src/jalview/structure/StructureMapping.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.structure;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class StructureMapping
  24 {
  25   String mappingDetails;
  26
  27   SequenceI sequence;
  28
  29   String pdbfile;
  30
  31   String pdbid;
  32
  33   String pdbchain;
  34
  35   // Mapping index 0 is resNum, index 1 is atomNo
  36   int[][] mapping;
  37
  38   public StructureMapping(SequenceI seq, String pdbfile, String pdbid,
  39           String chain, int[][] mapping, String mappingDetails)
  40   {
  41     sequence = seq;
  42     this.pdbfile = pdbfile;
  43     this.pdbid = pdbid;
  44     this.pdbchain = chain;
  45     this.mapping = mapping;
  46     this.mappingDetails = mappingDetails;
  47   }
  48
  49   public SequenceI getSequence()
  50   {
  51     return sequence;
  52   }
  53
  54   public String getChain()
  55   {
  56     return pdbchain;
  57   }
  58
  59   public String getPdbId()
  60   {
  61     return pdbid;
  62   }
  63
  64   public int getAtomNum(int seqpos)
  65   {
  66     if (mapping.length > seqpos)
  67     {
  68       return mapping[seqpos][1];
  69     }
  70     else
  71     {
  72       return 0;
  73     }
  74   }
  75
  76   public int getPDBResNum(int seqpos)
  77   {
  78     if (mapping.length > seqpos)
  79     {
  80       return mapping[seqpos][0];
  81     }
  82     else
  83     {
  84       return 0;
  85     }
  86   }
  87
  88   public int getSeqPos(int pdbResNum)
  89   {
  90     for (int i = 0; i < mapping.length; i++)
  91     {
  92       if (mapping[i][0] == pdbResNum)
  93       {
  94         return i;
  95       }
  96     }
  97     return -1;
  98   }
  99 }