src/jalview/ws/api/ServiceWithParameters.java

   1 package jalview.ws.api;
   2
   3 import jalview.ws.params.ParamManager;
   4
   5 public abstract class ServiceWithParameters extends UIinfo
   6 {
   7
   8   protected jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText aaui;
   9
  10   public ServiceWithParameters(String serviceType, String action,
  11           String name, String description, String hosturl)
  12   {
  13     super(serviceType, action, name, description, hosturl);
  14   }
  15
  16   public abstract void initParamStore(ParamManager userParameterStore);
  17
  18   public jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUI()
  19   {
  20     return aaui;
  21   }
  22
  23   public void setAlignAnalysisUI(
  24           jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText aaui)
  25   {
  26     this.aaui = aaui;
  27   }
  28
  29   public boolean isInteractiveUpdate()
  30   {
  31     return aaui != null && aaui.isAA();
  32   }
  33   // config flags for SeqAnnotationServiceCalcWorker
  34
  35   public boolean isProteinService()
  36   {
  37     return aaui == null ? true : aaui.isPr();
  38   }
  39
  40   public boolean isNucleotideService()
  41   {
  42     return aaui == null ? false : aaui.isNa();
  43   }
  44
  45   public boolean isNeedsAlignedSequences()
  46   {
  47     return aaui == null ? false : aaui.isNeedsAlignedSeqs();
  48   }
  49
  50   public boolean isAlignmentAnalysis()
  51   {
  52     return aaui == null ? false : aaui.isAA();
  53   }
  54
  55   public boolean isFilterSymbols()
  56   {
  57     return aaui != null ? aaui.isFilterSymbols() : true;
  58   }
  59
  60   public int getMinimumInputSequences()
  61   {
  62     return aaui != null ? aaui.getMinimumSequences() : 1;
  63   }
  64
  65   public String getNameURI()
  66   {
  67     return "java:" + getName();
  68   }
  69
  70   public String getUri()
  71   {
  72     // TODO verify that service parameter sets in projects are consistent with
  73     // Jalview 2.10.4
  74     // this is only valid for Jaba 1.0 - this formula might have to change!
  75     return getHostURL()
  76             + (getHostURL().lastIndexOf("/") == (getHostURL().length() - 1)
  77                     ? ""
  78                     : "/")
  79             + getName();
  80   }
  81
  82 }