src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

   1 /**
   2  * Alignment.java
   3  *
   4  * This file was auto-generated from WSDL
   5  * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.
   6  */
   7
   8 /*
   9 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
  10 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  11 *
  12 * This program is free software; you can redistribute it and/or
  13 * modify it under the terms of the GNU General Public License
  14 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  15 * of the License, or (at your option) any later version.
  16 *
  17 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  18 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  20 * GNU General Public License for more details.
  21 *
  22 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  23 * along with this program; if not, write to the Free Software
  24 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  25 */
  26
  27 package vamsas.objects.simple;
  28
  29 public class Alignment  extends vamsas.objects.simple.Object  implements java.io.Serializable {
  30     private java.lang.String gapchar;
  31     private java.lang.String[] method;
  32     private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
  33
  34     public Alignment() {
  35     }
  36
  37     public Alignment(
  38            java.lang.String gapchar,
  39            java.lang.String[] method,
  40            vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
  41            this.gapchar = gapchar;
  42            this.method = method;
  43            this.seqs = seqs;
  44     }
  45
  46
  47     /**
  48      * Gets the gapchar value for this Alignment.
  49      *
  50      * @return gapchar
  51      */
  52     public java.lang.String getGapchar() {
  53         return gapchar;
  54     }
  55
  56
  57     /**
  58      * Sets the gapchar value for this Alignment.
  59      *
  60      * @param gapchar
  61      */
  62     public void setGapchar(java.lang.String gapchar) {
  63         this.gapchar = gapchar;
  64     }
  65
  66
  67     /**
  68      * Gets the method value for this Alignment.
  69      *
  70      * @return method
  71      */
  72     public java.lang.String[] getMethod() {
  73         return method;
  74     }
  75
  76
  77     /**
  78      * Sets the method value for this Alignment.
  79      *
  80      * @param method
  81      */
  82     public void setMethod(java.lang.String[] method) {
  83         this.method = method;
  84     }
  85
  86
  87     /**
  88      * Gets the seqs value for this Alignment.
  89      *
  90      * @return seqs
  91      */
  92     public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs() {
  93         return seqs;
  94     }
  95
  96
  97     /**
  98      * Sets the seqs value for this Alignment.
  99      *
 100      * @param seqs
 101      */
 102     public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
 103         this.seqs = seqs;
 104     }
 105
 106     private java.lang.Object __equalsCalc = null;
 107     public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj) {
 108         if (!(obj instanceof Alignment)) return false;
 109         Alignment other = (Alignment) obj;
 110         if (obj == null) return false;
 111         if (this == obj) return true;
 112         if (__equalsCalc != null) {
 113             return (__equalsCalc == obj);
 114         }
 115         __equalsCalc = obj;
 116         boolean _equals;
 117         _equals = super.equals(obj) &&
 118             ((this.gapchar==null && other.getGapchar()==null) ||
 119              (this.gapchar!=null &&
 120               this.gapchar.equals(other.getGapchar()))) &&
 121             ((this.method==null && other.getMethod()==null) ||
 122              (this.method!=null &&
 123               java.util.Arrays.equals(this.method, other.getMethod()))) &&
 124             ((this.seqs==null && other.getSeqs()==null) ||
 125              (this.seqs!=null &&
 126               this.seqs.equals(other.getSeqs())));
 127         __equalsCalc = null;
 128         return _equals;
 129     }
 130
 131     private boolean __hashCodeCalc = false;
 132     public synchronized int hashCode() {
 133         if (__hashCodeCalc) {
 134             return 0;
 135         }
 136         __hashCodeCalc = true;
 137         int _hashCode = super.hashCode();
 138         if (getGapchar() != null) {
 139             _hashCode += getGapchar().hashCode();
 140         }
 141         if (getMethod() != null) {
 142             for (int i=0;
 143                  i<java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod());
 144                  i++) {
 145                 java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(), i);
 146                 if (obj != null &&
 147                     !obj.getClass().isArray()) {
 148                     _hashCode += obj.hashCode();
 149                 }
 150             }
 151         }
 152         if (getSeqs() != null) {
 153             _hashCode += getSeqs().hashCode();
 154         }
 155         __hashCodeCalc = false;
 156         return _hashCode;
 157     }
 158
 159 }