src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

   1 package jalview.ws.jws2.dm;
   2
   3 import java.io.BufferedReader;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Reader;
   6 import java.io.Writer;
   7 import java.util.ArrayList;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import compbio.metadata.Argument;
  11 import compbio.metadata.Option;
  12
  13 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  14 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  15 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  16 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  17 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  18
  19 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  20 {
  21   /**
  22    * raw jaba arguments.
  23    */
  24   List<Option> jabaArguments;
  25
  26   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  27
  28   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  29   {
  30     if (jobParams.size() > 0)
  31     {
  32       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  33       {
  34         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  35         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  36         // implementation error.
  37         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  38       }
  39       else
  40       {
  41         if (!allJaba(jobParams))
  42         {
  43           throw new Error(
  44                   "Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters");
  45         }
  46         else
  47         {
  48           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  49         }
  50       }
  51     }
  52     name = storeSetName;
  53     description = descr;
  54     sourceFile = null;
  55     applicableUrls = null;
  56   }
  57
  58   public JabaWsParamSet()
  59   {
  60
  61   }
  62
  63   private boolean allJaba(List jobParams)
  64   {
  65
  66     boolean allJaba = true;
  67     for (Object jp : jobParams)
  68     {
  69       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  70       {
  71         allJaba &= true;
  72       }
  73       else
  74       {
  75         allJaba = false;
  76         break;
  77       }
  78     }
  79     return allJaba;
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public String getName()
  84   {
  85     return name;
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public String getDescription()
  90   {
  91     return description;
  92   }
  93
  94   /**
  95    * @param name
  96    *          the name to set
  97    */
  98   public void setName(String name)
  99   {
 100     this.name = name;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * @param description
 105    *          the description to set
 106    */
 107   public void setDescription(String description)
 108   {
 109     this.description = description;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * @param applicableUrls
 114    *          the applicableUrls to set
 115    */
 116   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 117   {
 118     this.applicableUrls = applicableUrls;
 119   }
 120
 121   /**
 122    * @param modifiable
 123    *          the modifiable to set
 124    */
 125   public void setModifiable(boolean modifiable)
 126   {
 127     this.modifiable = modifiable;
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public String[] getApplicableUrls()
 132   {
 133     return applicableUrls;
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public String getSourceFile()
 138   {
 139     return sourceFile;
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public void setSourceFile(String newfile)
 144   {
 145     sourceFile = newfile;
 146   }
 147
 148   boolean modifiable = true;
 149
 150   @Override
 151   public boolean isModifiable()
 152   {
 153     return modifiable;
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public List<ArgumentI> getArguments()
 158   {
 159     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 164   {
 165     if (!allJaba(args))
 166     {
 167       throw new Error(
 168               "Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments");
 169     }
 170     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 171     for (ArgumentI rg : args)
 172     {
 173       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 174     }
 175   }
 176
 177   public List<Option> getjabaArguments()
 178   {
 179     return jabaArguments;
 180   }
 181
 182   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 183   {
 184     jabaArguments = args;
 185   }
 186
 187 }