src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaParamSet.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   4 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
   5 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
   6 import jalview.ws.params.simple.DoubleParameter;
   7 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
   8 import jalview.ws.params.simple.StringParameter;
   9
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.Collections;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.Parameter;
  16 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  17
  18 public class SlivkaParamSet implements WsParamSetI
  19 {
  20   private SlivkaService service;
  21
  22   private List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  23
  24   SlivkaParamSet(SlivkaService service) throws IOException
  25   {
  26     this.service = service;
  27     for (Parameter param : service.getParameters())
  28     {
  29       Object defaultValue = param.getDefault() instanceof List ? ((List<?>) param.getDefault()).get(0)
  30           : param.getDefault();
  31       if (param instanceof Parameter.FlagParameter)
  32       {
  33         args.add(new BooleanOption(param.getId(), param.getDescription(),
  34             param.getName(), param.isRequired(), (Boolean) defaultValue, null));
  35       }
  36       else if (param instanceof Parameter.TextParameter)
  37       {
  38         args.add(new StringParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  39             param.isRequired(), (String) defaultValue, (String) defaultValue));
  40       }
  41       else if (param instanceof Parameter.IntegerParameter)
  42       {
  43         Integer min = ((Parameter.IntegerParameter) param).getMin();
  44         Integer max = ((Parameter.IntegerParameter) param).getMax();
  45         Integer defVal = defaultValue != null ? ((Number) defaultValue).intValue() : null;
  46         args.add(new IntegerParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  47             param.isRequired(), defVal, (min == null) ? Integer.MIN_VALUE : min,
  48             (max == null) ? Integer.MAX_VALUE : max));
  49       }
  50       else if (param instanceof Parameter.DecimalParameter)
  51       {
  52         Double min = ((Parameter.DecimalParameter) param).getMin();
  53         Double max = ((Parameter.DecimalParameter) param).getMax();
  54         Double defVal = defaultValue != null ? ((Number) defaultValue).doubleValue() : null;
  55         args.add(new DoubleParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  56             param.isRequired(), defVal, (min == null) ? -Double.MAX_VALUE : min,
  57             (max == null) ? Double.MAX_VALUE : max));
  58       }
  59       else if (param instanceof Parameter.ChoiceParameter)
  60       {
  61         List<String> choices = ((Parameter.ChoiceParameter) param)
  62             .getChoices();
  63         if (param.isArray())
  64         {
  65           int i = 0;
  66           List<?> selected = param.getDefault() != null
  67               ? (List<?>) param.getDefault()
  68               : Collections.EMPTY_LIST;
  69           for (String choice : choices)
  70           {
  71             args.add(new BooleanOption(
  72                 String.format("%s$%d", param.getId(), i++),
  73                 param.getDescription(), choice, param.isRequired(),
  74                 selected.contains(choice), choice, null));
  75           }
  76         }
  77         else
  78         {
  79           args.add(new StringParameter(
  80               param.getId(), param.getDescription(),
  81               param.isRequired(), (String) param.getDefault(),
  82               (String) defaultValue, choices, choices));
  83         }
  84       }
  85       else if (param instanceof Parameter.FileParameter)
  86       {
  87         // skip: files are provided from sequences
  88       }
  89       else
  90       {
  91         String defaultVal = param.getDefault() != null
  92             ? param.getDefault().toString()
  93             : null;
  94         args.add(new StringParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  95             param.isRequired(), defaultVal, defaultVal));
  96       }
  97     }
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public String getName()
 102   {
 103     return "Default";
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public String getDescription()
 108   {
 109     return "";
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public String[] getApplicableUrls()
 114   {
 115     return new String[] { service.getUrl().toString() };
 116   }
 117
 118   @Override
 119   public String getSourceFile()
 120   {
 121     return null;
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public void setSourceFile(String newfile)
 126   {
 127   }
 128
 129   @Override
 130   public boolean isModifiable()
 131   {
 132     return true;
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public List<ArgumentI> getArguments()
 137   {
 138     return args;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 143   {
 144     throw new RuntimeException();
 145   }
 146
 147 }