src/jalview/ws/datamodel/alphafold/PAEContactMatrix.java

   1 package jalview.ws.datamodel.alphafold;
   2
   3 import java.util.Iterator;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.Map;
   6
   7 import jalview.datamodel.ContactListI;
   8 import jalview.datamodel.ContactListImpl;
   9 import jalview.datamodel.ContactListProviderI;
  10 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  11 import jalview.datamodel.ContactRange;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13
  14 public class PAEContactMatrix implements ContactMatrixI
  15 {
  16
  17   SequenceI refSeq=null;
  18   int maxrow=0,maxcol=0;
  19   int[] indices1,indices2;
  20   float[][] elements;
  21   float maxscore;
  22
  23   @SuppressWarnings("unchecked")
  24   public PAEContactMatrix(SequenceI _refSeq, Map<String, Object> pae_obj) throws Exception
  25   {
  26     refSeq = _refSeq;
  27     while (refSeq.getDatasetSequence()!=null)
  28     {
  29       refSeq=refSeq.getDatasetSequence();
  30     }
  31     // convert the lists to primitive arrays and store
  32     int length = _refSeq.getEnd()-_refSeq.getStart()+1;
  33
  34     // assume indices are with respect to range defined by _refSeq on the dataset refSeq
  35     Iterator<Long> rows = ((List<Long>)pae_obj.get("residue1")).iterator();
  36     Iterator<Long> cols = ((List<Long>)pae_obj.get("residue2")).iterator();
  37     Iterator<Double> scores = ((List<Double>)pae_obj.get("distance")).iterator();
  38
  39     elements=new float[length][length];
  40     while (scores.hasNext()) {
  41       float escore=scores.next().floatValue();
  42       int row=rows.next().intValue();
  43       int col=cols.next().intValue();
  44       if (maxrow<row)
  45       {
  46         maxrow=row;
  47       }
  48       if (maxcol<col)
  49       {
  50         maxcol=col;
  51       }
  52       elements[row-1][col-1]=escore;
  53     }
  54
  55     maxscore = ((Double) pae_obj.get("max_predicted_aligned_error")).floatValue();
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public ContactListI getContactList(final int _column)
  60   {
  61
  62     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  63     {
  64       @Override
  65       public int getContactHeight()
  66       {
  67         return maxcol-1;
  68       }
  69
  70       @Override
  71       public double getContactAt(int column)
  72       {
  73         if (column<0 || column>=elements[_column].length)
  74         {
  75           return -1;
  76         }
  77         // TODO Auto-generated method stub
  78         return elements[_column][column];
  79       }
  80     });
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public float getMin()
  85   {
  86     return 0;
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public float getMax()
  91   {
  92     return maxscore;
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public boolean hasReferenceSeq()
  97   {
  98     return (refSeq!=null);
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public SequenceI getReferenceSeq()
 103   {
 104     return refSeq;
 105   }
 106
 107 }