src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import java.io.BufferedReader;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Reader;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.HashSet;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import compbio.metadata.*;
  11
  12 public class ParameterUtils
  13 {
  14   public static List<String> writeParameterSet(List<Option> optSet, String pseparator)
  15   {
  16     List<String> pset = new ArrayList<String>();
  17     for (Option o:optSet)
  18     {
  19       pset.add(o.toCommand(pseparator));
  20     }
  21     return pset;
  22   }
  23   /**
  24    * Converts options supplied via parameters file into {@code Option} objects
  25    * (Refactored from compbio.ws.client.Jws2Client)
  26    *
  27    * @param <T>
  28    *          web service type
  29    * @param params
  30    * @param options
  31    * @return List of Options of type T
  32    *
  33    */
  34 /*  @SuppressWarnings(value =
  35   { "true" })
  36   public static <T> List<Option<T>> processParameters(List<String> params,
  37           RunnerConfig<T> options, String pseparator)
  38   */
  39   public static List<Option> processParameters(List<String> params,
  40           RunnerConfig options, String pseparator)
  41   {
  42     List<Option> chosenOptions = new ArrayList<Option>();
  43     for (String param : params)
  44     {
  45       String oname = null;
  46       if (isParameter(param, pseparator))
  47       {
  48         oname = getParamName(param, pseparator);
  49       }
  50       else
  51       {
  52         oname = param;
  53       }
  54       Option o = options.getArgumentByOptionName(oname);
  55       if (o == null)
  56       {
  57         System.out.println("WARN ignoring unsuppoted parameter: " + oname);
  58         continue;
  59       }
  60       if (o instanceof Parameter)
  61       {
  62         o = copyParameter((Parameter) o);
  63       }
  64       else
  65       {
  66         o = copyOption(o);
  67       }
  68       {
  69         try
  70         {
  71           o.setDefaultValue(isParameter(param, pseparator) ? getParamValue(param, pseparator) : param);
  72         } catch (WrongParameterException e)
  73         {
  74           System.out.println("Problem setting value for the parameter: "
  75                   + param);
  76           e.printStackTrace();
  77         }
  78       }
  79       chosenOptions.add(o);
  80     }
  81     return chosenOptions;
  82   }
  83
  84
  85   static String getParamName(String fullName, String pseparator)
  86   {
  87     assert isParameter(fullName, pseparator);
  88     return fullName.substring(0, fullName.indexOf(pseparator));
  89   }
  90
  91   static String getParamValue(String fullName, String pseparator)
  92   {
  93     assert isParameter(fullName, pseparator);
  94     return fullName.substring(fullName.indexOf(pseparator) + 1);
  95   }
  96
  97   static boolean isParameter(String param, String pseparator)
  98   {
  99     return param.contains(pseparator);
 100   }
 101
 102   public static Option copyOption(Option option)
 103   {
 104     Option copy = new Option(option.getName(), option.getDescription());
 105     setOptionFrom(copy, option);
 106     return copy;
 107   }
 108
 109   public static void setOptionFrom(Option copy, Option option)
 110   {
 111     copy.setName(option.getName());
 112     copy.setDescription(option.getDescription());
 113     copy.setFurtherDetails(option.getFurtherDetails());
 114     copy.setRequired(option.isRequired());
 115     List<String> names = option.getOptionNames();
 116     if (names != null)
 117     {
 118       if (names.size() == 1)
 119       {
 120         HashSet<String> st = new HashSet();
 121         st.add(names.get(0));
 122         copy.setOptionNames(st);
 123       }
 124       else
 125       {
 126         copy.addOptionNames(names.toArray(new String[]
 127         {}));
 128       }
 129     }
 130     try
 131     {
 132       if (option.getDefaultValue() != null)
 133       {
 134         copy.setDefaultValue(option.getDefaultValue());
 135       }
 136     } catch (Exception ex)
 137     {
 138       ex.printStackTrace();
 139     }
 140   }
 141
 142   public static ValueConstrain copyValueConstrain(ValueConstrain vc)
 143   {
 144     try
 145     {
 146       ValueConstrain copy = new ValueConstrain();
 147       if (vc.getMax() != null)
 148       {
 149         copy.setMax(vc.getMax().toString());
 150       }
 151       if (vc.getMin() != null)
 152       {
 153         copy.setMin(vc.getMin().toString());
 154       }
 155       if (vc.getType() != null)
 156       {
 157         copy.setType(vc.getType());
 158       }
 159       return copy;
 160     } catch (Exception e)
 161     {
 162       e.printStackTrace();
 163       throw new Error(
 164               "Implementation error: could not copy ValueConstrain!");
 165     }
 166   }
 167
 168   public static Parameter copyParameter(Parameter parameter)
 169   {
 170     Parameter copy = new Parameter(parameter.getName(),
 171             parameter.getDescription());
 172     if (parameter.getValidValue() != null)
 173     {
 174       copy.setValidValue(copyValueConstrain(parameter.getValidValue()));
 175     }
 176     List<String> pv = parameter.getPossibleValues();
 177     if (pv != null)
 178     {
 179       copy.addPossibleValues(pv.toArray(new String[]
 180       {}));
 181     }
 182     setOptionFrom(copy, parameter);
 183     return copy;
 184   }
 185
 186 }