test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import static org.junit.Assert.*;
  21 import jalview.datamodel.Mapping;
  22 import jalview.datamodel.Sequence;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import org.junit.Before;
  26 import org.junit.Test;
  27
  28 /**
  29  * Test the alignment -> Mapping routines
  30  * @author jimp
  31  *
  32  */
  33 public class TestAlignSeq
  34 {
  35
  36   SequenceI s1,s2,s3;
  37   /**
  38    * @throws java.lang.Exception
  39    */
  40   @Before
  41   public void setUp() throws Exception
  42   {
  43     s1 = new Sequence("Seq1","ASDFAQQQRRRSSS");
  44     s1.setStart(3);
  45     s2 = new Sequence("Seq2","ASDFA");
  46     s2.setStart(5);
  47     s3 = new Sequence("Seq1","SDFAQQQSSS");
  48
  49   }
  50
  51   @Test
  52   /**
  53    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  54    */
  55   public void TestGetMappingForS1()
  56   {
  57     jalview.analysis.AlignSeq as = jalview.analysis.AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  58     System.out.println("s1: "+as.getAStr1());
  59     System.out.println("s2: "+as.getAStr2());
  60
  61     Mapping s1tos2=as.getMappingFromS1(false);
  62     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  63     for (int i=s2.getStart();i<s2.getEnd();i++)
  64     {
  65       System.out.println("Position in s2: "+i +" maps to position in s1: "+s1tos2.getPosition(i));
  66       assertTrue("",s2.getCharAt(i)==s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i)));
  67     }
  68   }
  69
  70 }