src/jalview/ws/MsaWServices.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.Hashtable;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * <p>Title: MsaWServices </p>\r
  26  *\r
  27  * <p>Description: Registry of MsaWSI style services </p>\r
  28  *\r
  29  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>\r
  30  *\r
  31  * <p>Company: Dundee University</p>\r
  32  *\r
  33  * @author not attributable\r
  34  * @version 1.0\r
  35  */\r
  36 /**\r
  37  * TODO: MsaWServices will be set from properties and be dynamically discovered.\r
  38  */\r
  39 public class MsaWServices {\r
  40     public static Hashtable info;\r
  41 \r
  42     static {\r
  43         info = new Hashtable();\r
  44         info.put("ClustalWS",\r
  45             new String[] {\r
  46                 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ClustalWS",\r
  47                 "ClustalW Alignment job",\r
  48 \r
  49             "\"Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple" +\r
  50                 " sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice." +\r
  51                 " Nucleic Acids Research, 22 4673-4680"\r
  52             });\r
  53         info.put("MuscleWS",\r
  54             new String[] {\r
  55                 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MuscleWS",\r
  56                 "Muscle Alignment job",\r
  57 \r
  58             "Edgar, Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment " +\r
  59                 "with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Research 32(5), 1792-97."\r
  60             });\r
  61     }\r
  62 }\r