test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5
   6 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.Arrays;
  12 import java.util.List;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class EmblEntryTest
  17 {
  18   @Test(groups = "Functional")
  19   public void testGetCdsRanges()
  20   {
  21     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  22
  23     /*
  24      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
  25      */
  26     EmblFeature cds = new EmblFeature();
  27     cds.setLocation("join(10..20,complement(30..40),50..60,70..80,complement(110..120))");
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  29     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
  30     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110]",
  31             Arrays.toString(exons));
  32   }
  33
  34   @Test(groups = "Functional")
  35   public void testParseCodingFeature()
  36   {
  37     // not the whole sequence but enough for this test...
  38     SequenceI dna = new Sequence("J03321", "GGATCCGTAAGTTAGACGAAATT");
  39     List<SequenceI> peptides = new ArrayList<SequenceI>();
  40     EmblFile ef = EmblTestHelper.getEmblFile();
  41
  42     /*
  43      * parse two CDS features, one with two Uniprot cross-refs,
  44      * the other with one
  45      */
  46     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  47     for (EmblFeature feature : ef.getEntries().get(0).getFeatures())
  48     {
  49       if ("CDS".equals(feature.getName()))
  50       {
  51         testee.parseCodingFeature(feature, "EMBL", dna, peptides);
  52       }
  53     }
  54
  55     /*
  56      * peptides should now have five entries:
  57      * EMBL product and two Uniprot accessions for the first CDS / translation
  58      * EMBL product and one Uniprot accession for the second CDS / translation
  59      */
  60     assertEquals(5, peptides.size());
  61     assertEquals("CAA30420.1", peptides.get(0).getName());
  62     assertEquals("MLCF", peptides.get(0).getSequenceAsString());
  63     assertEquals("UNIPROT|B0BCM4", peptides.get(1).getName());
  64     assertEquals("MLCF", peptides.get(1).getSequenceAsString());
  65     assertEquals("UNIPROT|P0CE20", peptides.get(2).getName());
  66     assertEquals("MLCF", peptides.get(2).getSequenceAsString());
  67     assertEquals("CAA30421.1", peptides.get(3).getName());
  68     assertEquals("MSSS", peptides.get(3).getSequenceAsString());
  69     assertEquals("UNIPROT|B0BCM3", peptides.get(4).getName());
  70     assertEquals("MSSS", peptides.get(4).getSequenceAsString());
  71
  72     /*
  73      * verify dna sequence has dbrefs with mappings to the peptide 'products'
  74      */
  75     DBRefEntry[] dbrefs = dna.getDBRefs();
  76     assertEquals(3, dbrefs.length);
  77     DBRefEntry dbRefEntry = dbrefs[0];
  78     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
  79     assertEquals("B0BCM4", dbRefEntry.getAccessionId());
  80     assertSame(peptides.get(1), dbRefEntry.getMap().getTo());
  81     List<int[]> fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
  82     assertEquals(1, fromRanges.size());
  83     assertEquals(57, fromRanges.get(0)[0]);
  84     assertEquals(46, fromRanges.get(0)[1]);
  85     List<int[]> toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
  86     assertEquals(1, toRanges.size());
  87     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
  88     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
  89
  90     dbRefEntry = dbrefs[1];
  91     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
  92     assertEquals("P0CE20", dbRefEntry.getAccessionId());
  93     assertSame(peptides.get(2), dbRefEntry.getMap().getTo());
  94     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
  95     assertEquals(1, fromRanges.size());
  96     assertEquals(57, fromRanges.get(0)[0]);
  97     assertEquals(46, fromRanges.get(0)[1]);
  98     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
  99     assertEquals(1, toRanges.size());
 100     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 101     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
 102
 103     dbRefEntry = dbrefs[2];
 104     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
 105     assertEquals("B0BCM3", dbRefEntry.getAccessionId());
 106     assertSame(peptides.get(4), dbRefEntry.getMap().getTo());
 107     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
 108     assertEquals(1, fromRanges.size());
 109     assertEquals(4, fromRanges.get(0)[0]);
 110     assertEquals(15, fromRanges.get(0)[1]);
 111     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
 112     assertEquals(1, toRanges.size());
 113     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 114     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
 115   }
 116 }