src/jalview/ws/jws2/jabaws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.gui.AnnotationWsJob;
  27 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Set;
  33 import java.util.TreeSet;
  34
  35 import compbio.data.sequence.Score;
  36
  37 public class AAConClient extends JabawsAnnotationInstance
  38 {
  39   // configuration for factory
  40   public static String getServiceActionText()
  41   {
  42     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  43   }
  44
  45
  46
  47   private static String CALC_ID = "jabaws2.AACon";
  48
  49   public static AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUIText()
  50   {
  51     return new AlignAnalysisUIText(
  52             compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  53             AAConClient.class, CALC_ID, false, true, true, true,
  54             true, 2, MessageManager.getString("label.aacon_calculations"),
  55             MessageManager.getString("tooltip.aacon_calculations"),
  56             MessageManager.getString("label.aacon_settings"),
  57             MessageManager.getString("tooltip.aacon_settings"));
  58   }
  59
  60   // instance
  61   public AAConClient(Jws2Instance handle)
  62   {
  63     super(handle);
  64   }
  65
  66   @Override
  67   List<AlignmentAnnotation> annotationFromScoreManager(
  68           AnnotationWsJob running, AlignViewportI alignViewport,
  69           boolean[] gapMap)
  70   {
  71
  72     Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  73     int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  74     ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<>();
  75     for (String score : scoremap.keySet())
  76     {
  77       Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  78       for (Score scr : scores)
  79       {
  80         if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  81         {
  82           /**
  83            * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  84            * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  85            * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng :
  86            * scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for (int i
  87            * = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new Annotation("", "", '
  88            * ', val); } } annotation.annotations = elm;
  89            * annotation.validateRangeAndDisplay();
  90            */
  91         }
  92         else
  93         {
  94           createAnnotationRowsForScores(alignViewport, gapMap, ourAnnot,
  95                   getCalcId(), alWidth, scr);
  96         }
  97       }
  98     }
  99     return ourAnnot;
 100   }
 101
 102 }