test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.InputStreamReader;
  27
  28 import org.junit.AfterClass;
  29 import org.junit.BeforeClass;
  30 import org.junit.Test;
  31
  32 public class CommandLineOperations
  33 {
  34
  35   @BeforeClass
  36   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  37   {
  38   }
  39
  40   @AfterClass
  41   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  42   {
  43   }
  44 /***
  45  * from http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when-using-javas-runtime-exec
  46  * @author jimp
  47  *
  48  */
  49 private static class Worker extends Thread {
  50   private final Process process;
  51   private Integer exit;
  52   private Worker(Process process) {
  53     this.process = process;
  54   }
  55   public void run() {
  56     try {
  57       exit = process.waitFor();
  58     } catch (InterruptedException ignore) {
  59       return;
  60     }
  61   }
  62 }
  63 private Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd, int timeout) throws InterruptedException, IOException
  64   {
  65     String _cmd = "java "+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":"")+" -Djava.ext.dirs=./lib -classpath ./classes jalview.bin.Jalview ";
  66     System.out.println("###############Jalview CMD: " + _cmd+cmd);
  67     Process ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd+cmd);
  68     BufferedReader outputReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
  69             ls2_proc.getInputStream()));
  70
  71     BufferedReader errorReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
  72             ls2_proc.getErrorStream()));
  73     Worker worker = new Worker(ls2_proc);
  74     worker.start();
  75     worker.join(timeout);
  76     System.out.println("Output:  ");
  77     String ln = null;
  78     while ((ln = outputReader.readLine()) != null)
  79     {
  80       System.out.println(ln);
  81     }
  82
  83     System.out.println("Error:  ");
  84     while ((ln = errorReader.readLine()) != null)
  85     {
  86       System.out.println(ln);
  87     }
  88     return worker;
  89   }
  90   @Test
  91   public void testHeadlessModeEPS() throws Exception
  92   {
  93     String[] headlessArgs=new String[] { "nodisplay","headless","nogui"};
  94     for (String _harg:headlessArgs)
  95     {
  96       boolean _switch=false,withAwt=false;
  97       do {
  98         if (_switch)
  99         {
 100           withAwt=true;
 101         }
 102         _switch=true;
 103     String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
 104     String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
 105     String cmd = ""+_harg+" -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
 106     String harg = _harg+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":" NO AWT.HEADLESS");
 107     System.out.println("Testing with Headless argument: '"+harg+"'\n");
 108     Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, 9000);
 109     assertTrue("Didn't create an output EPS file.["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").exists());
 110     assertTrue("Didn't create an EPS file with any content["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
 111     if (worker.exit == null){
 112       worker.interrupt();
 113       Thread.currentThread().interrupt();
 114       worker.process.destroy();
 115       fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["+harg+"]");
 116     }
 117     } while (!withAwt);
 118     }
 119   }
 120 //  @Test
 121 //  public void testJalview2XMLDataset() throws Exception
 122 //  {
 123 //    String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
 124 //    String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
 125 //    String cmd = ""+" -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
 126 //    //String harg = _harg+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":" NO AWT.HEADLESS");
 127 //    System.out.println("Testing with Headless argument: '"+harg+"'\n");
 128 //    Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, 9000);
 129 //    assertTrue("Didn't create an output EPS file.["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").exists());
 130 //    assertTrue("Didn't create an EPS file with any content["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
 131 //    if (worker.exit == null){
 132 //      worker.interrupt();
 133 //      Thread.currentThread().interrupt();
 134 //      worker.process.destroy();
 135 //      fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["+harg+"]");
 136 //    }
 137 //  }
 138 }