src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;
  27 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  30
  31 import java.io.File;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 public abstract class EmblXmlSource extends EbiFileRetrievedProxy
  36 {
  37   /*
  38    * JAL-1856 Embl returns this text for query not found
  39    */
  40   private static final String EMBL_NOT_FOUND_REPLY = "ERROR 12 No entries found.";
  41
  42   public EmblXmlSource()
  43   {
  44     super();
  45   }
  46
  47   /**
  48    * retrieve and parse an emblxml file
  49    *
  50    * @param emprefx
  51    *          either EMBL or EMBLCDS strings are allowed - anything else will
  52    *          not retrieve emblxml
  53    * @param query
  54    * @return
  55    * @throws Exception
  56    */
  57   public AlignmentI getEmblSequenceRecords(String emprefx, String query)
  58           throws Exception
  59   {
  60     startQuery();
  61     EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();
  62     File reply;
  63     try
  64     {
  65       reply = dbFetch.fetchDataAsFile(
  66               emprefx.toLowerCase() + ":" + query.trim(), "display=xml",
  67               "xml");
  68     } catch (Exception e)
  69     {
  70       stopQuery();
  71       throw new Exception(MessageManager.formatMessage(
  72               "exception.ebiembl_retrieval_failed_on", new String[]
  73               { emprefx.toLowerCase(), query.trim() }), e);
  74     }
  75     return getEmblSequenceRecords(emprefx, query, reply);
  76   }
  77
  78   /**
  79    * parse an emblxml file stored locally
  80    *
  81    * @param emprefx
  82    *          either EMBL or EMBLCDS strings are allowed - anything else will
  83    *          not retrieve emblxml
  84    * @param query
  85    * @param file
  86    *          the EMBL XML file containing the results of a query
  87    * @return
  88    * @throws Exception
  89    */
  90   public AlignmentI getEmblSequenceRecords(String emprefx, String query,
  91           File reply) throws Exception
  92   {
  93     EmblFile efile = null;
  94     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
  95
  96     if (reply != null && reply.exists())
  97     {
  98       file = reply.getAbsolutePath();
  99       if (reply.length() > EMBL_NOT_FOUND_REPLY.length())
 100       {
 101         efile = EmblFile.getEmblFile(reply);
 102       }
 103     }
 104
 105     /*
 106      * invalid accession gets a reply with no <entry> elements, text content of
 107      * EmbFile reads something like (e.g.) this ungrammatical phrase
 108      * Entry: <acc> display type is either not supported or entry is not found.
 109      */
 110     List<SequenceI> peptides = new ArrayList<>();
 111     if (efile != null && efile.getEntries() != null)
 112     {
 113       for (EmblEntry entry : efile.getEntries())
 114       {
 115         SequenceI seq = entry.getSequence(emprefx, peptides);
 116         if (seq != null)
 117         {
 118           seqs.add(seq.deriveSequence());
 119           // place DBReferences on dataset and refer
 120         }
 121       }
 122     }
 123
 124     AlignmentI al = null;
 125     if (!seqs.isEmpty())
 126     {
 127       al = new Alignment(seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]));
 128     }
 129     stopQuery();
 130     return al;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public boolean isDnaCoding()
 135   {
 136     return true;
 137   }
 138
 139 }