src/jalview/ws/JPredClient.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import javax.swing.JMenuItem;
   4
   5 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
   6 import jalview.bin.Cache;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.gui.AlignFrame;
  10 import jalview.ws.api.JPredMutlipleAlignmentServiceI;
  11 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  12
  13 public class JPredClient extends WSClient
  14 {
  15   JPredMutlipleAlignmentServiceI server;
  16
  17   public JPredClient(ServiceWithParameters sh, String title,
  18       AlignmentView alView, AlignFrame alFrame, boolean viewOnly)
  19   {
  20     server = (JPredMutlipleAlignmentServiceI) sh.getEndpoint();
  21     wsInfo = setWebService(sh, false);
  22     startClient(title, alView, alFrame, viewOnly);
  23   }
  24
  25   private void startClient(String title, AlignmentView view,
  26       AlignFrame frame, boolean viewOnly)
  27   {
  28     var msf = view.getSequences();
  29     var seq = msf[0].getSeq('-');
  30     if (msf.length <= 1)
  31       throw new RuntimeException("You need more than one sequence.");
  32     var aln = new SequenceI[msf.length];
  33     for (int i = 0; i < msf.length; i++)
  34     {
  35       aln[i] = msf[i].getSeq('-');
  36     }
  37     int[] delMap = viewOnly ?
  38       view.getVisibleContigMapFor(seq.gapMap()) : null;
  39     var sequenceInfo = SeqsetUtils.uniquify(aln, true);
  40     var thread = new JPredThread(wsInfo, title, server, sequenceInfo, aln,
  41         delMap, view, frame, WsURL);
  42     wsInfo.setthisService(thread);
  43     wsInfo.setVisible(true);
  44     thread.start();
  45   }
  46
  47   // sh parameter should be moved to the WSMenuEntryProvider interface
  48   public static WSMenuEntryProviderI getMenuEntryProvider(ServiceWithParameters sh)
  49   {
  50     return (menu, frame) -> {
  51       final JMenuItem mi = new JMenuItem(sh.getName());
  52       mi.setToolTipText(sh.getHostURL());
  53       mi.addActionListener((event) -> {
  54         var view = frame.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
  55         if (view.getSequences().length > 1)
  56         {
  57           new JPredClient(sh, frame.getTitle(), view, frame, true);
  58         }
  59         else
  60         {
  61           Cache.log.error("Single sequence not supported");
  62         }
  63       });
  64       menu.add(mi);
  65     };
  66   }
  67 }