test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 // package jalview.ext.archaeopteryx;
   2 //
   3 // import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 // import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5 //
   6 // import jalview.gui.Desktop;
   7 //
   8 // import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
   9 // import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  10 // import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  11 // import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  12 // import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13 // import org.testng.annotations.BeforeClass;
  14 // import org.testng.annotations.Test;
  15 //
  16 // public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
  17 // {
  18 // final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  19 //
  20 // final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  21 //
  22 // final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  23 //
  24 // final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
  25 //
  26 // final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  27 //
  28 // final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  29 //
  30 // final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  31 //
  32 // Phylogeny tree;
  33 //
  34 // TreePanel treePanel;
  35 //
  36 // MainFrame aptx;
  37 //
  38 //
  39 // @Override
  40 // @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41 // public void setUpTree()
  42 // {
  43 // ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  44 // ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  45 // ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  46 //
  47 // rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  48 // rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  49 //
  50 // leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  51 // leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  52 // leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  53 //
  54 // ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  55 // ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  56 //
  57 // inputTree.setName("test");
  58 // inputTree.setRoot(rootNode);
  59 // inputTree.setRooted(true);
  60 //
  61 // }
  62 //
  63 // @Override
  64 // @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
  65 // public void createTreeView()
  66 // {
  67 // treeView = Archaeopteryx.createApplication(inputTree);
  68 // aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
  69 // treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  70 // tree = treePanel.getPhylogeny();
  71 //
  72 // Desktop.addInternalFrame(aptx, "Archaeopteryx", 500, 500);
  73 //
  74 // }
  75 //
  76 //
  77 //
  78 // @Test(groups = "Functional")
  79 // public void testMainPanelExists()
  80 // {
  81 // assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
  82 // }
  83 //
  84 // @Test(groups = "Functional")
  85 // public void testTreePanelExists()
  86 // {
  87 // assertTrue(treePanel != null);
  88 // }
  89 //
  90 // @Override
  91 // public void testTreeTitle()
  92 // {
  93 // assertTrue(tree.getName().equals("test"));
  94 //
  95 // }
  96 //
  97 // @Test(
  98 // groups = "Functional",
  99 // expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 100 // public void testInvalidBranchName()
 101 // {
 102 // tree.getNode("I shouldn't exist");
 103 //
 104 // }
 105 //
 106 // @Override
 107 // public void testExistingBranchName()
 108 // {
 109 // tree.getNode("leaf 2");
 110 //
 111 // }
 112 //
 113 // @Override
 114 // public void testTreeLoaded()
 115 // {
 116 // assertTrue(tree != null);
 117 // }
 118 //
 119 // @Override
 120 // public void testChildNodesCount()
 121 // {
 122 // assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 123 //
 124 // }
 125 //
 126 // @Override
 127 // public void testChildToParentBranchLength()
 128 // {
 129 // assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 130 //
 131 // }
 132 //
 133 // @Override
 134 // public void testNodeToRootBranchLength()
 135 // {
 136 // assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 137 //
 138 // }
 139 //
 140 // @Override
 141 // public void testDistantNodeToRootBranchLength()
 142 // {
 143 // assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 144 // 4.0 + 36.0);
 145 //
 146 // }
 147 //
 148 //
 149 //
 150 //
 151 //
 152 //
 153 //
 154 // }