src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  24 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  25 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  26 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  27 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  28
  29 import java.util.List;
  30
  31 import compbio.metadata.Option;
  32
  33 /**
  34  * preferences for running AACon service
  35  *
  36  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  37  *         container ?
  38  */
  39 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  40 {
  41   public AAConSettings(boolean autoUpdate, ServiceWithParameters service2,
  42           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  43   {
  44     super(service2, preset, jobArgset, autoUpdate);
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public String getWsParamFile()
  49   {
  50     List<Option> opts = null;
  51     if (jobArgset != null)
  52     {
  53       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
  54     }
  55     else
  56     {
  57       if (preset != null)
  58       {
  59         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
  60       }
  61     }
  62     if (opts == null || opts.size() == 0)
  63     {
  64       return "";
  65     }
  66     StringBuffer pset = new StringBuffer();
  67     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
  68     {
  69       pset.append(ps);
  70       pset.append("\n");
  71     }
  72     return pset.toString();
  73   }
  74 }