src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.util.Hashtable;
  22 import java.util.Iterator;
  23 import java.util.StringTokenizer;
  24
  25 import com.stevesoft.pat.Regex;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;
  32 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  35
  36 /**
  37  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.
  38  *
  39  * @author JimP
  40  *
  41  */
  42 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  43 {
  44
  45   public GeneDbSource()
  46   {
  47     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  48     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  49   }
  50
  51   /*
  52    * (non-Javadoc)
  53    *
  54    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  55    */
  56   public String getAccessionSeparator()
  57   {
  58     // TODO Auto-generated method stub
  59     return null;
  60   }
  61
  62   /*
  63    * (non-Javadoc)
  64    *
  65    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  66    */
  67   public Regex getAccessionValidator()
  68   {
  69     // TODO Auto-generated method stub
  70     return null;
  71   }
  72
  73   /*
  74    * (non-Javadoc)
  75    *
  76    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  77    */
  78   public String getDbSource()
  79   {
  80     return DBRefSource.GENEDB;
  81   }
  82
  83   /*
  84    * (non-Javadoc)
  85    *
  86    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  87    */
  88   public String getDbVersion()
  89   {
  90     // TODO Auto-generated method stub
  91     return "0";
  92   }
  93
  94   /*
  95    * (non-Javadoc)
  96    *
  97    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  98    */
  99   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 100   {
 101     // query of form
 102     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL
 103     //
 104     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);
 105   }
 106
 107   /*
 108    * (non-Javadoc)
 109    *
 110    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 111    */
 112   public boolean isValidReference(String accession)
 113   {
 114     // TODO Auto-generated method stub
 115     return false;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M
 120    */
 121   public String getTestQuery()
 122   {
 123     return "Tb927.6.3300";
 124   }
 125
 126   public String getDbName()
 127   {
 128     return "GeneDB"; // getDbSource();
 129   }
 130 }