src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.ws.rest.InputType;
   5 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
   6 import jalview.ws.rest.RestJob;
   7 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
   8
   9 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  10
  11 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  12 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  13
  14 /**
  15  * format a jalview annotation file for input to a rest service.
  16  * @author JimP
  17  *
  18  */
  19 public class AnnotationFile extends InputType {
  20   public AnnotationFile()
  21   {
  22     super(new Class[] { AlignmentI.class} );
  23   }
  24   /**
  25    * standard jalview annotation file
  26    */
  27   final String JVANNOT="JalviewAnnotation";
  28   /**
  29    * export annotation row as simple csv
  30    */
  31   final String CSVANNOT="CsvAnnotationRow";
  32   /**
  33    * format of annotation file
  34    */
  35   String format=JVANNOT;
  36   // TODO verify annotation file format enumeration
  37   @Override
  38   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  39   {
  40     AlignmentI al = rj.getAlignmentForInput(token,molType.MIX);
  41     if (format.equals(JVANNOT))
  42       {return new StringBody(new jalview.io.AnnotationFile().printAnnotations(al.getAlignmentAnnotation(),
  43             al.getGroups(),al.getProperties()));
  44       } else {
  45         if (!format.equals(CSVANNOT))
  46         {
  47           throw new UnsupportedEncodingException("Unrecognised format for exporting Annotation ("+format+")");
  48         }
  49         return new StringBody(new jalview.io.AnnotationFile().printCSVAnnotations(al.getAlignmentAnnotation()));
  50       }
  51   }
  52 }