src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.math.BigInteger;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>
  23  * Java class for MatrixType complex type.
  24  *
  25  * <p>
  26  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  27  * this class.
  28  *
  29  * <pre>
  30  * &lt;complexType name="MatrixType">
  31  *   &lt;complexContent>
  32  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  33  *       &lt;sequence>
  34  *         &lt;element name="elements" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  35  *         &lt;element name="groups" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  36  *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  37  *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  38  *         &lt;element name="mapping" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType" minOccurs="0"/>
  39  *       &lt;/sequence>
  40  *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *       &lt;attribute name="rows" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  42  *       &lt;attribute name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  43  *       &lt;attribute name="treeMethod" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  44  *       &lt;attribute name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  45  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  46  *     &lt;/restriction>
  47  *   &lt;/complexContent>
  48  * &lt;/complexType>
  49  * </pre>
  50  *
  51  *
  52  */
  53 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  54 @XmlType(
  55   name = "MatrixType",
  56   propOrder =
  57   { "elements", "groups", "newick", "property", "mapping" })
  58 public class MatrixType
  59 {
  60
  61   @XmlElement(required = true)
  62   protected String elements;
  63
  64   protected List<String> groups;
  65
  66   protected List<String> newick;
  67
  68   protected List<Property> property;
  69
  70   protected MapListType mapping;
  71
  72   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  73   protected String type;
  74
  75   @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
  76   protected BigInteger rows;
  77
  78   @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
  79   protected BigInteger cols;
  80
  81   @XmlAttribute(name = "treeMethod")
  82   protected String treeMethod;
  83
  84   @XmlAttribute(name = "cutHeight")
  85   protected Double cutHeight;
  86
  87   @XmlAttribute(name = "id")
  88   protected String id;
  89
  90   /**
  91    * Gets the value of the elements property.
  92    *
  93    * @return possible object is {@link String }
  94    *
  95    */
  96   public String getElements()
  97   {
  98     return elements;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Sets the value of the elements property.
 103    *
 104    * @param value
 105    *          allowed object is {@link String }
 106    *
 107    */
 108   public void setElements(String value)
 109   {
 110     this.elements = value;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Gets the value of the groups property.
 115    *
 116    * <p>
 117    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 118    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 119    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 120    * for the groups property.
 121    *
 122    * <p>
 123    * For example, to add a new item, do as follows:
 124    *
 125    * <pre>
 126    * getGroups().add(newItem);
 127    * </pre>
 128    *
 129    *
 130    * <p>
 131    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 132    *
 133    *
 134    */
 135   public List<String> getGroups()
 136   {
 137     if (groups == null)
 138     {
 139       groups = new ArrayList<String>();
 140     }
 141     return this.groups;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Gets the value of the newick property.
 146    *
 147    * <p>
 148    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 149    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 150    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 151    * for the newick property.
 152    *
 153    * <p>
 154    * For example, to add a new item, do as follows:
 155    *
 156    * <pre>
 157    * getNewick().add(newItem);
 158    * </pre>
 159    *
 160    *
 161    * <p>
 162    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 163    *
 164    *
 165    */
 166   public List<String> getNewick()
 167   {
 168     if (newick == null)
 169     {
 170       newick = new ArrayList<String>();
 171     }
 172     return this.newick;
 173   }
 174
 175   /**
 176    * Gets the value of the property property.
 177    *
 178    * <p>
 179    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 180    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 181    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 182    * for the property property.
 183    *
 184    * <p>
 185    * For example, to add a new item, do as follows:
 186    *
 187    * <pre>
 188    * getProperty().add(newItem);
 189    * </pre>
 190    *
 191    *
 192    * <p>
 193    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
 194    *
 195    *
 196    */
 197   public List<Property> getProperty()
 198   {
 199     if (property == null)
 200     {
 201       property = new ArrayList<Property>();
 202     }
 203     return this.property;
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Gets the value of the mapping property.
 208    *
 209    * @return possible object is {@link MapListType }
 210    *
 211    */
 212   public MapListType getMapping()
 213   {
 214     return mapping;
 215   }
 216
 217   /**
 218    * Sets the value of the mapping property.
 219    *
 220    * @param value
 221    *          allowed object is {@link MapListType }
 222    *
 223    */
 224   public void setMapping(MapListType value)
 225   {
 226     this.mapping = value;
 227   }
 228
 229   /**
 230    * Gets the value of the type property.
 231    *
 232    * @return possible object is {@link String }
 233    *
 234    */
 235   public String getType()
 236   {
 237     return type;
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Sets the value of the type property.
 242    *
 243    * @param value
 244    *          allowed object is {@link String }
 245    *
 246    */
 247   public void setType(String value)
 248   {
 249     this.type = value;
 250   }
 251
 252   /**
 253    * Gets the value of the rows property.
 254    *
 255    * @return possible object is {@link BigInteger }
 256    *
 257    */
 258   public BigInteger getRows()
 259   {
 260     return rows;
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Sets the value of the rows property.
 265    *
 266    * @param value
 267    *          allowed object is {@link BigInteger }
 268    *
 269    */
 270   public void setRows(BigInteger value)
 271   {
 272     this.rows = value;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Gets the value of the cols property.
 277    *
 278    * @return possible object is {@link BigInteger }
 279    *
 280    */
 281   public BigInteger getCols()
 282   {
 283     return cols;
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Sets the value of the cols property.
 288    *
 289    * @param value
 290    *          allowed object is {@link BigInteger }
 291    *
 292    */
 293   public void setCols(BigInteger value)
 294   {
 295     this.cols = value;
 296   }
 297
 298   /**
 299    * Gets the value of the treeMethod property.
 300    *
 301    * @return possible object is {@link String }
 302    *
 303    */
 304   public String getTreeMethod()
 305   {
 306     return treeMethod;
 307   }
 308
 309   /**
 310    * Sets the value of the treeMethod property.
 311    *
 312    * @param value
 313    *          allowed object is {@link String }
 314    *
 315    */
 316   public void setTreeMethod(String value)
 317   {
 318     this.treeMethod = value;
 319   }
 320
 321   /**
 322    * Gets the value of the cutHeight property.
 323    *
 324    * @return possible object is {@link Double }
 325    *
 326    */
 327   public Double getCutHeight()
 328   {
 329     return cutHeight;
 330   }
 331
 332   /**
 333    * Sets the value of the cutHeight property.
 334    *
 335    * @param value
 336    *          allowed object is {@link Double }
 337    *
 338    */
 339   public void setCutHeight(Double value)
 340   {
 341     this.cutHeight = value;
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Gets the value of the id property.
 346    *
 347    * @return possible object is {@link String }
 348    *
 349    */
 350   public String getId()
 351   {
 352     return id;
 353   }
 354
 355   /**
 356    * Sets the value of the id property.
 357    *
 358    * @param value
 359    *          allowed object is {@link String }
 360    *
 361    */
 362   public void setId(String value)
 363   {
 364     this.id = value;
 365   }
 366
 367 }