src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ws.rest.AlignmentProcessor;
   7 import jalview.ws.rest.InputType;
   8 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
   9 import jalview.ws.rest.RestJob;
  10 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
  11
  12 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.Vector;
  15
  16 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  17 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  18
  19 /**
  20  * Represents the partitions defined on the alignment as indices e.g. for a
  21  * partition (A,B,C),(D,E),(F) The indices would be 3,2,1. Note, the alignment
  22  * must be ordered so groups are contiguous before this input type can be used.
  23  *
  24  * @author JimP
  25  *
  26  */
  27 public class SeqGroupIndexVector extends InputType implements
  28         AlignmentProcessor
  29 {
  30   public SeqGroupIndexVector()
  31   {
  32     super(new Class[]
  33     { AlignmentI.class });
  34   }
  35
  36   /**
  37    * separator for list of sequence Indices - default is ','
  38    */
  39   public String sep = ",";
  40
  41   /**
  42    * min size of each partition
  43    */
  44   public int minsize = 1;
  45
  46   molType type;
  47
  48   /**
  49    * prepare the context alignment for this input
  50    *
  51    * @param al
  52    *          - alignment to be processed
  53    * @return al or a new alignment with appropriate attributes/order for input
  54    */
  55   public AlignmentI prepareAlignment(AlignmentI al)
  56   {
  57     jalview.analysis.AlignmentSorter.sortByGroup(al);
  58     return al;
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public ContentBody formatForInput(RestJob rj)
  63           throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  64   {
  65     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  66     boolean list = false;
  67     AlignmentI al = rj.getAlignmentForInput(token, type);
  68     // assume that alignment is properly ordered so groups form consecutive
  69     // blocks
  70     ArrayList<int[]> gl = new ArrayList<int[]>();
  71     for (SequenceGroup sg : (Vector<SequenceGroup>) al.getGroups())
  72     {
  73       if (sg.getSize()<minsize)
  74       {
  75         throw new NoValidInputDataException("Group contains less than "+minsize+" sequences.");
  76       }
  77       // TODO: refactor to sequenceGroup for efficiency -
  78       // getAlignmentRowInterval(AlignmentI al)
  79       int[] se = null;
  80       for (SequenceI sq : sg.getSequencesInOrder(al))
  81       {
  82         int p = al.findIndex(sq);
  83         if (se == null)
  84         {
  85           se = new int[]
  86           { p, p };
  87         }
  88         else
  89         {
  90           if (p < se[0])
  91             se[0] = p;
  92           if (p > se[1])
  93             se[1] = p;
  94         }
  95       }
  96       if (se != null)
  97       {
  98         gl.add(se);
  99       }
 100     }
 101     int[][] vals = gl.toArray(new int[gl.size()][]);
 102     int[] srt = new int[gl.size()];
 103     for (int i = 0; i < vals.length; i++)
 104       srt[i] = vals[i][0];
 105     jalview.util.QuickSort.sort(srt, vals);
 106     list = false;
 107     int last = vals[0][0] - 1;
 108     for (int[] range : vals)
 109     {
 110       if (range[1] > last)
 111       {
 112         if (list)
 113         {
 114           idvector.append(sep);
 115         }
 116         idvector.append(range[1] - last);
 117         last = range[1];
 118         list = true;
 119       }
 120     }
 121     return new StringBody(idvector.toString());
 122   }
 123
 124 }