src/jalview/ws/JPredClient.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import ext.vamsas.*;\r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.bin.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  30 import jalview.gui.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.ws.WSThread.*;\r
  33 import vamsas.objects.simple.*;\r
  34 import jalview.util.Comparison;\r
  35 \r
  36 public class JPredClient\r
  37     extends WSClient\r
  38 {\r
  39   public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, SequenceI seq)\r
  40   {\r
  41     wsInfo = setWebService(sh);\r
  42     startJPredClient(title, seq);\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, SequenceI[] msa)\r
  46   {\r
  47     wsInfo = setWebService(sh);\r
  48     startJPredClient(title, msa);\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public JPredClient(String title, SequenceI[] msf)\r
  52   {\r
  53     startJPredClient(title, msf);\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public JPredClient(String title, SequenceI seq)\r
  57   {\r
  58     startJPredClient(title, seq);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   private void startJPredClient(String title, SequenceI[] msf)\r
  62   {\r
  63     if (wsInfo == null)\r
  64     {\r
  65       wsInfo = setWebService();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     SequenceI seq = msf[0];\r
  69 \r
  70     String altitle = "JNet prediction on " + seq.getName() +\r
  71         " using alignment from " + title;\r
  72 \r
  73     wsInfo.setProgressText("Job details for MSA based prediction (" +\r
  74                            title + ") on sequence :\n>" + seq.getName() + "\n" +\r
  75                            AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()) +\r
  76                            "\n");\r
  77     SequenceI aln[] = new SequenceI[msf.length];\r
  78     for (int i = 0, j = msf.length; i < j; i++)\r
  79     {\r
  80       aln[i] = new jalview.datamodel.Sequence(msf[i]);\r
  81     }\r
  82 \r
  83     Hashtable SequenceInfo = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(aln, true);\r
  84 \r
  85     Jpred server = locateWebService();\r
  86     if (server==null)\r
  87     {\r
  88       return;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     JPredThread jthread = new JPredThread(wsInfo, altitle, server, SequenceInfo, aln);\r
  92     wsInfo.setthisService(jthread);\r
  93     jthread.start();\r
  94   }\r
  95 \r
  96   public void startJPredClient(String title, SequenceI seq)\r
  97   {\r
  98     if (wsInfo == null)\r
  99     {\r
 100       wsInfo = setWebService();\r
 101     }\r
 102     wsInfo.setProgressText("Job details for prediction on sequence :\n>" +\r
 103                            seq.getName() + "\n" +\r
 104                            AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()) +\r
 105                            "\n");\r
 106     String altitle = "JNet prediction for sequence " + seq.getName() + " from " +\r
 107         title;\r
 108 \r
 109     Hashtable SequenceInfo = jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seq);\r
 110 \r
 111     Jpred server = locateWebService();\r
 112     if (server==null)\r
 113     {\r
 114       return;\r
 115     }\r
 116 \r
 117     JPredThread jthread = new JPredThread(wsInfo, altitle, server, SequenceInfo, seq);\r
 118     wsInfo.setthisService(jthread);\r
 119     jthread.start();\r
 120   }\r
 121 \r
 122   private WebserviceInfo setWebService()\r
 123   {\r
 124     WebServiceName = "JNetWS";\r
 125     WebServiceJobTitle = "JNet secondary structure prediction";\r
 126     WebServiceReference =\r
 127         "\"Cuff J. A and Barton G.J (2000) Application of " +\r
 128         "multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction, " +\r
 129         "Proteins 40:502-511\".";\r
 130     WsURL = "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/jpred";\r
 131 \r
 132     WebserviceInfo wsInfo = new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle,\r
 133                                                WebServiceReference);\r
 134 \r
 135     return wsInfo;\r
 136   }\r
 137 \r
 138   private ext.vamsas.Jpred locateWebService()\r
 139   {\r
 140     ext.vamsas.JpredServiceLocator loc = new JpredServiceLocator(); // Default\r
 141     ext.vamsas.Jpred server=null;\r
 142     try\r
 143     {\r
 144       server = loc.getjpred(new java.net.URL(WsURL)); // JBPNote will be set from properties\r
 145       ( (JpredSoapBindingStub)server).setTimeout(60000); // one minute stub\r
 146       //((JpredSoapBindingStub)this.server)._setProperty(org.apache.axis.encoding.C, Boolean.TRUE);\r
 147 \r
 148     }\r
 149     catch (Exception ex)\r
 150     {\r
 151       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 152                                     "The Secondary Structure Prediction Service named " +\r
 153                                     WebServiceName + " at " + WsURL +\r
 154                                     " couldn't be located.",\r
 155                                     "Internal Jalview Error",\r
 156                                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 157       wsInfo.setProgressText("Serious! " + WebServiceName +\r
 158                              " Service location failed\nfor URL :" + WsURL +\r
 159                              "\n" +\r
 160                              ex.getMessage());\r
 161       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 162 \r
 163     }\r
 164 \r
 165     return server;\r
 166   }\r
 167 \r
 168   class JPredThread\r
 169       extends WSThread\r
 170       implements WSClientI\r
 171   {\r
 172     class JPredJob\r
 173         extends WSThread.WSJob\r
 174     {\r
 175 \r
 176       vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
 177       vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
 178       java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
 179       /**\r
 180        *\r
 181        * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction result.\r
 182        */\r
 183       public boolean hasResults()\r
 184       {\r
 185         if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
 186             && ( (JpredResult) result).getPredfile() != null &&\r
 187             ( (JpredResult) result).getAligfile() != null)\r
 188         {\r
 189           return true;\r
 190         }\r
 191         return false;\r
 192       }\r
 193 \r
 194       boolean hasValidInput()\r
 195       {\r
 196         if (sequence != null)\r
 197         {\r
 198           return true;\r
 199         }\r
 200         return false;\r
 201       }\r
 202 \r
 203       public Alignment getResultSet()\r
 204           throws Exception\r
 205       {\r
 206         if (result == null || !result.isFinished())\r
 207         {\r
 208           return null;\r
 209         }\r
 210         Alignment al = null;\r
 211         int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al\r
 212         boolean noMsa = true; // set if no MSA has been returned by JPred\r
 213 \r
 214         JpredResult result = (JpredResult)this.result;\r
 215 \r
 216         jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
 217         // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
 218         jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.\r
 219             getPredfile(),\r
 220             "Paste");\r
 221         SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
 222         jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
 223 \r
 224         if ( (this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
 225         {\r
 226           jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
 227           // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
 228           String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result.\r
 229               getAligfile(),\r
 230               "Paste");\r
 231 \r
 232           if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 233           {\r
 234             al = new Alignment(new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),\r
 235                 "Paste", format));\r
 236             SequenceI sqs[] = new SequenceI[al.getHeight()];\r
 237             for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)\r
 238             {\r
 239               sqs[i] = al.getSequenceAt(i);\r
 240             }\r
 241             if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify( (Hashtable)\r
 242                 SequenceInfo, sqs))\r
 243             {\r
 244               throw (new Exception(\r
 245                   "Couldn't recover sequence properties for alignment."));\r
 246             }\r
 247 \r
 248             noMsa = false;\r
 249             FirstSeq = 0;\r
 250           }\r
 251           else\r
 252           {\r
 253             throw (new Exception(\r
 254                 "Unknown format "+format+" for file : \n" +\r
 255                 result.getAligfile()));\r
 256           }\r
 257         }\r
 258         else\r
 259         {\r
 260           al = new Alignment(preds);\r
 261           FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
 262           if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
 263               al.getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
 264           {\r
 265             throw (new Exception(\r
 266                 "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
 267           }\r
 268         }\r
 269 \r
 270         al.setDataset(null);\r
 271 \r
 272         jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al, FirstSeq,\r
 273             noMsa);\r
 274         return al; // , FirstSeq, noMsa};\r
 275       }\r
 276       public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq)\r
 277       {\r
 278         super();\r
 279         String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars, seq.getSequence());\r
 280         if (sq.length() >= 20)\r
 281         {\r
 282           this.SequenceInfo = SequenceInfo;\r
 283           sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 284           sequence.setId(seq.getName());\r
 285           sequence.setSeq(sq);\r
 286         }\r
 287       }\r
 288 \r
 289       public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf)\r
 290       {\r
 291         this(SequenceInfo, msf[0]);\r
 292         if (sequence != null)\r
 293         {\r
 294           if (msf.length > 1)\r
 295           {\r
 296             msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
 297             jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();\r
 298             msa.setMsf(pileup.print(msf));\r
 299           }\r
 300         }\r
 301       }\r
 302     }\r
 303     ext.vamsas.Jpred server;\r
 304     String altitle = "";\r
 305     JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server) {\r
 306       this.altitle = altitle;\r
 307       this.server = server;\r
 308       this.wsInfo = wsinfo;\r
 309     }\r
 310 \r
 311 //    String OutputHeader;\r
 312 //    vamsas.objects.simple.JpredResult result;\r
 313 \r
 314     JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server, Hashtable SequenceInfo,SequenceI seq)\r
 315     {\r
 316       this(wsinfo, altitle, server);\r
 317       JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq);\r
 318       if (job.hasValidInput())\r
 319       {\r
 320         OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 321         jobs = new WSJob[]\r
 322             {\r
 323             job};\r
 324         job.jobnum = 0;\r
 325       }\r
 326     }\r
 327 \r
 328     JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server, Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf)\r
 329     {\r
 330       this(wsinfo, altitle, server);\r
 331       JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf);\r
 332       if (job.hasValidInput())\r
 333       {\r
 334         jobs = new WSJob[]\r
 335             {\r
 336             job};\r
 337         OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 338         job.jobnum = 0;\r
 339       }\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /*\r
 343         public void run()\r
 344         {\r
 345           StartJob();\r
 346 \r
 347           while (!jobComplete && (allowedServerExceptions > 0))\r
 348           {\r
 349             try\r
 350             {\r
 351               if ( (result = server.getresult(jobId)) == null)\r
 352               {\r
 353                 throw (new Exception(\r
 354      "Timed out when communicating with server\nTry again later.\n"));\r
 355               }\r
 356               if (result.getState()==0)\r
 357                 jalview.bin.Cache.log.debug("Finished "+jobId);\r
 358               if (result.isRunning())\r
 359               {\r
 360                 wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 361               }\r
 362               if (result.isQueued())\r
 363               {\r
 364                 wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);\r
 365               }\r
 366 \r
 367               wsInfo.setProgressText(OutputHeader + "\n" +\r
 368                                      result.getStatus());\r
 369 \r
 370               if (result.isFinished())\r
 371               {\r
 372 \r
 373                 parseResult();\r
 374                 jobComplete = true;\r
 375                 jobsRunning--;\r
 376               } else {\r
 377                 // catch exceptions\r
 378                 if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 379                 {\r
 380                   try\r
 381                   {\r
 382                     Thread.sleep(5000);\r
 383                   }\r
 384                   catch (InterruptedException ex1)\r
 385                   {\r
 386                   }\r
 387 \r
 388                   //  System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 389                 }\r
 390                 else\r
 391                 {\r
 392                   wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 393                   jobsRunning--;\r
 394                   jobComplete = true;\r
 395                 }\r
 396               }\r
 397             }\r
 398             catch (Exception ex)\r
 399             {\r
 400               allowedServerExceptions--;\r
 401 \r
 402               wsInfo.appendProgressText("\nJPredWS Server exception!\n" +\r
 403                                         ex.getMessage());\r
 404 \r
 405               try\r
 406               {\r
 407                 if (allowedServerExceptions > 0)\r
 408                 {\r
 409                   Thread.sleep(5000);\r
 410                 }\r
 411               }\r
 412               catch (InterruptedException ex1)\r
 413               {\r
 414               }\r
 415             }\r
 416             catch (OutOfMemoryError er)\r
 417             {\r
 418               jobComplete = true;\r
 419               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 420               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 421      "Out of memory handling result!!"\r
 422                                                     +\r
 423      "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 424                                                     , "Out of memory",\r
 425      JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 426               System.out.println("JPredClient: "+er);\r
 427               System.gc();\r
 428             }\r
 429           }\r
 430           if (result!=null)\r
 431             if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 432             {\r
 433               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);\r
 434             }\r
 435             else\r
 436             {\r
 437               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 438             }\r
 439         }\r
 440      */\r
 441     void StartJob(WSJob j)\r
 442     {\r
 443       if (! (j instanceof JPredJob))\r
 444       {\r
 445         throw new Error("Implementation error - StartJob(JpredJob) called on " +\r
 446                         j.getClass());\r
 447       }\r
 448       try\r
 449       {\r
 450         JPredJob job = (JPredJob) j;\r
 451         if (job.msa != null)\r
 452         {\r
 453           job.jobId = server.predictOnMsa(job.msa);\r
 454         }\r
 455         else\r
 456           if (job.sequence!=null)\r
 457           {\r
 458             job.jobId = server.predict(job.sequence);\r
 459           }\r
 460 \r
 461         if (job.jobId != null)\r
 462         {\r
 463           if (job.jobId.startsWith("Broken"))\r
 464           {\r
 465             job.result = (vamsas.objects.simple.Result)new JpredResult();\r
 466             job.result.setInvalid(true);\r
 467             job.result.setStatus("Submission " + job.jobId);\r
 468           }\r
 469           else\r
 470           {\r
 471             job.submitted = true;\r
 472             job.subjobComplete = false;\r
 473             Cache.log.info(WsURL + " Job Id '" + job.jobId + "'");\r
 474           }\r
 475         }\r
 476         else\r
 477         {\r
 478           throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
 479         }\r
 480       }\r
 481       catch (Exception e)\r
 482       {\r
 483         if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)\r
 484         {\r
 485           wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 486           wsInfo.setProgressText(j.jobnum,\r
 487                                  "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
 488                                  +\r
 489                                  "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
 490           System.err.println(\r
 491               "JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n" +\r
 492               e.getMessage() + "\n");\r
 493 \r
 494           jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);\r
 495         }\r
 496         else\r
 497         {\r
 498           wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 499           // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
 500           wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 501                                     "Failed to submit the prediction:\n"\r
 502                                     + e.getMessage() +\r
 503                                     wsInfo.getProgressText());\r
 504 \r
 505           jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.jobnum, e);\r
 506 \r
 507         }\r
 508         j.allowedServerExceptions = -1;\r
 509         j.subjobComplete = true;\r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513     /*  private void addFloatAnnotations(Alignment al, int[] gapmap,\r
 514                                        Vector values, String Symname,\r
 515                                        String Visname, float min,\r
 516                                        float max, int winLength)\r
 517       {\r
 518         Annotation[] annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 519 \r
 520         for (int j = 0; j < values.size(); j++)\r
 521         {\r
 522           float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 523           annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", value + "", ' ',\r
 524                                                   value);\r
 525         }\r
 526 \r
 527         al.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(Symname, Visname,\r
 528      annotations, min, max, winLength));\r
 529       }*/\r
 530 \r
 531     void parseResult()\r
 532     {\r
 533       int results = 0; // number of result sets received\r
 534       JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 535       try\r
 536       {\r
 537         for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 538         {\r
 539           finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 540           if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())\r
 541           {\r
 542             results++;\r
 543           }\r
 544         }\r
 545       }\r
 546       catch (Exception ex)\r
 547       {\r
 548 \r
 549         Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +\r
 550                         altitle, ex);\r
 551         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 552       }\r
 553       if (results > 0)\r
 554       {\r
 555         wsInfo.showResultsNewFrame\r
 556             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 557         {\r
 558           public void actionPerformed(\r
 559               java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 560           {\r
 561             displayResults(true);\r
 562           }\r
 563         });\r
 564         wsInfo.mergeResults\r
 565             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 566         {\r
 567           public void actionPerformed(\r
 568               java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 569           {\r
 570             displayResults(false);\r
 571           }\r
 572         });\r
 573         wsInfo.setResultsReady();\r
 574       }\r
 575       else\r
 576       {\r
 577         wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 578       }\r
 579     }\r
 580 \r
 581     void displayResults(boolean newWindow)\r
 582     {\r
 583       if (jobs != null)\r
 584       {\r
 585         Alignment res = null;\r
 586         for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)\r
 587         {\r
 588           Alignment jobres = null;\r
 589           JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];\r
 590 \r
 591           if (j.hasResults())\r
 592           {\r
 593             try\r
 594             {\r
 595               jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);\r
 596               jobres = j.getResultSet();\r
 597               jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
 598               if (jobs.length==1)\r
 599                 res = jobres;\r
 600               else {\r
 601                   // do merge with other job results\r
 602               }\r
 603             }\r
 604             catch (Exception e)\r
 605             {\r
 606               jalview.bin.Cache.log.error(\r
 607                   "JNet Client: JPred Annotation Parse Error",\r
 608                   e);\r
 609               wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 610               wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 611                                         OutputHeader + "\n" +\r
 612                                         j.result.getStatus() +\r
 613                                         "\nInvalid JNet job result data!\n" +\r
 614                                         e.getMessage());\r
 615               j.result.setBroken(true);\r
 616             }\r
 617           }\r
 618         }\r
 619 \r
 620         if (res != null)\r
 621         {\r
 622           if (newWindow)\r
 623           {\r
 624             AlignFrame af = new AlignFrame(res);\r
 625             Desktop.addInternalFrame(af, altitle,\r
 626                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 627                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 628           }\r
 629           else\r
 630           {\r
 631             Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");\r
 632           }\r
 633         }\r
 634       }\r
 635     }\r
 636 \r
 637     void pollJob(WSJob job)\r
 638         throws Exception\r
 639     {\r
 640       job.result = server.getresult(job.jobId);\r
 641     }\r
 642     public boolean isCancellable()\r
 643     {\r
 644       return false;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     public void cancelJob()\r
 648     {\r
 649       throw new Error("Implementation error!");\r
 650     }\r
 651 \r
 652   }\r
 653 }\r
 654 \r