src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ws.rest.InputType;
   6 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
   7 import jalview.ws.rest.RestJob;
   8 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
   9
  10 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  11
  12 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  13 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  14
  15 /**
  16  * input a list of sequence IDs separated by some separator
  17  * @author JimP
  18  *
  19  */
  20 class SeqIdVector extends InputType {
  21   public SeqIdVector()
  22   {
  23     super(new Class[] { AlignmentI.class} );
  24   }
  25
  26   /**
  27    * separator for list of sequence IDs - default is ','
  28    */
  29   String sep=",";
  30   molType type;
  31   @Override
  32   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  33   {
  34     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  35     boolean list=false;
  36     for (SequenceI seq:rj.getSequencesForInput(token, type))
  37     {
  38       if (list)
  39       {
  40         idvector.append(sep);
  41       }
  42       idvector.append(seq.getName());
  43     }
  44     return new StringBody(idvector.toString());
  45   }
  46 }