test/jalview/datamodel/ContactMatrixTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import jalview.gui.JvOptionPane;
   4
   5 import org.testng.Assert;
   6 import org.testng.annotations.BeforeClass;
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class ContactMatrixTest
  10 {
  11   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  12   public void setUpJvOptionPane()
  13   {
  14     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  15     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  16   }
  17
  18   /**
  19    * standard asserts for ContactMatrixI
  20    */
  21   public static void testContactMatrixI(ContactMatrixI cm, boolean symmetric)
  22   {
  23     // assume contact matrix is square for text
  24     ContactListI clist = cm.getContactList(1);
  25
  26     int width = clist.getContactHeight();
  27     Double minValue, maxValue;
  28     minValue = clist.getContactAt(0);
  29     maxValue = minValue;
  30
  31     for (int p = 0; p < width; p++)
  32     {
  33       ContactListI pList = cm.getContactList(p);
  34       for (int q = p; q < width; q++)
  35       {
  36         if (q == p)
  37         {
  38           // compute minMax for pList
  39           minMax(minValue, maxValue, pList);
  40
  41         }
  42         ContactListI qList = cm.getContactList(q);
  43         if (symmetric)
  44         {
  45           Assert.assertEquals(qList.getContactAt(p), pList.getContactAt(q),
  46                   "Contact matrix not symmetric");
  47         }
  48         else
  49         {
  50           Assert.assertNotEquals(qList.getContactAt(p),
  51                   pList.getContactAt(q),
  52                   "Contact matrix expected to be not symmetric");
  53         }
  54       }
  55     }
  56   }
  57
  58   private static void minMax(Double minValue, Double maxValue,
  59           ContactListI pList)
  60   {
  61     int width = pList.getContactHeight();
  62     for (int rowcol = 0; rowcol < width; rowcol++)
  63     {
  64       double v = pList.getContactAt(rowcol);
  65       if (minValue > v)
  66       {
  67         minValue = v;
  68       }
  69       if (maxValue < v)
  70       {
  71         maxValue = v;
  72       }
  73     }
  74   }
  75
  76   @Test(groups = { "Functional" })
  77   public void testminMaxCalc()
  78   {
  79     ContactListI clist = new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  80     {
  81       double[] val = { 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7 };
  82
  83       @Override
  84       public int getContactHeight()
  85       {
  86         return val.length;
  87       }
  88
  89       @Override
  90       public double getContactAt(int column)
  91       {
  92         if (column < 0 || column >= val.length)
  93         {
  94           return Double.NaN;
  95         }
  96         return val[column];
  97       }
  98
  99     });
 100   }
 101
 102   /**
 103    * test construction and accessors for asymmetric contact matrix
 104    */
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testAsymmetricContactMatrix()
 107   {
 108
 109   }
 110
 111   /**
 112    * test construction and accessors for symmetric contact matrix
 113    */
 114   @Test(groups = { "Functional" })
 115   public void testSymmetricContactMatrix()
 116   {
 117
 118   }
 119
 120 }