     Thr.addElement("ACG");
 782     Thr.addElement("ACC");
 783     Thr.addElement("ACT");
 784
 785     Pro.addElement("CCA");
 786     Pro.addElement("CCG");
 787     Pro.addElement("CCC");
 788     Pro.addElement("CCT");
 789
 790     Ala.addElement("GCA");
 791     Ala.addElement("GCG");
 792     Ala.addElement("GCC");
 793     Ala.addElement("GCT");
 794
 795     Ser.addElement("TCA");
 796     Ser.addElement("TCG");
 797     Ser.addElement("TCC");
 798     Ser.addElement("TCT");
 799     Ser.addElement("AGC");
 800     Ser.addElement("AGT");
 801
 802     Arg.addElement("AGA");
 803     Arg.addElement("AGG");
 804     Arg.addElement("CGA");
 805     Arg.addElement("CGG");
 806     Arg.addElement("CGC");
 807     Arg.addElement("CGT");
 808
 809     Gly.addElement("GGA");
 810     Gly.addElement("GGG");
 811     Gly.addElement("GGC");
 812     Gly.addElement("GGT");
 813
 814     STOP.addElement("TGA");
 815     STOP.addElement("TAA");
 816     STOP.addElement("TAG");
 817
 818     Trp.addElement("TGG");
 819
 820     Cys.addElement("TGC");
 821     Cys.addElement("TGT");
 822
 823     Ile.addElement("ATA");
 824     Ile.addElement("ATC");
 825     Ile.addElement("ATT");
 826
 827     Met.addElement("ATG");
 828
 829     Leu.addElement("CTA");
 830     Leu.addElement("CTG");
 831     Leu.addElement("CTC");
 832     Leu.addElement("CTT");
 833     Leu.addElement("TTA");
 834     Leu.addElement("TTG");
 835
 836     Val.addElement("GTA");
 837     Val.addElement("GTG");
 838     Val.addElement("GTC");
 839     Val.addElement("GTT");
 840
 841     Phe.addElement("TTC");
 842     Phe.addElement("TTT");
 843   }
 844
 845   //Stores residue codes/names and colours and other things
 846   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 847   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 848   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 849   public static Hashtable small = new Hashtable();
 850   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 851   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 852   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 853   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 854   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 855   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 856   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 857
 858   static
 859   {
 860     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 861     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 862     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 863     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 864     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 865     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 866     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 867     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 868     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 869     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 870     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 871     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 872     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 873     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 874     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 875     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 876     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 877     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 878     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 879     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 880     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 881     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 882     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 883   }
 884
 885   static
 886   {
 887     polar.put("Y", new Integer(1));
 888     polar.put("W", new Integer(1));
 889     polar.put("H", new Integer(1));
 890     polar.put("K", new Integer(1));
 891     polar.put("R", new Integer(1));
 892     polar.put("E", new Integer(1));
 893     polar.put("Q", new Integer(1));
 894     polar.put("D", new Integer(1));
 895     polar.put("N", new Integer(1));
 896     polar.put("S", new Integer(1));
 897     polar.put("T", new Integer(1));
 898     polar.put("X", new Integer(1));
 899     polar.put("-", new Integer(1));
 900     polar.put("*", new Integer(1));
 901     polar.put("I", new Integer(0));
 902     polar.put("L", new Integer(0));
 903     polar.put("V", new Integer(0));
 904     polar.put("C", new Integer(0));
 905     polar.put("A", new Integer(0));
 906     polar.put("G", new Integer(0));
 907     polar.put("M", new Integer(0));
 908     polar.put("F", new Integer(0));
 909     polar.put("P", new Integer(0));
 910   }
 911
 912   static
 913   {
 914     small.put("I", new Integer(0));
 915     small.put("L", new Integer(0));
 916     small.put("V", new Integer(1));
 917     small.put("C", new Integer(1));
 918     small.put("A", new Integer(1));
 919     small.put("G", new Integer(1));
 920     small.put("M", new Integer(0));
 921     small.put("F", new Integer(0));
 922     small.put("Y", new Integer(0));
 923     small.put("W", new Integer(0));
 924     small.put("H", new Integer(0));
 925     small.put("K", new Integer(0));
 926     small.put("R", new Integer(0));
 927     small.put("E", new Integer(0));
 928     small.put("Q", new Integer(0));
 929     small.put("D", new Integer(1));
 930     small.put("N", new Integer(1));
 931     small.put("S", new Integer(1));
 932     small.put("T", new Integer(1));
 933     small.put("P", new Integer(1));
 934     small.put("-", new Integer(1));
 935     small.put("*", new Integer(1));
 936   }
 937
 938   static
 939   {
 940     positive.put("I", new Integer(0));
 941     positive.put("L", new Integer(0));
 942     positive.put("V", new Integer(0));
 943     positive.put("C", new Integer(0));
 944     positive.put("A", new Integer(0));
 945     positive.put("G", new Integer(0));
 946     positive.put("M", new Integer(0));
 947     positive.put("F", new Integer(0));
 948     positive.put("Y", new Integer(0));
 949     positive.put("W", new Integer(0));
 950     positive.put("H", new Integer(1));
 951     positive.put("K", new Integer(1));
 952     positive.put("R", new Integer(1));
 953     positive.put("E", new Integer(0));
 954     positive.put("Q", new Integer(0));
 955     positive.put("D", new Integer(0));
 956     positive.put("N", new Integer(0));
 957     positive.put("S", new Integer(0));
 958     positive.put("T", new Integer(0));
 959     positive.put("P", new Integer(0));
 960     positive.put("-", new Integer(1));
 961     positive.put("*", new Integer(1));
 962   }
 963
 964   static
 965   {
 966     negative.put("I", new Integer(0));
 967     negative.put("L", new Integer(0));
 968     negative.put("V", new Integer(0));
 969     negative.put("C", new Integer(0));
 970     negative.put("A", new Integer(0));
 971     negative.put("G", new Integer(0));
 972     negative.put("M", new Integer(0));
 973     negative.put("F", new Integer(0));
 974     negative.put("Y", new Integer(0));
 975     negative.put("W", new Integer(0));
 976     negative.put("H", new Integer(0));
 977     negative.put("K", new Integer(0));
 978     negative.put("R", new Integer(0));
 979     negative.put("E", new Integer(1));
 980     negative.put("Q", new Integer(0));
 981     negative.put("D", new Integer(1));
 982     negative.put("N", new Integer(0));
 983     negative.put("S", new Integer(0));
 984     negative.put("T", new Integer(0));
 985     negative.put("P", new Integer(0));
 986     negative.put("-", new Integer(1));
 987     negative.put("*", new Integer(1));
 988   }
 989
 990   static
 991   {
 992     charged.put("I", new Integer(0));
 993     charged.put("L", new Integer(0));
 994     charged.put("V", new Integer(0));
 995     charged.put("C", new Integer(0));
 996     charged.put("A", new Integer(0));
 997     charged.put("G", new Integer(0));
 998     charged.put("M", new Integer(0));
 999     charged.put("F", new Integer(0));
1000     charged.put("Y", new Integer(0));
1001     charged.put("W", new Integer(0));
1002     charged.put("H", new Integer(1));
1003     charged.put("K", new Integer(1));
1004     charged.put("R", new Integer(1));
1005     charged.put("E", new Integer(1));
1006     charged.put("Q", new Integer(0));
1007     charged.put("D", new Integer(1));
1008     charged.put("N", new Integer(1));
1009     charged.put("S", new Integer(0));
1010     charged.put("T", new Integer(0));
1011     charged.put("P", new Integer(0));
1012     charged.put("-", new Integer(1));
1013     charged.put("*", new Integer(1));
1014   }
1015
1016   static
1017   {
1018     aromatic.put("I", new Integer(0));
1019     aromatic.put("L", new Integer(0));
1020     aromatic.put("V", new Integer(0));
1021     aromatic.put("C", new Integer(0));
1022     aromatic.put("A", new Integer(0));
1023     aromatic.put("G", new Integer(0));
1024     aromatic.put("M", new Integer(0));
1025     aromatic.put("F", new Integer(1));
1026     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1027     aromatic.put("W", new Integer(1));
1028     aromatic.put("H", new Integer(1));
1029     aromatic.put("K", new Integer(0));
1030     aromatic.put("R", new Integer(0));
1031     aromatic.put("E", new Integer(0));
1032     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1033     aromatic.put("D", new Integer(0));
1034     aromatic.put("N", new Integer(0));
1035     aromatic.put("S", new Integer(0));
1036     aromatic.put("T", new Integer(0));
1037     aromatic.put("P", new Integer(0));
1038     aromatic.put("-", new Integer(1));
1039     aromatic.put("*", new Integer(1));
1040   }
1041
1042   static
1043   {
1044     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1045     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1046     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1047     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1048     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1049     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1050     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1051     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1052     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1053     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1054     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1055     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1056     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1057     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1058     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1059     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1060     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1061     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1062     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1063     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1064     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1065     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1066   }
1067
1068   static
1069   {
1070     tiny.put("I", new Integer(0));
1071     tiny.put("L", new Integer(0));
1072     tiny.put("V", new Integer(0));
1073     tiny.put("C", new Integer(0));
1074     tiny.put("A", new Integer(1));
1075     tiny.put("G", new Integer(1));
1076     tiny.put("M", new Integer(0));
1077     tiny.put("F", new Integer(0));
1078     tiny.put("Y", new Integer(0));
1079     tiny.put("W", new Integer(0));
1080     tiny.put("H", new Integer(0));
1081     tiny.put("K", new Integer(0));
1082     tiny.put("R", new Integer(0));
1083     tiny.put("E", new Integer(0));
1084     tiny.put("Q", new Integer(0));
1085     tiny.put("D", new Integer(0));
1086     tiny.put("N", new Integer(0));
1087     tiny.put("S", new Integer(1));
1088     tiny.put("T", new Integer(0));
1089     tiny.put("P", new Integer(0));
1090     tiny.put("-", new Integer(1));
1091     tiny.put("*", new Integer(1));
1092   }
1093
1094   static
1095   {
1096     proline.put("I", new Integer(0));
1097     proline.put("L", new Integer(0));
1098     proline.put("V", new Integer(0));
1099     proline.put("C", new Integer(0));
1100     proline.put("A", new Integer(0));
1101     proline.put("G", new Integer(0));
1102     proline.put("M", new Integer(0));
1103     proline.put("F", new Integer(0));
1104     proline.put("Y", new Integer(0));
1105     proline.put("W", new Integer(0));
1106     proline.put("H", new Integer(0));
1107     proline.put("K", new Integer(0));
1108     proline.put("R", new Integer(0));
1109     proline.put("E", new Integer(0));
1110     proline.put("Q", new Integer(0));
1111     proline.put("D", new Integer(0));
1112     proline.put("N", new Integer(0));
1113     proline.put("S", new Integer(0));
1114     proline.put("T", new Integer(0));
1115     proline.put("P", new Integer(1));
1116     proline.put("-", new Integer(1));
1117     proline.put("*", new Integer(1));
1118   }
1119
1120   static
1121   {
1122     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1123     propHash.put("small", small);
1124     propHash.put("positive", positive);
1125     propHash.put("negative", negative);
1126     propHash.put("charged", charged);
1127     propHash.put("aromatic", aromatic);
1128     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1129     propHash.put("tiny", tiny);
1130     propHash.put("proline", proline);
1131     propHash.put("polar", polar);
1132   }
1133
1134   private ResidueProperties()
1135   {
1136   }
1137
1138   public static double getHydmax()
1139   {
1140     return hydmax;
1141   }
1142
1143   public static double getHydmin()
1144   {
1145     return hydmin;
1146   }
1147
1148   public static double[] getHyd()
1149   {
1150     return hyd;
1151   }
1152
1153   public static Hashtable getAA3Hash()
1154   {
1155     return aa3Hash;
1156   }
1157
1158   public static int[][] getDNA()
1159   {
1160     return ResidueProperties.DNA;
1161   }
1162
1163   public static int[][] getBLOSUM62()
1164   {
1165     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1166   }
1167
1168   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1169   {
1170     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1171   }
1172
1173   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1174   {
1175     int pog = 0;
1176
1177     try
1178     {
1179       int a = aaIndex[c1];
1180       int b = aaIndex[c2];
1181
1182       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1183     }
1184     catch (Exception e)
1185     {
1186       //System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1187     }
1188
1189     return pog;
1190   }
1191
1192   public static Vector getCodons(String res)
1193   {
1194     if (codonHash.containsKey(res))
1195     {
1196       return (Vector) codonHash.get(res);
1197     }
1198
1199     return null;
1200   }
1201
1202   public static String codonTranslate(String codon)
1203   {
1204     Enumeration e = codonHash.keys();
1205
1206     while (e.hasMoreElements())
1207     {
1208       String key = (String) e.nextElement();
1209       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1210
1211       if (tmp.contains(codon.toUpperCase()))
1212       {
1213         return key;
1214       }
1215     }
1216
1217     return null;
1218   }
1219
1220   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1221   {
1222     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1223   }
1224
1225   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1226   {
1227     return ResidueProperties.getDNA();
1228   }
1229
1230   /**
1231    * get a ScoreMatrix based on its string name
1232    * @param pwtype
1233    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1234    */
1235   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1236   {
1237     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1238     if (val != null)
1239     {
1240       return (ScoreMatrix) val;
1241     }
1242     return null;
1243   }
1244
1245   public static int getPAM250(char c, char d)
1246   {
1247     int a = aaIndex[c];
1248     int b = aaIndex[d];
1249
1250     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1251
1252     return pog;
1253   }
1254
1255   public static Hashtable toDssp3State;
1256   static {
1257     toDssp3State = new Hashtable();
1258     toDssp3State.put("H", "H");
1259     toDssp3State.put("E", "E");
1260     toDssp3State.put("C", " ");
1261     toDssp3State.put(" ", " ");
1262     toDssp3State.put("T", " ");
1263     toDssp3State.put("B", "E");
1264     toDssp3State.put("G", "H");
1265     toDssp3State.put("I", "H");
1266     toDssp3State.put("X", " ");
1267   }
1268   /**
1269    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1270    * @param ssstring
1271    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1272    */
1273   public static String getDssp3state(String ssstring)
1274   {
1275     if (ssstring==null)
1276     {
1277       return null;
1278     }
1279     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1280     for (int i=0; i<ssstring.length(); i++)
1281     {
1282       String ssc = ssstring.substring(i, i+1);
1283       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1284       {
1285         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1286       } else {
1287         ss.append(" ");
1288       }
1289     }
1290     return ss.toString();
1291   }
1292 }