src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.gui.AlignFrame;
   6 import jalview.gui.AlignmentPanel;
   7 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
   8 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
   9 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Map;
  14 import java.util.Set;
  15 import java.util.TreeSet;
  16
  17 import compbio.data.sequence.Score;
  18 import compbio.metadata.Argument;
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  20 public class AAConClient extends JabawsAlignCalcWorker
  21 {
  22
  23   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  24           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  25   {
  26     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  27     submitGaps = true;
  28     alignedSeqs = true;
  29     nucleotidesAllowed = false;
  30     proteinAllowed = true;
  31     gapMap = new boolean[0];
  32     initViewportParams();
  33   }
  34
  35   protected void initViewportParams()
  36   {
  37     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  38             getCalcId(),
  39             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  40                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  41                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset,
  46           java.util.List<Argument> newarguments)
  47   {
  48     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  49     initViewportParams();
  50   };
  51
  52   public String getServiceActionText()
  53   {
  54     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  55   }
  56
  57   /**
  58    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  59    * current visualization settings.
  60    */
  61
  62   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  63   {
  64     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  65     {
  66       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  67       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  68       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  69       for (String score : scoremap.keySet())
  70       {
  71         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  72         for (Score scr : scores)
  73         {
  74           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  75           {
  76             /**
  77              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  78              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  79              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  80              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  81              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  82              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  83              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  84              */
  85           }
  86           else
  87           {
  88             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  89                     scr);
  90           }
  91         }
  92       }
  93
  94       if (ourAnnot.size() > 0)
  95       {
  96         updateOurAnnots(ourAnnot);
  97       }
  98     }
  99   }
 100
 101   public String getCalcId()
 102   {
 103     return SequenceAnnotationWSClient.AAConCalcId;
 104   }
 105
 106   public static void removeAAConsAnnotation(AlignmentPanel alignPanel)
 107   {
 108     for (AlignmentAnnotation aa : alignPanel.getAlignment().findAnnotation(
 109             SequenceAnnotationWSClient.AAConCalcId))
 110     {
 111       alignPanel.getAlignment().deleteAnnotation(aa);
 112     }
 113   }
 114 }